Geri Dön

Does host mucin - salmonella adhesion interaction steer disease invasiveness?: A comparative study using common clinically important serovars

Konak müsin - salmonella tutunma etkileşimi hastalığın invazyasyonunu etkiliyor mu?: Klinik olarak önemli yaygın serovarların kullanıldığı karşılaştırmalı bir çalışma

PDF İndir

  1. Tez No: 811591
  2. Yazar: DENİZ TUNALIER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Salmonella, multipleks polimerize zincir reaksiyonu, ikincil yapı modelleme, yanaştırma, protein – protein etkileşimleri, Salmonella, multiplex polymerase chain reaction (PCR), secondary structure modelling, docking, protein – protein interactions
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 174

Özet

Gram-negatif, çubuksu ve hareketli Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella) en yaygın gıda kaynaklı patojenlerdendir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) yılda en az 100 milyon insanın salmonelloz hastalığına yakalandığını belirtmiştir. Konak özgüllüğü ya da klinik belirtilere göre sınıflandırılan Salmonella'nın 2600'den fazla suşu vardır. Salmonella'nın büyük adezini SiiE'nin konak reseptörü MUC1'dir. siiE'nin bulunması hastalığın seyrini etkileyebilmektedir. Salmonellozun şiddeti MUC1 ve SiiE etkileşiminden etkilenebilir. Bu çalışmada Salmonella'nın konak özgüllüğünün, bu etkileşim yoluyla nüfuz edebilmesinin derecesini etkilediği varsayılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, farklı Salmonella suşlarının bağlanma özelliklerini gözlemlemek için Salmonella'nın SiiE adezini ve konak reseptörü MUC1 arasındaki protein–protein etkileşimlerini (PPE) incelemektir. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nden (UBBM), önceden tüm genomu dizilenmiş yerel ODTÜ Salmonella izolatlarının hem de evrensel Salmonella izolatlarının siiE gen dizileri alınmıştır. ODTÜ izolatları konakçıları, moleküler alt tipleri ve Türkiye'de insanlarda hastalık yapma sıklıklarına göre seçilmiştir. Benzer yaklaşım UBBM'den dünya çapındaki suşları seçerken de kullanılmıştır; kıtalar arasında insanlarda hastalık yapmada en sık ve en az gözlemlenen suşlar kullanılmıştır. Toplam gen dizilimi yapılmış ODTÜ Salmonella izolatlarının (n=47) dizi verileriyle, siiE'nin varlığını multipleks polymerize zincir reaksiyonuyla (PZR) belirlemek için primer setleri tasarlanmıştır. Toplamda 78 Salmonella izolatının geni taranmıştır. Multipleks PZR sonuçlarına göre, bütün izolatlarda (n=78) siiE bulunduğundan, siiE'nin Salmonella suşlarında yaygın olduğu sonucuna varılmıştır. Bilgisayarda analiz için, 37 önemli Salmonella suşunun toplam gen verileri UBBM'den alınmıştır. 5559 amino asit içeren SiiE, Salmonella proteomunun en büyük proteini olduğundan, bu proteinin temsili bölgesi, 50.'den 52.'ye bakteriyel immünglobulin benzeri domainleri (BIg50:52) ileriki analizlerde kullanılmıştır. Salmonella izolatlarındaki (n=84) amino asit farklılıklarını belirlemek için SiiE BIg50:52'den filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Bu ağaçta 20 adet kümelenme belirlenmiştir ve en çok farklılığın 5113. ve 5336. amino asitlerde olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca toplam gen dizilimi yapılmış olan ODTÜ Salmonella izolatları (n=47) ve UBBM'den seçilen Salmonella izolatlarının (n=5) ikincil yapı modellenmesi, sabit cisim yanaştırmasında kullanılmak için iplikleme yöntemiyle yapılmıştır. SiiE-MUC1 yanaştırmasından, PPE'ler disülfit köprüleri hariç diğer etkileşimlerin bağlanmada rol oynadığını göstermiştir. Ek olarak MUC1 ve farklı Salmonella suşlarının SiiE BIg50:52'sinin etkileşiminde, Salmonella konak özgüllüğü açısından ilişki gözlemlenmemiştir. Son olarak, SiiE'nin 5174. ve 5175. amino asitlerinin Salmonella'nın SiiE'si ve Homo sapiens'in MUC1'i arasındaki konak reseptör etkileşiminde önemli bir rolü olabileceğine dikkat çekilmiştir. Bu çalışma Salmonella – konak etkileşimini ve Salmonella çeşitliliğinin konağa bağlanma özelliklerinde ve nüfuz edebilmesindeki etkisini daha iyi bir şekilde anlamaya katkıda bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella) which is a Gram-negative, rod-shaped, and motile bacterium, is one of the most prevalent foodborne pathogens. World Health Organization (WHO) highlighted that at least 100 million people suffer from salmonellosis annually. Salmonella has over 2600 serovars which are characterized in terms of host specificity or clinical manifestation. Host mucin 1 (MUC1) is a receptor for Salmonella giant adhesin Salmonella intestine infection (SiiE). The presence of siiE might affect the course of the disease. The severity of salmonellosis might be affected by MUC1 and SiiE interaction. In this study, it's hypothesized that the degree of invasiveness through this interaction varies regarding host specificity of Salmonella. Determining protein-protein interactions (PPIs) between SiiE adhesin of Salmonella and its host receptor MUC1 to observe binding characteristics of different Salmonella serovars is the aim of the study. The gene sequences of siiE of previously whole genome sequenced (WGS) local METU Salmonella isolates, as well as universal Salmonella isolates retrieved from National Center for Biotechnology Information (NCBI). METU isolates were selected by their original hosts, molecular subtypes, and frequency of making disease in humans in Türkiye. Similar approach was used to select serovars world-wide from NCBI; serovars representing the most and the least observation rates for making disease in humans among the continents were used. By using sequence data of previously WGS METU Salmonella isolates (n=47), primer sets were designed to conduct multiplex PCR to detect presence of siiE gene. Overall, 78 representative Salmonella isolates were subjected to screening of the gene. According to the multiplex PCR results, all these isolates (n=78) have siiE, therefore it is concluded that siiE is an abundant gene among Salmonella serovars. For in silico analysis, genome data of important 37 Salmonella isolates were obtained from NCBI. Since SiiE is the biggest protein in Salmonella proteome, including 5559 amino acids, a representative region of this protein which is bacterial immunoglobulin-like domains 50th to 52nd (BIg50:52), was used for further analysis. A phylogenetic tree was constructed from SiiE BIg50:52 to observe amino acid substitutions in Salmonella isolates (n=84). Total of 20 clusters were observed in the phylogenetic tree and the most prevalent substitutions were detected on residues 5113 and 5336. Also, secondary structures of WGS METU Salmonella isolates (n=47) and selected isolates from NCBI (n=5) were determined by using threading approach to furtherly use in docking with rigid body method. From docking between SiiE and MUC1, PPIs showed that except disulfide bridges other interactions have a role on binding. Moreover, no correlation was observed for interaction of MUC1 and SiiE BIg50:52 of different Salmonella serovars in terms of host specificity. Finally, it was remarked that SiiE's residues 5174 and 5175 may have a vital role on host – receptor interaction between SiiE of Salmonella and MUC1 of Homo sapiens. This study contributed to a better understanding of Salmonella – host interactions and observing the effect of Salmonella diversity on binding characteristics and invasiveness.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    75312

    Okunabilir kopyalama algoritmalı DSM sisteminin gerçeklenmesi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZGÜR KORAY ŞAHİNGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TAKUHİ NADİA ERDOĞAN

  2. Tez No

    726820

    Bakır alaşımları esaslı anti-bakteriyel yüzey kaplamalarının üretimi ve karakterizasyonu

    Anti-bacterial efficacy of wire arc sprayed copper alloy coatings against various pathogens

    SAMİ ARDA KOCAMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZGÜL KELEŞ

  3. Tez No

    276772

    UV radyasyonunun Bracon hebetor (Hymenoptera:Braconidae) ile konukçuları Ephestia kuehniella (Lepidoptera:Pyralidae) ve Plodia interpunctella (Lepidoptera:Pyralidae) larvaları üzerine etkisi

    Effect of UV radiation on Bracon hebetor (Hymenoptera:Braconidae) and its host larvae, Ephestia kuehniella (Lepidoptera:Pyralidae) and Plodia interpunctella (Lepidoptera:Pyralidae)

    AYLA KÜSMÜŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiErciyes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYDIN Ş. TUNÇBİLEK

  4. Tez No

    255652

    Mega events as a place marketing strategy in entrepreneurial cities: Stakeholder analysis of Izmir EXPO 2015 candidacy

    Girişimci kentlerde cazibe merkezi oluşturma stratejisi olarak dev etkinlikler: İzmir EXPO 2015 adaylık süreci aktör analizi

    HAYRİYE ÖZLEM EDİZEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELİH PINARCIOĞLU

  5. Tez No

    904233

    Spor tesislerinde beyaz fil vakalarına bir örnek: İstanbul Atatürk Olimpiyat Stadyumu

    An example of white elephant cases at sport facilities: Istanbul Ataturk Olympic Stadium

    AHMET BATUHAN AKBULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    EkonomiGazi Üniversitesi

    Spor Yöneticiliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZAFER ÇİMEN

Geri Dön