Geri Dön

Solunum yolu örneklerinden saptanan rhinovirusların moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi: Retrospektif bir çalışma

Typing of rhinoviruses detected from respiratory tract samples by molecular methods: A retrospective study

PDF İndir

  1. Tez No: 809046
  2. Yazar: BEYZA TUNER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HARUN AĞCA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 97

Özet

Rhinovirus (RV), Enterovirus (EV) cinsindeki Picornaviridae familyasında sınıflandırılır. RV-A, RV-B ve RV-C olmak üzere üç türden oluşur ve 170'in üzerinde RV alt tipi bulunmaktadır. Bu çalışmada, Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı PCR laboratuvarına gönderilen nazofaringeal sürüntü örneklerinde saptanan RV'lerin moleküler olarak alt tiplendirilmesini yapmak ve tiplerin mevsimsel dağılımını, yaş ve cinsiyet kategorileriyle olan ilişkisini belirlemek hedeflendi. RV pozifliği saptanan, 0-90 yaş aralığındaki hastalara ait 80 adet örnekten viral RNA, PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (ThermoFisher Scientific, ABD) kullanılarak ekstrakte edildi. Nükleik asit amplifikasyonu OneStep RT-PCR Kiti (Qiagen, Almanya) kullanılarak gerçekleştirildi. 5'UTR'de korunmuş bölgeleri hedefleyen RV evrensel primerleri kullanılarak amplifiye edildi. Amplifikasyon işlemi sonrasında örnekler agaroz jel elektroforezine tabi tutularak pürifiye edildi. Pürifikasyon sonrası elde edilen PCR ürünleri Sanger dideoksi döngü dizileme metodu kullanılarak tek yönlü DNA dizi analizi yapıldı. Elde edilen diziler MEGA 11 programı kullanılarak değerlendirildi. Bu çalışmada, RV'lerin yıl boyu dolaşımda olduğu ve sonbaharda zirve yaptıkları tespit edildi. Çalışmaya dahil edilen 80 örnekte, RV-A 33 (%41,25), RV-B 8 (%10) ve RV-C 31 (%38,75) adet bulundu. Örneklerin üçü (%3,75) EV-D68 olarak tiplendirilirken, beş (%6,25) örnek tiplendirilemedi. RV-A için 16, RV-B için 3, RVC için 12 olmak üzere, toplam 31 farklı alt tip tespit edildi. RV-A, dört mevsimde de tespit edildi. RV-C enfeksiyonları sıklıkla sonbaharda meydana geldi (p

Özet (Çeviri)

Rhinovirus (RV) is classified in the Picornaviridae family in the Enterovirus (EV) genus and consists of three species, RV-A, RV-B, and RV-C, and there are over 170 RV subtypes. This study aimed to make molecular subtyping of RVs detected in nasopharyngeal swab samples sent to Bursa Uludağ University Medical Microbiology Department PCR laboratory and to determine the seasonal distribution of types and their relationship with age and gender categories. Viral RNA was extracted from 80 samples of patients aged 0-90 years using the PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (ThermoFisher Scientific, USA). Nucleic acid amplification was performed using the OneStep RT-PCR Kit (Qiagen, Germany) by using RV universal primers targeting conserved regions in the 5'UTR. After the amplification process, the samples were purified after agarose gel electrophoresis. One-way DNA sequencing analysis of the PCR products obtained after purification was performed using the Sanger sequencing method. The obtained sequences were analyzed using the MEGA 11 program. In this study, RVs were found to circulate year-round and peak in the fall. In 80 samples, RV-A, RV-B, and RV-C were found in 31 (38.75%), 8 (10%), and 33 (41.25%) samples, respectively. Three samples (3.75%) were typed as EV-D68, while five (6.25%) samples could not be typed. Thirty-one subtypes were identified 16 for RV-A, 3 for RV-B, and 12 for RV-C. While RV-A was detected in all seasons, RV-C was frequent in autumn (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    499022

    Solunum yolu örneklerinde rhinovirusların genotiplendirilmesi

    Genotyping of rhinoviruses in respiratory tract speci̇mens

    HİKMET NİLŞEN GÜNEY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KENAN MİDİLLİ

  2. Tez No

    656985

    Solunum yolu örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması

    Identification of non-tuberculous mycobacteria isolated from respiratory specimens by PR-RFLPC method

    ŞERİHAN KÜBRA EMİKOĞLU CERİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiAdıyaman Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLNUR TARHAN

  3. Tez No

    520317

    Kistik fibrozlu hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların değerlendirilmesi

    The consideration of the microorganisms isolated from respiratory tract samples of the patients with cystic fibrosis

    MÜZEYYEN SELİN BÜDEYRİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN ZER

  4. Tez No

    604493

    Üriner ve solunum yolu enfeksiyonlarından izole edilen E.colı ve klebsıella izolatlarında bazı virülans genleri ile antibiyotik direnç genlerinin sıklığı

    The frequency of some virulence genes and antibiotic resistance genes in E. coli and klebsiella isolates isolated from urinary and respiratory infections

    ALİ ATEŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİZAMİ DURAN

  5. Tez No

    369976

    Kistik fibrozis hastalarından izole edilen pseudomonas aeruginasa suşlarının moleküler tiplendirilmesi

    Molecular typing of pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients

    MERİÇ YILMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Bölümü

    PROF. DR. MUSTAFA DERYA AYDIN

Geri Dön