Geri Dön

Marmara bölgesinde koyunlarda small ruminant lentivirus enfeksiyonunun moleküler karakterizasyonu

Molecular characterization of small ruminant lentivirus infection Among Sheep in the Marmara region

PDF İndir

  1. Tez No: 811272
  2. Yazar: MUSTAFA TÜRKDOĞAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. OĞUZHAN AVCI
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Small Ruminant Lentivirus (SRLV), Maedi-Visna hastalığına neden olan, Lentivirus genusunda yer alan enfeksiyöz viral etkendir. Koyunlarda verim kaybı nedeni ile ekonomik kayıplara sebep olan ve yavaş ilerleyen persiste karaktere sahip enfeksiyon oluşturmaktadır. Ülkemizde varlığı bildirilen enfeksiyon dünya genelinde görülmektedir. Bu çalışmada, Marmara Bölgesi'nde enfeksiyonun yaygınlığının ve virusun moleküler karakterizasyonunun gösterilmesi ile serolojik teşhis yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlandı. Bu kapsamda enfeksiyonun yaygınlığı, SRLV etkenine karşı oluşan spesifik antikor varlığı 16 adet sürüden 293 adet koyun serum örneğinden ELISA test metoduyla araştırıldı. ELISA test ile 12 adet sürü (%75) içerisinden 54 adet örnek (%18.43) seropozitif tespit edildi. Virusun moleküler karakterizasyonu için 6 adet sürüden 12 adet koyun defibrine kan örnekleri ile 4 adet koyun organ örnekleri SRLV etkeninin LTR gen bölgesini hedefleyen PCR analizi ile araştırıldı. Optimize edilen PCR analizi ile 2 adet örnekte viral DNA varlığı tespit edildi. Pozitif bulunan örneklere DNA dizileme analizleri yapılarak LTR dizinleri elde edildi. LTR dizinleri filogenetik analizler ile referans suşlar ve farklı saha izolatları karşılaştırılarak filogenetik ağaçlar oluşturuldu. Sekans ve filogenetik analizler ile pozitif tespit edilen 2 adet izolatın da Genotip A ile karakterize olduğu tespit edildi. Filogenetik ağaç içerisinde izolatların A24 alt tipi ile kümelendiği görüldü. Serolojik teşhis yöntemlerinin karşılaştırılması amacıyla ELISA test metodu ile AGID test metodu 100 adet koyun serum örneğinin analizleri yapılarak değerlendirildi. ELISA testi ile pozitif (n=54) ve negatif (n=46) tespit edilen örneklerin 43 adeti AGID testi ile pozitif tespit edilirken 57 adeti negatif tespit edildi. AGID ve ELISA testinin kappa değeri 0.7824 olarak hesaplandı. Güven sınırı (%95) içerisinde 0.6641 ile 0.9008 alt ve üst değerlere sahip bulundu. AGID ve ELISA testlerinin doğruluk oran değerleri %89 olarak bulundu. AGID testinin spesifite değeri ELISA testinden daha yüksek iken ELISA testinin ise sensitivite değeri AGID testinden daha yüksek olduğu hesaplandı. Bu çalışmada Marmara Bölgesi'nde yetiştirilen koyunlarda SRLV enfeksiyonunun seroprevalans oranı %18.43 olarak tespit edildi. Yerel virus izlotlarının Genotip A varlığı gösterildi. Yerel sürülerde SRLV enfeksiyonunun teşhis ve epidemiyolojik çalışmalarında fayda sağlayacak serolojik yöntemlerin karşılaştırılması yapıldı. Bu çalışmada elde edilen verilerin koyunlarda SRLV enfeksiyonlarının etiyolojik, epidemiyolojik ve eradikasyon çalışmalarına katkı sağlayacağı ifade edilebilir.

Özet (Çeviri)

Small Ruminant Lentivirus (SRLV) is an infectious viral agent in the genus Lentivirus that causes Maedi-Visna disease. It is a slowly progressive, persistent infection that causes economic losses due to yield loss in sheep. The infection, which has been reported in our country, is seen worldwide. In this study, it was aimed to show the prevalence of infection and molecular characterization of the virus in the Marmara Region and to compare serological diagnostic methods. In this context, the prevalence of infection and the presence of specific antibodies against SRLV were investigated by the ELISA test method in 293 sheep serum samples from 16 flocks. By ELISA test, 54 samples (18.43%) from 12 flocks (75%) were seropositive. For molecular characterization of the virus, 12 sheep defibrinated blood samples and 4 sheep organ samples from 6 flocks were investigated by PCR (polymerase chain reaction) analysis targeting the LTR gene region of SRLV. The presence of viral DNA was detected in 2 samples by optimized PCR analysis. DNA sequencing analyses were performed on the positive samples, and LTR sequences were obtained. Phylogenetic trees were created by comparing LTR sequences with reference strains and different field isolates using phylogenetic analyses. It was determined that 2 isolates, which were found positive by sequence and phylogenetic analyses, were characterized by Genotype A. In the phylogenetic tree, the isolates were clustered under subtype A24. In order to compare serological diagnostic methods, the ELISA test method and the AGID test method were evaluated by analyzing 100 sheep serum samples. Of the samples that were positive (n=54) and negative (n=46) by ELISA test, 43 were positive by AGID test, and 57 were negative. The kappa value of the AGID and ELISA tests was calculated as 0.7824. Within the confidence limit (95%), 0.6641 and 0.9008 were found to have lower and upper values, respectively. The accuracy rates of the AGID and ELISA tests were found to be 89%. The specificity value of the AGID test was higher than the ELISA test, while the sensitivity value of the ELISA test was higher than the AGID test. As a result of the study, it was observed that the seroprevalence rate of SRLV infection in sheep in the Marmara Region was 18.43%. Genotype A presence of local virus isolates was shown. A comparison of serological methods that will be useful in the diagnosis and epidemiological studies of SRLV infection was made. It can be stated that this study will contribute to the etiological, epidemiological, and eradication studies of SRLV infections in sheep.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    644933

    Marmara bölgesinde ruminant abortlarında chlamydia abortus'un real time PCR ile teşhisi ve multilokus VNTR analizi ile genotiplendirilmesi

    Diagnosis of chlamydia abortus by real time PCR in ruminant abortions in the marmara region and genotyping with multilocus VNTR analysis

    MEHMET ENGİN MALAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ

  2. Tez No

    772260

    Serological investigation of peste des petits ruminants in lambs in Iraq-Kirkuk region

    Irak–Kerkük bölgesinde kuzularda küçük ruminant vebası (pestedes petits ruminants ppr)'ın seroprevalansı

    SARWAT KHORSHED RAHEEM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Sağlık YönetimiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN KOZAT

  3. Tez No

    880111

    Reactıve yellow 145 ve dırect blue 86 boya karışımının inaktif ulocladıum chartarum küfü ile biyosorpsiyonu

    Biosorption of reactive yellow 145 and direct blue 86 dye mixture by inactive ulocladium chartarum mold

    GAMZE EYLÜL TÜZÜNER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaSakarya Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CAN SERKAN KESKİN

  4. Tez No

    106670

    Euro'ya geçiş ve euro para birimli tahvil piyasalarının yapısı ve işleyişi üzerine bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    SEVGİ AYDOĞDU TÜRKKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    EkonomiMarmara Üniversitesi

    Sermaye Piyasası ve Borsa Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. GÜREL KONURALP

  5. Tez No

    673525

    Evaluating BFAST algorithm in landsat time series analysisof monitoring deforestation dynamics in coniferousand deciduous forests

    Landsat zaman serisi ile iğne ve geniş yapraklı ormanlardaormansızlaşma dinamiklerinin izlenmesinde BFASTalgoritmasının değerlendirilmesi

    NOOSHIN MASHHADI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Coğrafi Bilgi Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. UĞUR ALGANCI

Geri Dön