Does host mucin - salmonella adhesion interaction steer disease invasiveness?: A comparative study using common clinically important serovars
Konak müsin - salmonella tutunma etkileşimi hastalığın invazyasyonunu etkiliyor mu?: Klinik olarak önemli yaygın serovarların kullanıldığı karşılaştırmalı bir çalışma
- Tez No: 811591
- Danışmanlar: PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Salmonella, multipleks polimerize zincir reaksiyonu, ikincil yapı modelleme, yanaştırma, protein – protein etkileşimleri, Salmonella, multiplex polymerase chain reaction (PCR), secondary structure modelling, docking, protein – protein interactions
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gram-negatif, çubuksu ve hareketli Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella) en yaygın gıda kaynaklı patojenlerdendir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) yılda en az 100 milyon insanın salmonelloz hastalığına yakalandığını belirtmiştir. Konak özgüllüğü ya da klinik belirtilere göre sınıflandırılan Salmonella'nın 2600'den fazla suşu vardır. Salmonella'nın büyük adezini SiiE'nin konak reseptörü MUC1'dir. siiE'nin bulunması hastalığın seyrini etkileyebilmektedir. Salmonellozun şiddeti MUC1 ve SiiE etkileşiminden etkilenebilir. Bu çalışmada Salmonella'nın konak özgüllüğünün, bu etkileşim yoluyla nüfuz edebilmesinin derecesini etkilediği varsayılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, farklı Salmonella suşlarının bağlanma özelliklerini gözlemlemek için Salmonella'nın SiiE adezini ve konak reseptörü MUC1 arasındaki protein–protein etkileşimlerini (PPE) incelemektir. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nden (UBBM), önceden tüm genomu dizilenmiş yerel ODTÜ Salmonella izolatlarının hem de evrensel Salmonella izolatlarının siiE gen dizileri alınmıştır. ODTÜ izolatları konakçıları, moleküler alt tipleri ve Türkiye'de insanlarda hastalık yapma sıklıklarına göre seçilmiştir. Benzer yaklaşım UBBM'den dünya çapındaki suşları seçerken de kullanılmıştır; kıtalar arasında insanlarda hastalık yapmada en sık ve en az gözlemlenen suşlar kullanılmıştır. Toplam gen dizilimi yapılmış ODTÜ Salmonella izolatlarının (n=47) dizi verileriyle, siiE'nin varlığını multipleks polymerize zincir reaksiyonuyla (PZR) belirlemek için primer setleri tasarlanmıştır. Toplamda 78 Salmonella izolatının geni taranmıştır. Multipleks PZR sonuçlarına göre, bütün izolatlarda (n=78) siiE bulunduğundan, siiE'nin Salmonella suşlarında yaygın olduğu sonucuna varılmıştır. Bilgisayarda analiz için, 37 önemli Salmonella suşunun toplam gen verileri UBBM'den alınmıştır. 5559 amino asit içeren SiiE, Salmonella proteomunun en büyük proteini olduğundan, bu proteinin temsili bölgesi, 50.'den 52.'ye bakteriyel immünglobulin benzeri domainleri (BIg50:52) ileriki analizlerde kullanılmıştır. Salmonella izolatlarındaki (n=84) amino asit farklılıklarını belirlemek için SiiE BIg50:52'den filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Bu ağaçta 20 adet kümelenme belirlenmiştir ve en çok farklılığın 5113. ve 5336. amino asitlerde olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca toplam gen dizilimi yapılmış olan ODTÜ Salmonella izolatları (n=47) ve UBBM'den seçilen Salmonella izolatlarının (n=5) ikincil yapı modellenmesi, sabit cisim yanaştırmasında kullanılmak için iplikleme yöntemiyle yapılmıştır. SiiE-MUC1 yanaştırmasından, PPE'ler disülfit köprüleri hariç diğer etkileşimlerin bağlanmada rol oynadığını göstermiştir. Ek olarak MUC1 ve farklı Salmonella suşlarının SiiE BIg50:52'sinin etkileşiminde, Salmonella konak özgüllüğü açısından ilişki gözlemlenmemiştir. Son olarak, SiiE'nin 5174. ve 5175. amino asitlerinin Salmonella'nın SiiE'si ve Homo sapiens'in MUC1'i arasındaki konak reseptör etkileşiminde önemli bir rolü olabileceğine dikkat çekilmiştir. Bu çalışma Salmonella – konak etkileşimini ve Salmonella çeşitliliğinin konağa bağlanma özelliklerinde ve nüfuz edebilmesindeki etkisini daha iyi bir şekilde anlamaya katkıda bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Salmonella enterica subsp. enterica (Salmonella) which is a Gram-negative, rod-shaped, and motile bacterium, is one of the most prevalent foodborne pathogens. World Health Organization (WHO) highlighted that at least 100 million people suffer from salmonellosis annually. Salmonella has over 2600 serovars which are characterized in terms of host specificity or clinical manifestation. Host mucin 1 (MUC1) is a receptor for Salmonella giant adhesin Salmonella intestine infection (SiiE). The presence of siiE might affect the course of the disease. The severity of salmonellosis might be affected by MUC1 and SiiE interaction. In this study, it's hypothesized that the degree of invasiveness through this interaction varies regarding host specificity of Salmonella. Determining protein-protein interactions (PPIs) between SiiE adhesin of Salmonella and its host receptor MUC1 to observe binding characteristics of different Salmonella serovars is the aim of the study. The gene sequences of siiE of previously whole genome sequenced (WGS) local METU Salmonella isolates, as well as universal Salmonella isolates retrieved from National Center for Biotechnology Information (NCBI). METU isolates were selected by their original hosts, molecular subtypes, and frequency of making disease in humans in Türkiye. Similar approach was used to select serovars world-wide from NCBI; serovars representing the most and the least observation rates for making disease in humans among the continents were used. By using sequence data of previously WGS METU Salmonella isolates (n=47), primer sets were designed to conduct multiplex PCR to detect presence of siiE gene. Overall, 78 representative Salmonella isolates were subjected to screening of the gene. According to the multiplex PCR results, all these isolates (n=78) have siiE, therefore it is concluded that siiE is an abundant gene among Salmonella serovars. For in silico analysis, genome data of important 37 Salmonella isolates were obtained from NCBI. Since SiiE is the biggest protein in Salmonella proteome, including 5559 amino acids, a representative region of this protein which is bacterial immunoglobulin-like domains 50th to 52nd (BIg50:52), was used for further analysis. A phylogenetic tree was constructed from SiiE BIg50:52 to observe amino acid substitutions in Salmonella isolates (n=84). Total of 20 clusters were observed in the phylogenetic tree and the most prevalent substitutions were detected on residues 5113 and 5336. Also, secondary structures of WGS METU Salmonella isolates (n=47) and selected isolates from NCBI (n=5) were determined by using threading approach to furtherly use in docking with rigid body method. From docking between SiiE and MUC1, PPIs showed that except disulfide bridges other interactions have a role on binding. Moreover, no correlation was observed for interaction of MUC1 and SiiE BIg50:52 of different Salmonella serovars in terms of host specificity. Finally, it was remarked that SiiE's residues 5174 and 5175 may have a vital role on host – receptor interaction between SiiE of Salmonella and MUC1 of Homo sapiens. This study contributed to a better understanding of Salmonella – host interactions and observing the effect of Salmonella diversity on binding characteristics and invasiveness.
Benzer Tezler
- Okunabilir kopyalama algoritmalı DSM sisteminin gerçeklenmesi
Başlık çevirisi yok
ÖZGÜR KORAY ŞAHİNGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TAKUHİ NADİA ERDOĞAN
- Aile hukukuna dair ayetlerin İslam hukuku açısından değerlendirmesi (Ibn Âşûr örneği)
An evaluattion of verses on family law in terms of Islamic law (Ibn Âshur example)
LEYLA ŞÜKRAN KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
DinOndokuz Mayıs ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ŞAHİN
- The key question in symbiotic nitrogen fixation: How does host maintain a bacterial symbiont?
Simbiyotik azot fiksasyonunda anahtar soru: Konak bitki bakteriyel simbiyontu nasıl hücre içerisinde hayatta tutuyor?
ONUR ÖZTAŞ
Doktora
İngilizce
2017
BotanikUnıversıty Of Massachusetts AmherstMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DONG WANG
- Does interaction between Turkish and Syrians living in Türkiye have an effect on prejudice in intergroup relations
Türkiye'de yaşayan Türkler ve Suriyeliler arasındaki etkileşimin gruplar arası ilişkilerde önyargı üzerinde bir etkisi var mı
EKATERINA MILADZHI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
SosyolojiBahçeşehir ÜniversitesiKüresel İlişkiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NİLÜFER NARLI
- Graft-versus-host hastalarında nr3c1 geni ve promotor bölgesı ile glukokortikoid reseptör direnci arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between nr3c1 gene and promotor region and glucocorticoid receptor resistance in graft-versus-host patients
ELENA DANIELA HUTANU