Complete chloroplast genome sequence and phylogenetic analysis of common apricots (Prunus armeniaca L.) and comparative analysis with other Prunus chloroplast genomes
Kayılarının (Prunus armeniaca L.) tam kloroplast genom dizisi ve filogenetik analizi ve diğer Prunus kloroplast genomları ile karşılaştırmalı analiz
- Tez No: 812219
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Prunus armeniaca, Filogenomik, Kloroplast genomu, Maternal kalıtım, Prunus armeniaca, Phylogenomics, Chloroplast genome, Maternal inheritance
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bu çalışmada, kültür kaysısı (Prunus armeniaca L.) kloroplast (CP) genomunun mutasyon özelliklerini ve genom yapısını belirlemek amacıyla, toplam DNA'dan kloroplast nükleotid okumaları filtrelenip de novo birleştirilerek, 30 kaysı CP genomu elde edilmiştir. Kayısıların CP genomları, GenBank'tan alınan Prunus cinsine ait 30 CP genomu ile birlikte analiz edilmiştir. Tüm 52 CP genomunda, genomik karşılaştırma ve filogenetik analiz gerçekleştirilmiştir. 30 kayısı CP genomunun uzunlukları, 158 057 bp ile 158 089 bp arasında değişmekte olup, genomik yapının, gen organizasyonu ve sırasının korunduğu belirlenmiştir. İlginç bir şekilde, tüm kayısılar sadece üç haplotip ve yakın ilişki gösterirken, plum pox virüsüne dayanıklı“Zard”ve melezleri, Mandurya kayısı (P. mandshurica Maxim) ile gruplandırılmıştır. CP genomu filogenetik analizi kayısı türlerinin morfolojik gruplanmalarından farklı gruplandırmıştır.ı; kültür ve Mandurya ve Japon kaysısı (P. mume Sieb.) aynı grupta yer alırken Sibirya kaysısı (P. sibirica L.), Japon eriği (P. cerasifera Ehrh.) ile ayrı bir grup oluşturmuştur. Bu tez çalışmasında üretilen CP filogenomik sonuçlar, kayısı türlerinin filogenetik ilişkilerine yeni ve önemli perspektifler sunmakta ve Prunus evrimi üzerine gelecekteki karşılaştırmalı çalışmalar için bir çerçeve oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
In this study, to better reveal the mutation characteristics and evolution patterns of the common apricot (Prunus armeniaca L.) chloroplast (CP) genome, the complete CP genomes from 30 apricot accessions were de novo assembled filtering from total DNA. The complete CP genomes of the apricots were analyzed together with 30 CP genomes from the Prunus genus retrieved from the GenBank. All 52 CP genomes were used for genomic comparison and phylogenetic inference. The lengths of the CP genome of the 30 apricot CP genomes ranged from 158 057 nt to 158 089 nt, exhibiting conservation of genomic structure, and gene organization and order. Interestingly, while all apricots showed only three haplotypes and close relation,“Zard”and its offsprings, known as common apricot and plum pox virus resistant, was grouped with P. mandshurica. Based on the CP genome evolution analysis, apricot species did not reflect their morphological systematics grouping; while common apricot, Manchurian apricot (P. mandshurica Maxim) and Japanese apricot (P. mume) were grouped as adjacent clades, Siberian apricot (P. sibirica L.) took distant position together with Japanese plum (P. cerasifera Ehrh.) on the phylogenetic tree. The CP phylogenomics results suggest new and important insights into phylogenetic relationships of the apricot species and serve as a framework for future comparative studies on Prunus evolution.
Benzer Tezler
- Yabani mercimek türü Lens lamottei'nin tüm kloroplast genomunun sekanslanması ve kültür türü Lens culinaris kloroplast genomu ile karşılaştırılması
Complete chloroplast genome sequence of Lens lamottei and comparative analysis with Lens culinaris
SELDA KURT ÖZYARAMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Türkiye'de yetişen Anthriscus pers. (Apiaceae) türlerinin genetik yapısının ve filogenetik akrabalık ilişkilerinin kloroplast genomunun kodlanmayan 'trn' bölgelerine göre araştırılması
The investigation on the genetic structures and phylogenetic relationships of the species of the genus Anthriscus pers.(Apiaceae) distribution in Turkey, by use of non - coding 'trn' regions of chloroplast genome
PELİN YILMAZ SANCAR
Doktora
Türkçe
2017
BiyolojiFırat ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEMSETTİN CİVELEK
YRD. DOÇ. DR. SEVGİ DURNA DAŞTAN
- Artemisia L. (Asteraceae) cinsinin Dracunculus (Bess.) Rydb. altcinsine ait Türkiye'deki taksonların kloroplast ve çekirdek genomları üzerine araştırma
The investigation on the chloroplast and nuclear genomes of taxa belong to the subgenus Dracunculus (Bess.) Rydb. of Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey
CHRO FOUAD WAHID
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiFırat ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEMSETTİN CİVELEK
- Hazelnut genome and transcriptome analysis under biotic and abiotic stress
Biyotik ve abiyotik stres koşulları altında fındık genom ve transkriptom analizleri
KADRİYE KAHRAMAN
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT ÖZTÜRK
DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
- Türkiye'de yetişen Artemisia taurica Willd. (Asteraceae) populasyonlarının bazı moleküler belirteçler kullanılarak filogenetik yönden araştırılması
The investigation by using some molecular markers on the phylogenetic relationships of the populations of Artemisia taurica Willd. (Asteraceae) in Turkey
SUEDA DELİPOYRAZ