Investigation of dimerization in angiotensin receptors by computational methods
Anjiyotensin reseptörlerinde dimerleşmenin hesaplamalı metodlar ile incelenmesi
- Tez No: 806943
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYEMİN ÇOŞUT, PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biyokimya, Kimya, Biophysics, Biochemistry, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 267
Özet
Anjiyotensin reseptörleri birbirleriyle veya diğer reseptörlerle etkileşime girerek GPCR homo- veya heterodimerleri oluşturabilir. Dimerizasyonun bir sonucu olarak, sinyal yolları veya çiftleştikleri ve sinyal verdikleri G proteinlerinin türleri değişebilir ve sinyalleri artabilir veya azalabilir. Bu allosterik mekanizmanın aydınlatılabilmesi için etkileşim arayüzlerinin belirlenmesi önemlidir. Bu tezde ilk olarak anjiyotensin II tip 1 reseptörünün (AT1R) olası homodimer oluşturma ara yüzleri belirlenmiştir. Daha sonra, AT1R'nin anjiyotensin II tip 2 (AT2R) ile oluşturduğu AT1R-AT2R heterodimerinin etkileşim arayüzleri araştırılmıştır. Arayüzler moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanılarak araştırılmıştır. AT1R homodimer için dört olası arayüz önerilmiştir. Bunlar sırasıyla TM1,2,8, TM5, TM4 ve TM4,5 sıkı arayüzleridir. Bir diğer önemli bulgu ise ILE238'in reseptörün inaktif durumunun korunmasında önemli bir rol oynamasıdır. AT1R-AT2R heterodimer için, biri simetrik diğeri asimetrik olmak üzere iki etkileşim arayüzü tanımlanmıştır. Bu arayüzler sırasıyla simetrik TM3,5,6 ve asimetrik TM1,2,8-TM3,4'tür.
Özet (Çeviri)
Angiotensin receptors can interact with each other or with other receptors to form GPCR homo- or heterodimers. As a result of dimerization, their signaling pathways or the types of G proteins with which they couple and signal that they generate may change, and their signaling may increase or decrease. In order to elucidate this allosteric mechanism, it is important to determine the interaction interfaces. In this thesis, firstly, the possible homodimer forming interfaces of angiotensin II type 1 receptor (AT1R) were determined. Then, the interaction interfaces of AT1R-AT2R heterodimer formed by AT1R with angiotensin II type 2 (AT2R) were investigated. Interfaces were investigated using molecular dynamics (MD) simulations. Four possible interfaces are proposed for the AT1R homodimer. These are TM1,2,8, TM5, TM4, and TM4,5 tight interfaces, respectively. Another important finding is that ILE238 plays an important role in maintaining the inactive state of the receptor. Two interaction interfaces were identified for the AT1R-AT2R heterodimer, a symmetric (TM3,5,6) and an asymmetric (TM1,2,8-TM3,4) one.
Benzer Tezler
- Oleik asitin dimerizasyonu ve reaksiyon kinetiğinin incelenmesi
Investigation of the dimerization of oleic acid and its reaction kinetics
BARIŞ KİRİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Kimya Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUZAFFER YAŞAR
- Organosilan bileşikleri ile modifiye edilmiş doğal zeolitin terpenlerin dimerleşme reaksiyonundaki katalitik aktivitesinin araştırılması
Investigation of catalytic activities of organosilane-modified natural zeolite in the dimerization reactions of terpenes
BENSU ÖZYAĞCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULKERİM KARABAKAN
- Structural investigation of G-protein signaling in plants
Bitki G-protein sinyal iletiminin yapısal araştırmaları
BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
Doktora
İngilizce
2009
BiyofizikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- 2-Pirolidonun yapısal özellikleri ve dimer oluşumu üzerine bağlı grup etkisinin AB initio moleküler orbital yöntemleriyle incelenmesi
The investigation of the substituent effects on the structural properties and dimerization process of 2-pyrrolidone by AB initio molecular orbital theory
DİLARA ÖZBAKIR IŞIN
- Computational and experimental investigation of Ras homodimer formation, Ras-effector interactions and ras shuttling
Deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle Ras dimerizasyonunun, Ras efektör etkileşiminin ve Ras'ın taşınmasının incelenmesi
SERENA MURATCIOĞLU
Doktora
İngilizce
2018
BiyofizikKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY