Protein profiling of human gastric organoid model ınfected with outer membrane ınflammatory protein a (OİPA) on and δoipa helicobacter pylori strains
Diş zar inflamatuar protein a (OİPA) on ve δoipa helicobacter pylori suşlari ile enfekte olmuş insan mide organoid modelinin protein profillerinin belirlenmesi
- Tez No: 811348
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM ÖKTEM OKULLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 140
Özet
Helicobacter pylori dünya nüfusunun yaklaşık yarısını enfekte ederek midede inflamasyonun oluşmasına yol açan bir patojendir. Bakterinin sebep olduğu enfeksiyonda en önemli adımlarından biri mide epitel hücrelere tutunmasıdır. Tutunmada, yüzey proteinleri ile etkileşime girebilen ve enfeksiyon seyrine etki edebilen virülans faktörlerinden dış zar proteinleri görev alır. Dış zar proteinlerinden, Outer inflamatory protein A (OipA) tutunmada rol alarak mide epitel hücrelerinde pro-enflamatuar sinyallerin oluşmasını ve IL-8 salgılanmasını indükler. Bu çalışmada enfeksiyon seyrine etkilerinin tam olarak bilinmediği OipA proteininin gastrik hücreler üzerindeki etkisi, hücrelerin enfeksiyon sonrasındaki protein profilleri ile araştırılmıştır. Enfeksiyon için H. pylori G27 suşu kullanılarak oipA geni silinmiş, bakteriden bakteriye fark edebilecek diğer virülans faktörlerin, virülans gen profiline bilinen etkisi ortadan kaldırılmıştır. Doğal dokunun taklit edildiği gastrik organoid modeli kullanılarak fizyolojik olarak daha güvenilir bir enfeksiyon modeli oluşturulması amaçlanmıştır. İnsan korpus dokusundaki yetişkin kök hücreler kullanılarak oluşturulan model karakterize edilmiş, gastrik dokuya ait dört ana hücre kökeninin ifade edildiği gözlemlenmiştir. Elde edilen proteomik veri analiz edilmiş, 1922 adet protein tanımlanmıştır. Yapılan kantifikasyon çalışmaları ile 97 adet proteinin miktarlarının, enfeksiyonda OipA'nın varlığında ve yokluğunda istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde değiştiği tespit edilmiştir. Biyoinformatik analizlerle proteinlerin hücre içerisindeki görevleri ve dahil oldukları yolaklar araştırılmıştır. Sonuç olarak OipA proteininin varlığı H. pylori enfeksiyonunda hangi protein ve yolakları etkiliyor analiz edilmiş, enfeksiyon seyrinin anlaşılmasında kullanılabilecek biyobelirteç, tedavi ve aşı çalışmalarına hedef protein adayları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Helicobacter pylori, a pathogenic bacterium, infects about half of the world's population and causes inflammation in the stomach. A crucial step in its infection is its attachment to the stomach epithelial cells, which is facilitated by outer membrane proteins. Among these proteins, outer inflammatory protein A (OipA) induces pro-inflammatory signals and IL-8 secretion, playing a significant role in bacterial attachment. The present study focuses on the effects of the OipA protein on gastric cells during infection using protein profiling. To eliminate the effects of other virulence factors, the oipA gene was deleted using the H. pylori reference strain G27 for the infection study. Moreover, to create a more physiologically reliable infection model that mimics natural tissue without using animal models or cancer cell lines, a gastric organoid model was developed by using adult stem cells from human corpus tissue. The model exhibited four lineages of stomach cells and used as an infection model in this study. As a result of LC-MS/MS data analysis, out of the 1922 proteins identified through quantification studies, 97 proteins were identified that were statistically significantly different in their quantities in the presence and absence of OipA during infection. The intracellular functions and pathways of these proteins were investigated using bioinformatic analysis. This study examined the impact of the OipA protein on gastric cells during H. pylori infection and identified promising protein candidates that could serve as targets for biomarker, treatment, and vaccine development studies to improve the prognosis of H. pylori-associated diseases.
Benzer Tezler
- Expression profiling of Helicobacter-activated regulatory B cells
Helicobacter-aktive regülatör B hücrelerinde gen ifadesinin belirlenmesi
SAWSAN S.A. SAID
Doktora
İngilizce
2018
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Kayısı çekirdeğindeki yağ cisimciklerinin in vitro mide ve ince bağırsak sindirimi sırasındaki davranışı
The behavior of apricot kernel oil bodies during in vitro gastric and intestinal digestion
ASLI KANCABAŞ KILINÇ
Doktora
Türkçe
2022
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİBEL KARAKAYA
- The role of chemerin in Helicobacter pylori induced gastric pathogenesis
Helicobacter pylori ile indüklenen gastrik patogenezde kemerinin rolü
MANTASHA TABASSUM
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Deniz Salyangozu'ndan (patella vulgata) enzimatik olarak elde edilen protein hidrolizatlarının bazı biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Determination of some biological activities of protein hydrolysates enzymatically obtained from limpet (patella vulgata)
GÜRKAN BİLİR
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ EKİNCİ