Geri Dön

Yabani patates bitkisinde biyoinformatik araçlarla genom düzeyinde retrotranspozon ve mirna tanımlanması

Identification of retrotransposon and mirna at genome levelin wild potato plant by bioinformatics tools

  1. Tez No: 810907
  2. Yazar: AYSEL ÖZGÜL KORAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MİNE TÜRKTAŞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 212

Özet

Patates, ucuzluğu, birim alanda yüksek verimi, besin değerlerinin yüksek olması nedeniyle dünya çapında üretilen ve tüketilen bir sanayi (endüstriyel ya da ticari öneme sahip) bitkisidir. Birçok farklı alanda kullanılmaktadır. Çeşitli özelliklere sahip yabani türlerin, yetiştirilen akrabalarına (çeşitlerine) göre daha yüksek genetik varyasyon oranına sahip oldukları için verimliliği artırmaya yönelik çalışmalarda kullanılabileceği belirtilmiştir. Doğada bulunan yabani patates türlerinden biri de S. commersonii Poir'dir. Kültür patatesi S. tuberosum L.'ye göre birçok strese karşı daha dayanıklıdır. Ayrıca yumrusu daha yüksek oranda kuru madde içermesi nedeniyle daha kalitelidir. miRNA'ların yumru üretimindeki rollerini ve kök özellikleri ilişkisini belirlemek için S. commersonii Poir.'nin iki transkriptom kütüphanesinde miRNA'ları tespit etmeyi amaçladık. Bu çalışmada miRNA'lar ilk kez in silico analiz kullanılarak yabani patates transkriptom verilerinde değerlendirilmiştir. Bir dizi miRNA tanımlandı ve bunların yumrudaki potansiyel rolleri tartışıldı. Tespit edilen miRNA'lara dair hedef analizi yapıldı. Ayrıca bu tez kapsamında yabani patates bitkisinde (S. commersonii Poir.) genom çapında yer değiştirebilen elementler olan transpozonların tespit edilmesi amaçlanmıştır.

Özet (Çeviri)

Potato is an industrial plant that is produced and consumed globally due to its cheapness, high yield in the unit area, high nutritional values. It is used in many different fields. It has been stated that wild species with various characteristics can be used in studies to increase productivity because they have a higher rate of genetic variation than their cultivated relatives. One of the wild species of potato found in nature is S. commersonii Poir. It is more resistant to many stresses than cultivated potato S. tuberosum L. Also, its tuber has better quality due to the fact that it contains a higher proportion of dry matter. In order to determine the roles of miRNAs in tuber production and root characteristics relation we aimed to detect miRNAs in two transcriptome libraries of S. commersonii Poir.. In this study miRNAs were evaluated for the first time in the wild potato transcriptome data using in silico analysis. A number of miRNAs were identified, and their potential roles in tuber were discussed. Target analysis of detected miRNAs was performed. In addition, within the scope of this thesis, it is aimed to detect transposons, which are genome-wide transposable elements, in wild potato plant (S. commersonii Poir.).

Benzer Tezler

  1. Integrated weed control in the potato plant and its effect on productivity

    Patates bitkisinde entegre yabancı ot kontrolü ve verimlilik üzerindeki etkisi

    ANMAR KHALID NASSAR NASSAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    ZiraatÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Tarım ve Yaşam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖMER CEM KARAKOÇ

    PROF. DR. KHALİD WAHAB IBADE

  2. Herbisite direnç geni CP4-EPSPS'nin Agrobacterium tumefaciens aracılığıyla patatese aktarılması

    Agrobacterium tumefaciens mediated genetic transformation of potato with CP4-EPSPS herbicidal gene

    SAFA SÜMER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH

  3. Hatay ilinde Solanaceae familyasına bağlı sebzelerde zararlı olan yaprakbiti (Aphidoidea) türleri ve doğal düşmanlarının belirlenmesi

    Determination of aphid species (Aphidoidea) pest on vegetables of Solanaceae family and their natural enemies in Hatay province

    GÜLAY YALÇINKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAMURAN KAYA

  4. cry1Ac ve cry2A genlerine sahip böceğe dayanıklı tütün hatlarının geliştirilmesi

    Development of insect resistant tobacco lines expressing cry1Ac and cry2A genes

    TOLGA DİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH

  5. Türkiye'de kültürü yapılan bazı patates çeşitlerinin in vitro'da tuza dayanıklılığının belirlenmesi üzerine araştırmalar

    Researches on in vitro salt tolerant screeng of different potato cultivars growing in Turkey

    MUSTAFA TURAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEBAHATTİN ÖZCAN