Anti-Leishmania etkisi gösteren Antimon(III) komplekslerinin moleküler doking analizi ile incelenmesi
Investigation of molecular docking analysis of Antimony(III) complexes exhibiting anti-Leishmania effect
- Tez No: 812629
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BERNA ÇATIKKAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Antimon(III) kompleksleri, tripanotion redüktaz inhibitörleri, moleküler doking, MM/GBSA, ADME, Antimony(III) complexes, trypanothione reductase inhibitors, molecular docking, MM/GBSA, ADME
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Enformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Enformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
BBu çalışmada, antimon(III) komplekslerinin anti-Leishmania etkisine sahip olup olmadığının incelenmesi amacıyla iduced fit docking (IFD) yöntemi ile moleküler doking analizi yapılmıştır. Antimon(III) kompleksleri ve ligandlarının isimleri SbLnX3, L1: 2-guanidobenzimidazol, L2: N-2-pirimidin-2-pirolidinkarboksamid, L3: N-2-benzotiyoazol-2-pirolidinkarboksamid, X: Cl3 ve Br3'dir. Tez çalışması kapsamında, Leishmania infantum parazitinin anti-Leishmania özelliklerini değerlendirmek amacıyla tripanotion redüktaz enzimleri (PDB ID: 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN ve 6ER5) protein veri bankası'ndan seçilmiştir. Seçilen enzimlerle bileşikler arasındaki etkileşimleri incelemek için moleküler doking ve moleküler mekanik/genelleştirilmiş Born yüzey alanı (MM/GBSA) yöntemi kullanılmıştır. Komplekslerin aktif bölgedeki bağlanma enerjileri ΔG hesaplanmıştır. Doking ve MM/GBSA sonuçlarına göre bromo komplekslerin kloro komplekslere göre tripanotion redüktaz enziminin aktif bölgesine daha yüksek enerji değeriyle bağlandığı tespit edilmiştir. Antimon(III) komplekslerinin farmakokinetik özelliklerinin belirlenmesi için adsorpsiyon-dağılım-metabolizma-eliminasyon (ADME) analizleri SwissADME programı ile hesaplanmıştır. 2023, 56 sayfa
Özet (Çeviri)
In this study, molecular docking analysis was performed with induced fit docking (IFD) method to examine whether antimony(III) complexes have anti-Leishmania effects. The names of antimony(III) complexes and ligands are SbLnX3 (L1: 2-guanidobenzimidazole, L2: N-2-pyrimidine-2-pyrrolidin-2-pyrrolidinecarboxamide, L3: N-2-benzothioazole-2-pyrrolidinecarboxamide, X: Cl3 and Br3). Within the scope of the thesis study, trypanothione reductase enzymes (PDB ID: 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN and 6ER5) were selected from the protein database in order to evaluate the anti-Leishmania properties of the Leishmania infantum parasite. Molecular docking and molecular mechanic/generalized Born surface area (MM/GBSA) method were used to examine the interactions between selected enzymes and compounds. The binding energies ΔG of the complexes in the active site were calculated. According to Doking and MM/GBSA results, it was determined that bromo complexes bind to the active site of trypanothione reductase enzyme with a higher energy value than chloro complexes. Adsorption-distribution-metabolism-elimination (ADME) analyzes were calculated with the SwissADME program to determine the pharmacokinetic properties of antimony(III) complexes. 2023, 56 pages
Benzer Tezler
- BALB/c farelerde oluşturulan deneysel kutanöz leishmaniasis üzerine maleik anhidrit-ko-4-vinil fenil boronik asit kopolimer ve maleik anhidrit-ko-4-vinil fenil boronik asit/pentamidin konjugatının etkisinin In Vivo incelenmesi
In Vivo investigation of the effect of maleic anhydride-co-4-vinyl phenyl boronic acid copolymer and maleic anhydride-co-4-vinyl phenyl boronic acid/pentamidine conjugate on experimental cutaneous leishmaniasis in BALB/c mice
BERNA BAYSAL BAKAY
Doktora
Türkçe
2024
ParazitolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜBEYDA AKIN POLAT
DOÇ. DR. GÜLDEREN KARAKUŞ
- Leishmania tropica üzerine Kayseri propolisinin antileishmanial aktivitesinin araştırılması
İnvesigation of antileishmanial activity of Kayseri propolis against Leishmania tropica
SONGÜL ALBAYRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE ÖZBİLGE
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Biomedical application of an enzymatically synthesized biopolyester
Enzimatik olarak sentezlenmiş bir biyopoliesterin biyomedikal uygulaması
ŞENOL BEYAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR
- Alkanna cappadocıca boıss. et bal. bitkisi üzerinde farmakognozik araştırmalar ve bitki özütleri ile nanoyapıların sentezi
Pharmacognostic research on alkanna cappadocica boiss. et bal. plant and synthesis of nanostructures with plant extracts
SADİ YUSUFBEYOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BotanikSağlık Bilimleri ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE BALDEMİR KILIÇ