Comparison of screening methods for CRISPR/CAS9-inducedmutations
CRISPR/CAS9-indüklenmiş mutasyonlar için görüntüleme yöntemlerinin karşılaştırılması
- Tez No: 573268
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
CRISPR/Cas9 ile indüklenen mutasyonlar nokta mutasyonundan büyük ekleme/delesyonlara kadar değişiklik göstermektedir. CRISPR/Cas9 sistemini gen susturma amacıyla uyguladıktan sonra, oluşan mutasyon türünü tespit etmek zordur; çünkü çift iplik kırıklarının oluşumundan sonra, onarım sistemi lezyonları kurtarmak için bir kalıp kullanmaz ve rastgele mutasyonlar meydana getirir. Temel olarak, mevcut yöntemler, yanlış eşleşmeler için afiniteye sahip olan MutS proteinine, T7 Endonükleaz Kesim Analizi'ne ya da Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi'ne dayanmaktadır. Bu tezin amacı, CRISPR/Cas9-indüklenmiş mutasyonlar için mevcut mutasyon tarama yöntemlerini karşılaştırmak ve/veya optimize etmek ve mutasyon taraması için yeni bir yöntem test etmektir. BMAL1 knockout MCF10A hücre hattı genomik DNA'sı ve kodladığı Drosphila Kriptokrom dizisinde nokta mutasyonu içeren bir plazmit DNA'sı onların yabanıl karşılıklarıyla birlikte mutasyon tespit analizi için kullanılmıştır. Cas9 proteini, hücrelerde genom mühendisliği uygulamalarında Cas9'un kontrollü kullanımı için bir platform sağlayan bölünmüş bir enzim olarak yeniden yapılandırılabilir. Bu çalışmada, CRISPR-Cas9 düzenleme alanındaki araştırmadan yararlanılmış ve MutS, PAM etkileşimli alan ile değiştirilerek yeniden yapılandırılmış Cas9 proteini üretilmiştir. CRISPR/Cas9 ile indüklenen mutasyonların saptanması için analizlerin kontrollü bir karşılaştırması gerçekleştirilirken, aynı zamanda mutasyonların saptanması için kimerik bir enzim üretmek üzere yeni bir yöntem denenmiştir. Yeniden yapılandırılmış MutS-Cas9 enzimi, mevcut mutasyon tespit yöntemlerine bir alternatif sunmaktadır ve mevcut Cas9 yeniden yapılandırma çalışmalarına bir bakış açısı kazandırmaktadır.
Özet (Çeviri)
CRISPR/Cas9-induced mutations vary from point mutation to large insertion/deletions. It is difficult to detect the type of mutation after applying CRISPR/Cas9 system for gene knockout purpose because after formation of double-strand breaks, the repair system does not use a template for recovering the lesions and induces a random type of mutations. Basically, the available methods are based on MutS protein which has an affinity for mismatches, T7 Endonuclease Cleavage Assay or High-Resolution Melting Analysis. The aim of this thesis is to compare and/or optimize the available mutation screening methods for CRISPR/Cas9-induced mutations and to test a new method for mutation screening. Genomic DNA from BMAL1 knockout MCF10A cell line and a plasmid containing a point mutation in Drosophila Cryptochrome coding sequence alongside with their wild-type partners were used for mutation detection analysis. The Cas9 protein can be re-engineered as a split enzyme, providing a platform for controlled use of Cas9 for genome-engineering applications in the cells. In this study, by utilizing from the research in the CRISPR-Cas9 editing area, MutS was replaced with PAM-interacting domain and reengineered MutS-Cas9 protein was generated. In addition to a controlled comparison of assays was performed for detecting CRISPR/Cas9-induced mutations, as a novel method, a chimeric enzyme for detection of mutations was tried to be generated. Re-engineered MutS-Cas9 enzyme presents an alternative to available mutation detection methods and it gives a point of view in the current Cas9 reengineering studies.
Benzer Tezler
- Hidroksiklorokinin maküla toksisitesinin tanı ve izlenmesinde fundus otoflöresansı
Fundus autofluorescence in diagnosis and monitoring of hydroxychloroquine macular toxicity
VEYSEL CELAL AKBEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Göz HastalıklarıAnkara ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ÖZMERT
- Listeria monocytogenes'in gıdalardan izolasyonunda klasik, serolojik ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması ile stres adaptasyonunun gıda güvenliği açısından incelenmesi
Comparison of conventional, serologic and molecular methods for the isolation of Listeria monocytogenes and an investigation of stress adaptation in terms of food safety
ASLI ŞAHİNER
- Aspergilloz tanısında kullanılan konvansiyonel ve serolojik yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of conventional and serological methods used in the aspergillosis diagnosis
GONCA YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
- Extended Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) araştırma yöntemlerinin karşılaştırılması: Escherichia coli ve klebsiella suşlarında sıklığının saptanması
The Comparison of ESBL investigation methods: The Detection of the frequency in escherichia coli and klebsiella strains
ABDÜLKADİR YILDIRIM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
MikrobiyolojiGATAEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALAADDİN PAHSA
- HPV prevelansı ve servikal kanser tarama testleri etkinliklerinin karşılaştırılması
HPVprevalence and comparison of cervical cancer screening tests activities
MUSTAFA CENGİZ DURA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Kadın Hastalıkları ve DoğumOndokuz Mayıs ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDAN ÇELİK