Yabani patates bitkisinde biyoinformatik araçlarla genom düzeyinde retrotranspozon ve mirna tanımlanması
Identification of retrotransposon and mirna at genome levelin wild potato plant by bioinformatics tools
- Tez No: 810907
- Danışmanlar: PROF. DR. MİNE TÜRKTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 212
Özet
Patates, ucuzluğu, birim alanda yüksek verimi, besin değerlerinin yüksek olması nedeniyle dünya çapında üretilen ve tüketilen bir sanayi (endüstriyel ya da ticari öneme sahip) bitkisidir. Birçok farklı alanda kullanılmaktadır. Çeşitli özelliklere sahip yabani türlerin, yetiştirilen akrabalarına (çeşitlerine) göre daha yüksek genetik varyasyon oranına sahip oldukları için verimliliği artırmaya yönelik çalışmalarda kullanılabileceği belirtilmiştir. Doğada bulunan yabani patates türlerinden biri de S. commersonii Poir'dir. Kültür patatesi S. tuberosum L.'ye göre birçok strese karşı daha dayanıklıdır. Ayrıca yumrusu daha yüksek oranda kuru madde içermesi nedeniyle daha kalitelidir. miRNA'ların yumru üretimindeki rollerini ve kök özellikleri ilişkisini belirlemek için S. commersonii Poir.'nin iki transkriptom kütüphanesinde miRNA'ları tespit etmeyi amaçladık. Bu çalışmada miRNA'lar ilk kez in silico analiz kullanılarak yabani patates transkriptom verilerinde değerlendirilmiştir. Bir dizi miRNA tanımlandı ve bunların yumrudaki potansiyel rolleri tartışıldı. Tespit edilen miRNA'lara dair hedef analizi yapıldı. Ayrıca bu tez kapsamında yabani patates bitkisinde (S. commersonii Poir.) genom çapında yer değiştirebilen elementler olan transpozonların tespit edilmesi amaçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Potato is an industrial plant that is produced and consumed globally due to its cheapness, high yield in the unit area, high nutritional values. It is used in many different fields. It has been stated that wild species with various characteristics can be used in studies to increase productivity because they have a higher rate of genetic variation than their cultivated relatives. One of the wild species of potato found in nature is S. commersonii Poir. It is more resistant to many stresses than cultivated potato S. tuberosum L. Also, its tuber has better quality due to the fact that it contains a higher proportion of dry matter. In order to determine the roles of miRNAs in tuber production and root characteristics relation we aimed to detect miRNAs in two transcriptome libraries of S. commersonii Poir.. In this study miRNAs were evaluated for the first time in the wild potato transcriptome data using in silico analysis. A number of miRNAs were identified, and their potential roles in tuber were discussed. Target analysis of detected miRNAs was performed. In addition, within the scope of this thesis, it is aimed to detect transposons, which are genome-wide transposable elements, in wild potato plant (S. commersonii Poir.).
Benzer Tezler
- Integrated weed control in the potato plant and its effect on productivity
Patates bitkisinde entegre yabancı ot kontrolü ve verimlilik üzerindeki etkisi
ANMAR KHALID NASSAR NASSAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
ZiraatÇankırı Karatekin ÜniversitesiTarım ve Yaşam Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER CEM KARAKOÇ
PROF. DR. KHALİD WAHAB IBADE
- Herbisite direnç geni CP4-EPSPS'nin Agrobacterium tumefaciens aracılığıyla patatese aktarılması
Agrobacterium tumefaciens mediated genetic transformation of potato with CP4-EPSPS herbicidal gene
SAFA SÜMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH
- Hatay ilinde Solanaceae familyasına bağlı sebzelerde zararlı olan yaprakbiti (Aphidoidea) türleri ve doğal düşmanlarının belirlenmesi
Determination of aphid species (Aphidoidea) pest on vegetables of Solanaceae family and their natural enemies in Hatay province
GÜLAY YALÇINKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAMURAN KAYA
- cry1Ac ve cry2A genlerine sahip böceğe dayanıklı tütün hatlarının geliştirilmesi
Development of insect resistant tobacco lines expressing cry1Ac and cry2A genes
TOLGA DİNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH
- Türkiye'de kültürü yapılan bazı patates çeşitlerinin in vitro'da tuza dayanıklılığının belirlenmesi üzerine araştırmalar
Researches on in vitro salt tolerant screeng of different potato cultivars growing in Turkey
MUSTAFA TURAN