Characterization of Lactobacillus delbrueckii subspecies bulgaricus and Streptococcus thermophilus as lactic cultures isolated from traditional Turkish yogurts and subtyping of Streptococcus thermophilus using crispr analysis and mlst
Geleneksel türk yoğurtlarından laktik kültür olarak izole edilen Lactobacillus delbrueckii subspecies bulgaricus ve Streptococcus thermophilus karakterizasyonu ve Streptococcus thermophilus?ların crispr analizi ve mlst kullanılarak alttiplendirmesi
- Tez No: 268503
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜZİN CANDAN GÜRAKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 234
Özet
Yoğurt, Türkiye ve Bulgaristan'ın karakteristik bir fermente süt ürünüdür ve populeritesi dünya çapında artmaktadır. Yoğurt üretiminde Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (Lactobacillus bulgaricus) birarada starter kültür olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, geleneksel olarak üretilen yoğurtlardan (ticari starter kültür kullanılmadan üretilen) yoğurt kültürleri izole etmek, bu kültürleri karakterize etmek ve geleneksel S. thermophilus izolatları arasındaki genetik çeşitliliği araştırmaktır.Türkiye'nin değişik bölgelerinden toplanan geleneksel olarak üretilmiş yoğurtlardan yoğurt kültürleri izole edilmiş ve biyokimyasal tanıları yapılmıştır. İzolatların asidifikasyon yetenekleri incelenmiş ve en iyi asidifikasyonu veren kültürler asetaldehit üretimlerine göre yeniden bir seçime tabi tutulmuşlardır. Ardından, seçilen izolatların faj dirençlilikleri ve proteolitik aktiviteleri incelenmiştir. Son olarak, 25 adet L. bulgaricus ve 22 adet S. thermophilus izolatı en iyi teknolojik özelliklere sahip kültürler olarak seçilmiştir.Ayrıca, izolatlar arası farklılıkları göstermek için alt tipleme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma için S. thermophilus hedef organizma olarak seçilmiştir. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) bölgesi oldukça polimorfik bir genetik bölgedir ve kısmi palindromic direkt tekrarların spacer denilen sekanslarla bölünmesinden oluşmuştur. S. thermophilus izolatlarını genotipik olarak karakterize etmek için izolatların CRISPR1 lokusları analiz edilmiştir. Ek olarak CRISPR1 analiz sonuçlarına göre seçilen 19 adet izolat multilocus sequence typing (MLST) kullanarak da karakterize edilmişlerdir. Bu durum CRISPR1 analizinin bir karakterizasyon metodu olarak MLST ile kıyaslanmasını sağlamıştır. CRISPR analizine göre S. thermophilus izolatları toplamda 15 adet alt grup içeren 6 adet ana grupta toplanmışlardır. MLST sonuçları, bu suşların CRISPR1 analizi sonuçları ile uyumlu bir evrimsel ilişki ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Yogurt is a characteristic fermented dairy product of Turkey and Bulgaria and its popularity has been increasing all over the world. Streptococcus thermophilus and Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (Lactobacillus bulgaricus) are used together as starter culture in production of yogurt. The objective of this study was to isolate and characterize yogurt cultures from traditionally produced yogurts (i.e. produced without using commercial starter cultures) and to search the genotypic diversity within traditional S. thermophilus isolates.Yogurt cultures were isolated from traditionally produced yogurts collected from different regions of Turkey and identified biochemically. Acidification ability of the isolates was examined and the cultures giving best acidifying rates were further subjected to a selection in terms of their acetaldehyde production ability. Then, phage resistance and proteolytic activity of chosen isolates were tested. Finally, twenty-five L. bulgaricus and twenty-two S. thermophilus isolates were selected as cultures having best technological properties.Furthermore, subtyping studies were carried out to indicate strain diversity among isolates. S. thermophilus was selected as target organism for subtyping in this study. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) loci are highly polymorphic genetic regions, which are composed of partially palindromic direct repeats interspaced by sequences called spacers. In order to characterize S. thermophilus isolates genotypically, CRISPR1 locus of the isolates were analyzed. Additionally, nineteen isolates selected after CRISPR1 analysis were characterized using multilocus sequence typing (MLST). This provided to compare CRISPR1 analysis with MLST as a typing method. According to CRISPR1 analysis S. thermophilus isolates were grouped into 6 main clusters with a total of 15 sub-clusters. MLST results demonstrated an evolutionary relationship among these strains compatible with that derived from the CRISPR1 analysis.
Benzer Tezler
- Bazı lastik asit bakterilerinin probiyotik özelliklerinin araştırılması
Research on probiotics characterization of some lactic acid bacteria
DERYA ÖNAL
- Beyaz peynir ve süt işleme tesisinden izole edilen mikrobiyotanın karakterizasyonu
Characterization of microbiota isolated from white cheese and milk processing facility
ZEYNEP GÖRKEM CERİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU
- Yoğurt starter kültür fajlarının elektron mikroskobu ile morfolojik karakterizasyonu
Morphological characterization of bacteriophages of yoghurt starter cultures
ESRA ACAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİHE TUNAİL
- İnsan vajinasından izole edilen Lactobacillus cinsi bakterilerin bazı probiyotik özelliklerinin incelenmesi
Research on probiotics characterization some of Lactobacillus species bacteria isolated from human vagina
EMİNE KILIÇ
- Bazı organik bileşiklerin tayini için mikrobiyal esaslı biyosensör geliştirilmesi
Development a microbial biosensor to determine some organic compounds
HATİCE PALÜZAR