Anoxybacıllus gonensis 05s15'ten izole edilen yeni, küçük ve halkasal bir plazmitin (pAnox1) karakterizasyonu
Characterization of a novel small and circular plasmid (pAnox1)isolated from Anoxybacillus gonensis 05s15
- Tez No: 811238
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM GÜLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis 05S15 bakterisinden izole edilen ve tanımlanan, 1592 bp uzunluğunda, kriptik, küçük genomlu, çift zincirli, % 40,01 GC içerikli yeni bir plazmit (pAnox1) karakterize edildi. pAnox1 nükleotit dizini ile yapılan BLAST benzerlik araştırmalarına göre diğer plazmitlere önemli ölçüde benzemediği ama replikasyondan sorumlu proteinlerinde benzer bölgelere sahip olduğu bulundu. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda; plazmit genomu üzerinde muhtemel 5 ORF bölgesi belirlendi. Bu ORF'lerden üçü bir zincir, diğer ikisi ise karşı zincir üzerinde bulunmaktadır ve her iki zincirde üç palindrom ve iki iteron dizi tespit edildi. Southern hibridizasyon çalışması yapılarak plazmitin RC replikasyon moduna sahip olduğu belirlendi. Yapılan çalışma sonucunda pAnox1 plazmitinin 3 adet transkript kodladığı ve buna göre de aynı oryantasyonda bulunan ORF-1 ve ORF-3, karşı oryantasyonda bulunan ORF-5'in transkript kodladığı sonucu elde edildi. RACE ve LACE analizleri sonucunda, pAnox1 tarafından kodlanan ORF1 transkriptin 903 bp, ORF3 transkriptin 499 bp, ORF5 transkriptin 211 bp kodladığı ortaya çıkarıldı.
Özet (Çeviri)
In this study, a small, novel, cryptic, double stranded plasmid which has 1592 bp in long and with a total G + C content of 40,01% from Anoxybacillus gonensis 05S15 was characterized. According to BLAST similarity searches performed with the nucleotide sequence of pANox1, it was found that it did not show significant similarity to other plasmids, but it had similar regions to replication proteins responsible for replication. Five ORF regions were predictied on the plasmid genome by bioinformatic analysis. Three of these ORFs are on one strand and the other two are on the opposite strand and three palindromes and two iterons were detected in both strands. The plasmid was determined to have the RC replication mode by performing a Southern hybridization study. As a result of the study, it was concluded that the pAnox1 plasmid encodes 3 transcripts and accordingly ORF-1 and ORF-3 in the same orientation and ORF-5 in the opposite orientation encodes the transcript. Based on RACE and LACE analyzes, it was revealed that the ORF1 transcript encoded by pAnox1 encoded 903 bp, the ORF3 transcript 499 bp, and the ORF5 transcript 211 bp.
Benzer Tezler
- pAnox1 plazmitinin replikatif özelliklerinin in siliko ve in vitro deneylerle analizi
Analysis of replicative properties of pAnox1 plasmid by in silico and in vitro experiments
HATİCE AYYILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM GÜLER
- Anoxybacillus gonensis G2t glukoz izomerazının ısıl kararlılığının K111R-L313I-V101R-A353G/F/W VE T428E/S bölge spesifik mutasyonları ile geliştirilmesi
Improvement thermal stability of glucose isomerase from Anoxybacillus gonensis g2t by site directed mutagenesis K111R-L313I-V101R-A353G/F/W and T428E/S
SEYHAN RAKICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN KARAOĞLU
- Anoxybacillus gonensis D-glukoz (D-ksiloz) izomeraz geninin klonlanması, izolasyonu ve karakterizasyonu
Cloning, isolation and characterization of D-glucose (D-Xylose) isomerase gene from Anoxybacillus gonensis
HAKAN KARAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Anoxybacillus gonensis G2T ksiloz izomeraz geninin klonlanması, gen ürününün saflaştırılması ve karakterizasyonu
Cloning of anoxybacillus gonensis G2T xylose isomerase gene and purification and characterization of gene product
DERYA YANMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyokimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Anoxybacillus gonensis G2T CTP sentetaz geninin klonlanması, ekspresyonu, saflaştırılması ve amonyak-bağımlı CTP sentetaz aktivitesinin karakterizasyonu
Cloning, expression, purification of ctp synthetase from Anoxybacillus gonensis G2T and characterization of NH3-dependent activity of CTP synthetase
AYŞEGÜL SARAL