Geri Dön

Bioinformatic approaches to investigate hiv capsid-nanobody interaction

Biyonformatik yöntemlerle hıv kapsit-nanobadi antikor etkileşiminin incelemesi

  1. Tez No: 813991
  2. Yazar: ŞEREF BERK ATİK
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 120

Özet

HİV enfeksiyonu küresel bir salgın olarak devam etmektedir. Bu mutasyon geçirme kapasitesi yüksek virüsün keşfinden bu yana, yaklaşık 40 milyon insan HİV enfeksiyonu sonucunda oluşan fırsatçı enfeksiyonlar veya hastalıklar dolayısıyla hayatını kaybetmiştir. Günümüzde yaklaşık 38.4 milyon insan HİV-pozitif oldukları tahmin edilmektedir. Enfeksiyondan sonra virüs viral genomunu konak hücre genomuna entegre eder. Enfekte olan kişi, geri kalan hayatı boyunca virüsü taşır ve vücut sıvıları aracılığıyla diğer insanlara bulaştırabilir. HİV enfeksiyonu için henüz bir tedavi olmadığından, Dünya Sağlık Örgütü, virüsün yayılmasını kısıtlamak için enfekte olan insanların kapsamlı tarama yoluyla erken teşhis edilmesini önermektedir. Bu nedenle, özellikle HİV enfeksiyonu testi için sahada kullanılmak üzere pratik, ve hassas tanı araçlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, HİV-1 kapsid proteini (HİV-1 CA) ile kapside bağlanan bir nanobadi (Nb, tek bölgeli antikor) arasındaki etkileşimin moleküler detayları incelenmektedir. Nb proteininin 3-boyutlu yapısı bilinmediği için, Nb yapısının tüm atom modelleri karşılaştırmalı yöntemler, derin öğrenme tabanlı yöntemler ve hibrit yöntemler (SwissModel, trRosetta, Robetta, AlphaFold2) kullanılarak oluşturuldu ve uygun olabilecek modeller seçildi. İkinci aşamada, moleküler yanaştırma yöntemleri kullanılarak olası HİV-1 kapsid-nanobadi kompleksi yapıları üretildi. Son aşamada, moleküler yanaştırma çalışmasında uygun bulunan HİV-1 CA-Nb kompleks yapıların standart moleküler dinamik simülasyonları ile stabiliteleri ve doğal benzerlikleri test edildi. Bu çalışmada HİV-1 kapsid-nanobadi kompleks yapısının çözümlenmesiyle, Nb proteini ile geliştirilecek bir immünosensör ile HİV'in farklı suşlarının tanısı için kullanılması mümkün olacaktır.

Özet (Çeviri)

Infection with HIV is still a global pandemic. Since the discovery of this highly mutagenic virus, nearly 40 million people have passed away as a result of HIV-related health problems. Currently, 38.4 million people are HIV-positive. Following infection, the viral genome gets integrated into the host cell genome. The infected person carries the virus for the rest of their life and can spread it to others through bodily fluids. Because there is no treatment for HIV, the World Health Organization recommends that infected people be diagnosed early through comprehensive screening to restrict the virus's spread. As a result, there is still a need to create practical, sensitive diagnostic tools, particularly for use in the field of HIV infection testing. In this study, the interaction between HIV-1 capsid protein, the first antigen found in the blood during the acute phase of HIV infection, and a nanobody (Nb, a single domain antibody) known to bind to capsid is investigated at the molecular level through computational methods. Because the structure of HIV-1 CA binding-Nb is unknown, all-atom models of the Nb structure were constructed using comparative methods, deep-learning-based methods, and hybrid methods (SwissModel, trRosetta, Robetta, AlphaFold2), and promising models were chosen. In the second stage, molecular docking was used to produce HIV-1 capsid- nanobody complex structures, which were then tested for stability and native-likeness using standard molecular dynamics simulations. Understanding the molecular details of the HIV-1 capsid-nanobody complex, we believe, will provide essential data for using this antigen-antibody pair inan immunosensor system for HIV-1 infection diagnosis

Benzer Tezler

  1. Native state dynamics and recognition/bending processes in globular proteins

    Globüler proteinlerde doğal hal dinamiği ve tanıma/bağlanma süreçleri

    NEŞE KURT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    KimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. The interaction of Elk-1 with kinesin motor protein in neurons

    Elk-1'in kinesin motor proteini ile nöronlarda etkileşimi

    BETÜL ERTURAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. IŞIL KURNAZ

  3. Bariatrik cerrahi geçiren hastalarda obeziteyle ilişkili gen panellerinin araştırması

    Investigation of obesity-associated gene panels in patients undergoing bariatric surgery

    YULIA OZCOMERT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genel CerrahiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN ÇETİNKÜNAR

  4. İmmünoinformatik yaklaşımlarla Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi'ne (KKKA)karşı aşı tasarımı ve etkinliğinin sorgulanması

    Evaluation vaccine design and efficacy against Crimean-Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) with immunoinformatic approaches

    SÜMEYYE ALTUNOK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYKUT ÖZKUL

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MUTLU ERDOĞAN

  5. İdiyopatik granülomatöz lobüler mastit hastalığının proteomik yaklaşımlarla incelenmesi

    Investigation of idiopatic granulomatous lobular mastitis disease with proteomic approaches

    MERVE GÜLSEN BAL ALBAYRAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Tıbbi BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜRLER AKPINAR