Genome engineering in the TP53 gene locus in human glioblastoma cell model
İnsan glioblastoma hücre modelinde TP53 gen bölgesinde genom mühendisliği yapılması
- Tez No: 810985
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZLI KESKİN TOKLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Biology, Biotechnology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
“Genomun Koruyucusu”olarak bilinen, tümör baskılayıcı p53 proteini, hücre sağ kalımı, apoptoz, otofaji, senesans, hücre döngüsü, metastaz, invazyon, DNA tamiri ve hücre metabolizması gibi birçok biyolojik faaliyeti regüle eden bir transkripsiyon faktördür. İnsan kanser vakalarının %50'sinden daha fazlasında p53 mutant olarak bulunmaktadır. Glioblastoma sadece tümörün lokasyonu nedeniyle değil aynı zamanda heterojen yapısı nedeniyle tedavi edilmesi en zor kanser türlerinden biridir ve glioblastoma tümörlerinin %85'inde deregüle olmuş p53 yolağı bulunmaktadır. Ancak, mutant p53 proteinlerinin spesifik etkileri glioblastomada henüz kapsamlı olarak araştırılmamıştır. Mutant p53 proteinlerinin glioblastomadaki etkilerinin çalışılabilmesi için p53 protein ifadesinin olmadığı bir glioblastoma hücre hattı modeline ihtiyaç, duyulmaktadır. Bu nedenle bu çalışmanın amacı, TP53 gen lokusunu CRISPR/Cas9 sistemi ile özgün bir yaklaşımla hedefleyerek p53 nakavt glioblastoma hücre hattı oluşturmaktır. TP53 gen lokusundaki iki farklı bölge CRISPR/Cas9 ile eş zamanlı olarak hedeflendi ve aradaki bölge silindi. Gen düzenlemesi yapılan hücre havuzundan elde edilen tek hücre kolonileri taranarak p53-/- hücre klonu bulundu. Bu yeni yaratılan U87-MG p53-/- hücre hattında, TP53 gen lokusundaki bialelik silinme Sanger dizileme ile teyit edildi ve p53 proteinin ifade edilmediği western blot ile gösterildi. Bu hücre hattında hedef dışı etkilerin olmadığı da gösterildi. Bunlara ek olarak, daha ileri karakterizasyon için U87-MG p53-/- hücrelerinin, çoğalma, migrasyon ve koloni oluşturma becerileri incelendi.
Özet (Çeviri)
The p53 tumor suppressor protein, known as the guardian of the genome, is a transcription factor that regulates many biological activities such as cell survival, apoptosis, autophagy, senescence, cell cycle, metastasis, invasion, DNA repair and cell metabolism. p53 is found to be mutant in more that 50% of cancer cases. Glioblastoma is one of the most difficult type of cancer to treat due to not only the location of the tumor but also its heterogeneous structure and 85% of the glioblastoma tumors have deregulated p53 pathway. However, the specific effects of mutant p53 proteins have not been comprehensively investigated in glioblastoma, yet. In order to study mutant p53 proteins in glioblastoma, a cell line model that lacks p53 expression is needed. Therefore, in this study, the aim is to create a p53 knockout glioblastoma cell line via targeting the TP53 gene locus by CRISPR/Cas9 with a novel approach. Two different regions in the TP53 gene locus were targeted with CRISPR/Cas9 simultaneously and the region in between was deleted. The single cell colonies derived from the gene edited cell pool were screened to find the p53-/- cell clone. In this newly created U87-MG p53-/- cell line, biallelic deletion in the TP53 gene locus was confirmed by performing Sanger Sequencing and the loss of p53 protein expression was confirmed by performing western blot. In addition, it was shown that there were no off-target effects in this cell line. For further characterization, proliferation, migration and colony formation abilities of U87-MG p53-/- cells were investigated.
Benzer Tezler
- E. coli'de shigatoksin üretiminden sorumlu STX genlerinin ve CRISPR dizilerinin analizi
Analysis of CRISPR sequences and STX genes responsible for shigatoxin production in E. coli
DOĞUKAN GÜL
- Comparison of screening methods for CRISPR/CAS9-inducedmutations
CRISPR/CAS9-indüklenmiş mutasyonlar için görüntüleme yöntemlerinin karşılaştırılması
ASENA CANTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Optimization of nucleic acid delivery via cationic polymers for genome engineering
Genomik düzenleme için nükleik asitlerin katyonik polimerler ile iletilmesinin optimizasyonu
AYŞEGÜL ÖKTEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
DR. FERHAN AYAYDIN
- Evolutionary engineering of rapamycin-resistant yeast
Evrimsel mühendislikle rapamisine dirençli maya eldesi
ÖMER ESEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Sentetik biyoloji yaklaşımıyla kontrol edilebilir hareket sistemli bir mikrobiorobot prototipinin tasarlanması ve geliştirilmesi
Design and development of a microbiorobot prototype with controlled motion system with synthetic biology approach
NAGEHAN KAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyomühendislikFırat ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ VENHAR ÇELİK