Solunum yolu örneklerinden saptanan rhinovirusların moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi: Retrospektif bir çalışma
Typing of rhinoviruses detected from respiratory tract samples by molecular methods: A retrospective study
- Tez No: 809046
- Danışmanlar: PROF. DR. HARUN AĞCA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Rhinovirus (RV), Enterovirus (EV) cinsindeki Picornaviridae familyasında sınıflandırılır. RV-A, RV-B ve RV-C olmak üzere üç türden oluşur ve 170'in üzerinde RV alt tipi bulunmaktadır. Bu çalışmada, Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı PCR laboratuvarına gönderilen nazofaringeal sürüntü örneklerinde saptanan RV'lerin moleküler olarak alt tiplendirilmesini yapmak ve tiplerin mevsimsel dağılımını, yaş ve cinsiyet kategorileriyle olan ilişkisini belirlemek hedeflendi. RV pozifliği saptanan, 0-90 yaş aralığındaki hastalara ait 80 adet örnekten viral RNA, PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (ThermoFisher Scientific, ABD) kullanılarak ekstrakte edildi. Nükleik asit amplifikasyonu OneStep RT-PCR Kiti (Qiagen, Almanya) kullanılarak gerçekleştirildi. 5'UTR'de korunmuş bölgeleri hedefleyen RV evrensel primerleri kullanılarak amplifiye edildi. Amplifikasyon işlemi sonrasında örnekler agaroz jel elektroforezine tabi tutularak pürifiye edildi. Pürifikasyon sonrası elde edilen PCR ürünleri Sanger dideoksi döngü dizileme metodu kullanılarak tek yönlü DNA dizi analizi yapıldı. Elde edilen diziler MEGA 11 programı kullanılarak değerlendirildi. Bu çalışmada, RV'lerin yıl boyu dolaşımda olduğu ve sonbaharda zirve yaptıkları tespit edildi. Çalışmaya dahil edilen 80 örnekte, RV-A 33 (%41,25), RV-B 8 (%10) ve RV-C 31 (%38,75) adet bulundu. Örneklerin üçü (%3,75) EV-D68 olarak tiplendirilirken, beş (%6,25) örnek tiplendirilemedi. RV-A için 16, RV-B için 3, RVC için 12 olmak üzere, toplam 31 farklı alt tip tespit edildi. RV-A, dört mevsimde de tespit edildi. RV-C enfeksiyonları sıklıkla sonbaharda meydana geldi (p
Özet (Çeviri)
Rhinovirus (RV) is classified in the Picornaviridae family in the Enterovirus (EV) genus and consists of three species, RV-A, RV-B, and RV-C, and there are over 170 RV subtypes. This study aimed to make molecular subtyping of RVs detected in nasopharyngeal swab samples sent to Bursa Uludağ University Medical Microbiology Department PCR laboratory and to determine the seasonal distribution of types and their relationship with age and gender categories. Viral RNA was extracted from 80 samples of patients aged 0-90 years using the PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (ThermoFisher Scientific, USA). Nucleic acid amplification was performed using the OneStep RT-PCR Kit (Qiagen, Germany) by using RV universal primers targeting conserved regions in the 5'UTR. After the amplification process, the samples were purified after agarose gel electrophoresis. One-way DNA sequencing analysis of the PCR products obtained after purification was performed using the Sanger sequencing method. The obtained sequences were analyzed using the MEGA 11 program. In this study, RVs were found to circulate year-round and peak in the fall. In 80 samples, RV-A, RV-B, and RV-C were found in 31 (38.75%), 8 (10%), and 33 (41.25%) samples, respectively. Three samples (3.75%) were typed as EV-D68, while five (6.25%) samples could not be typed. Thirty-one subtypes were identified 16 for RV-A, 3 for RV-B, and 12 for RV-C. While RV-A was detected in all seasons, RV-C was frequent in autumn (p
Benzer Tezler
- Solunum yolu örneklerinde rhinovirusların genotiplendirilmesi
Genotyping of rhinoviruses in respiratory tract speci̇mens
HİKMET NİLŞEN GÜNEY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KENAN MİDİLLİ
- Solunum yolu örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması
Identification of non-tuberculous mycobacteria isolated from respiratory specimens by PR-RFLPC method
ŞERİHAN KÜBRA EMİKOĞLU CERİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MikrobiyolojiAdıyaman ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNUR TARHAN
- Kistik fibrozlu hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların değerlendirilmesi
The consideration of the microorganisms isolated from respiratory tract samples of the patients with cystic fibrosis
MÜZEYYEN SELİN BÜDEYRİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN ZER
- Üriner ve solunum yolu enfeksiyonlarından izole edilen E.colı ve klebsıella izolatlarında bazı virülans genleri ile antibiyotik direnç genlerinin sıklığı
The frequency of some virulence genes and antibiotic resistance genes in E. coli and klebsiella isolates isolated from urinary and respiratory infections
ALİ ATEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİZAMİ DURAN
- Kistik fibrozis hastalarından izole edilen pseudomonas aeruginasa suşlarının moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients
MERİÇ YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. MUSTAFA DERYA AYDIN