Beyinde demir birikimi ile seyreden nörodejeneratif hastalıklarda genetik bileşenlerin araştırılmasında kullanılabilecek güncel moleküler ve biyoinformatik yaklaşımlar
Current molecular and bioinformatic approaches for investigating genetics components in neurodegeneration with brain iron accumulation
- Tez No: 963380
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Nöroloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Neurology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Beyinde demir birikimiyle seyreden nörodejeneratif hastalıklar (NBIA), nadir nörogenetik bozukluklar arasında yer alır. 2000'li yıllarda yeni nesil dizileme teknolojilerinin devreye girmesiyle birçok NBIA ilişkili gen tanımlanmıştır. Klinik NBIA ön tanısı alan bireylerin çoğu yeni nesil dizileme (YND) yöntemleriyle genetik tanı alırken, bazı hastalarda tanı konulamamaktadır. Bu çalışmada, bu bireyler için alternatif analiz yaklaşımları geliştirilmiştir. Amaç, klinik ekzom, tüm ekzom ve tüm genom dizilemesi verileriyle NBIA tanısı almış hastaların genetik altyapısını kapsamlı biçimde incelemektir. NBIA, distoni ve parkinson ilişkili gen analizlerine ek olarak geniş kapsamlı değerlendirmeler yürütülmüş, filtrasyon stratejilerine dair yeni çıkarımlar elde edilmiştir. Homozigot, de novo ve birleşik heterozigot varyantların nadir hastalıklardaki rolü belirginleşmiştir. İki hastada PANK2, birer hastada PLA2G6, C19orf12 ve PLA2G4F genlerinde homozigot; bir hastada ise TCF20 geninde de novo varyant tespit edilmiştir. Özellikle C19orf12 geninin 5'UTR bölgesindeki hastalıkla ilişkili varyantın potansiyel etkisini değerlendirmek amacıyla in siliko analizler gerçekleştirilmiş; bu varyantın fonksiyonel etkisinin araştırılabilmesi için bir plazmid konstrüksiyonu oluşturulmuştur. Bu çalışma, 2022 Yılı İSTisNA – İstanbul Tanısız ve Nadir Hastalıklara Çözüm Platformu (TR10/22/TNH), TÜBA-GEBİP 2019, TÜBİTAK 2210-A ve İstanbul Üniversitesi BAP Birimi (Proje No: TYL-2024-40633) tarafından desteklenmiştir
Özet (Çeviri)
Neurodegenerative disorders characterized by brain iron accumulation (NBIA) are part of a group of rare neurogenetic diseases. Since the 2000s, the implementation of next-generation sequencing (NGS) technologies has enabled the identification of numerous NBIA-related genes. While most individuals clinically suspected of having NBIA receive a genetic diagnosis through NGS methods, some remain undiagnosed. This study aims to develop alternative analytical approaches for such undiagnosed cases. The objective was to investigate the genetic basis of patients diagnosed with NBIA using clinical exome sequencing, whole exome sequencing, and whole genome sequencing. In addition to NBIA, dystonia, and Parkinson's-related gene analyses, a comprehensive evaluation was performed, yielding novel insights into filtering strategies. The importance of homozygous, de novo, and compound heterozygous variants in rare diseases was clearly demonstrated. Homozygous variants were identified in PANK2 (2 patients), PLA2G6, C19orf12, and PLA2G4F (1 patient each), while a de novo variant was detected in TCF20 in one patient. To assess the potential impact of a disease-associated variant in the 5'UTR of C19orf12, in silico analyses were performed, and a plasmid construct was generated to enable functional evaluation in the future. This study was supported by the 2022 ISTisNA – Istanbul Platform for Undiagnosed and Rare Diseases (TR10/22/TNH), TÜBA-GEBİP 2019, TÜBİTAK 2210-A, and the Scientific Research Projects Unit of Istanbul University (Project No: TYL-2024-40633).
Benzer Tezler
- Beyinde demir birikimi ile nörodejenerasyon hastalığından sorumlu yeni gen varyantlarının araştırılması
Investigation of new gene variants responsible for neurodegeneration with brain iron accumulation
NİHAN HANDE AKÇAKAYA
- Beyinde demir birikimiyle giden nörodejeneratif hastalıklarda (NBIA) nicel duyarlılık haritalaması (QSM) ile demirin kantitatif ölçümü ve klinik korelasyonu
Quantitative measurement of iron in NBIA patients with quantitative susceptibility mapping and clinical evaluation
ÖZGE UYGUN YILDIRAN
- Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort
Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi
FULYA AKÇİMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Polikistik over sendromu ve hiperprolaktinemi birlikteliği ve prolaktinoma ayırıcı tanısı
Coexistance of polycystic ovary disease and hyperprolactinemia and differential diagnosis of prolactinoma
LEVENT DEMİRTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıYüzüncü Yıl Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ÖZTÜRK
- Beyinde demirin sebep olduğu hücre ölümüne kalsiyum kanal blokerlerinin etkisi
The Effect of calcium antagonists on the cell death induced by iron administration into the brain
MEHMET ÖMER BOSTANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
FizyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FARUK BAĞIRICI