Varroa destructor'un mt-CO1 gen dizileri kullanılarak filogenetik ve haplotip çeşitliliğinin biyoinformatik analizi
Bioinformatic analysis of the phylogenetic and haplotypic diversity of Varroa destructor using mt-CO1 gene sequences
- Tez No: 945730
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA KAHYAOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Filogenetik, Genetik çeşitlilik, Haplotip analizi, Bioinformatics, Phylogenetic, Genetic diversity, Haplotype analysis
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Siirt Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Varroasis, Varroa destructor akarının neden olduğu ve dünya çapında bal arılarına (Apis mellifera) ciddi zararlar veren bir hastalıktır. Bu parazit, diğer eklembacaklıların neden olduğu hastalıklardan çok daha büyük hasarlara yol açmakta ve arıcılık sektöründe yüksek ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada, National Center for Biotechnology Information (NCBI) veri tabanına kayıtlı V. destructor'un Mitochondrial Cytochrome c Oxidase Subunit 1 (mt-CO1) gen dizileri kullanılarak, türün küresel filogenetik ilişkisi, haplotip çeşitliliği, genetik varyasyon ve popülasyon yapısı biyoinformatik yöntemlerle araştırılmıştır. Bu kapsamda, NCBI veri tabanından elde edilen ve 20 farklı coğrafi bölgeyi temsil eden toplam 492 mt-CO1 gen dizisi analiz edilmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda, 29 polimorfik bölge ve 19 haplotip grubu tespit edilmiştir. Bunlardan Hap01, 288 gen dizisiyle en yaygın (ana) haplotip olarak belirlenmiş; ayrıca 14'ü tekli olmak üzere toplam 18 farklı haplotip daha saptanmıştır. Hesaplanan haplotip çeşitliliği 0,530 ± 0,014 olup, bu değer orta düzeyde genetik çeşitliliğe işaret etmektedir. Nükleotid çeşitliliği ise 0,00287 ± 0,00019 olarak bulunmuş ve bu da V. destructor popülasyonunun genel olarak genetik açıdan homojen olduğunu göstermektedir. Tajima'nın D, Fu'nun Fs, Fu'nun LD ve Fu'nun LF testlerinin tümü negatif değerler göstermiş, bu da yakın geçmişte yaşanan bir popülasyon genişlemesini düşündürmektedir. Popülasyonlar arası genetik farklılık açısından en düşük fiksasyon indeks değeri Tayland-Vietnam arasında, en yüksek fiksasyon indeks değeri ise Tayvan ile İran, Fransa, Avustralya, Türkiye, Güney Kore ve Arjantin arasında tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma V. destructor'un küresel ölçekte belirli düzeyde genetik çeşitlilik gösterdiğini ve bazı coğrafi popülasyonlar arasında belirgin genetik ayrışmaların bulunduğunu ortaya koymuştur. Bu genetik farklılıkların, türün yayılım desenlerinin ve adaptasyon kapasitelerinin anlaşılmasında önemli bilgiler sağladığı ve etkili kontrol stratejilerinin geliştirilmesine katkı sunabileceği değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
Varroasis is a disease caused by the mite Varroa destructor, which inflicts serious damage on honey bees (Apis mellifera) worldwide. This parasite causes significantly greater harm than other arthropod-induced diseases and results in substantial economic losses in the beekeeping industry. In this study, Mitochondrial Cytochrome c Oxidase Subunit 1 (mt-CO1) gene sequences of V. destructor registered in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database were used to investigate the species' global phylogenetic relationships, haplotype diversity, genetic variation, and population structure through bioinformatic approaches. A total of 492 mt-CO1 gene sequences representing 20 different geographical regions were obtained from the NCBI database and analyzed. The analyses revealed 29 polymorphic region and 19 haplotype groups. Among them, Hap01 was identified as the major haplotype, comprising 288 sequences; in addition, 18 other distinct haplotypes were detected, 14 of which were singletons. The calculated haplotype diversity was 0,530 ± 0,014, indicating a moderate level of genetic diversity. Nucleotide diversity was found to be 0,00287 ± 0,00019, suggesting that the V. destructor population is genetically homogeneous overall. Tajima's D, Fu's Fs, Fu's LD, and Fu's LF neutrality tests all yielded negative values, indicating a recent population expansion. In terms of genetic differentiation between populations, the lowest fixation index value was found between Thailand and Vietnam, while the highest fixation index values were observed between Taiwan and Iran, France, Australia, Türkiye, South Korea and Argentina. In conclusion, the findings of this study demonstrate that V. destructor exhibits a certain level of genetic diversity on a global scale and that there are distinct genetic differentiations among some geographic populations. These genetic differences provide important insights into the dispersal patterns and adaptive capabilities of the species and contribute to the development of more effective control strategies.
Benzer Tezler
- Trakya bölgesi arıcılığı, sorunları ve çözüm yolları üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
RECEP SIRALI
- Çeşitli kimyasal maddelerin kireç hastalığı (Ascosphaera apis) gelişmesi üzerine etkileri ve kontrol yöntemleri
Başlık çevirisi yok
HALİL YENİNAR
- Varroq mücadelesinde kullanılan bazı tarımsal ilaç kalıntılarının Ege ve Akdeniz bölgesi ballarındaki kalıntılarının araştırılması
The Research on the some pesticide residues used against to varroq in mediterranean and aegean region's honey
EMİNE ER
- Trakya bçlgesinde varroa savaşımında uygulanan yöntemler ile bu yöntemlerin etkinliği belirleme çalışmaları
Başlık çevirisi yok
HASAN ALGAN
- Edirne bölgesi arıcılığı, sorunları ve çözüm yolları üzerine araştırmalar
Some investigation on beekeeping structure, problems and solution of these problems in Edirne province
HAKAN YILMAZ
