Novel resistance-free ret tyrosine kinase inhibitor discovery through dynamic structure-based pharmacophore and qsar modeling and virtual screening of ultra large ligand libraries
Ultra büyük ligand kütüphanelerinin sanal taraması ve dinamik yapı temelli farmakofor ve qsar modellemesi ile yeni rezistans göstermeyen ret tirozin kinaz inhibitörünün keşfi
- Tez No: 816163
- Danışmanlar: PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyoloji, Biyomühendislik, Biophysics, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
Gen füzyonları ve nokta mutasyonları, gen füzyonunun non-small cell lung cancer ve papiller tiroid kanserlerinden sorumlu olduğu ve RET proto-onkogenindeki nokta mutasyonunun, reseptör tirozin kinazı olan RET proto-onkogeninin aktivasyonuna neden olduğu, multiple endokrin neoplazi tip 2A ve 2B (MEN2A, MEN2B) ve familial medüller tiroid kanseriyle ilişkilidir. Ayrıca, inhibitör olarak kullanılan küçük moleküller RET kinaz etki alanına bağlanarak enzimatik aktivitelerini engellerler. Bununla birlikte, RET kinaz pozisyonunda tek bir amino asit değişikliği, tirozin kinaz inhibitörlerine direnç sağlayabilir, bu nedenle RET mutasyonlarına karşı etkili bir bileşik bulmak önemlidir. Bu nedenle, moleküler dinamik trajelerin e-farmakofor modellemesi ve QSAR modelleri kullanılarak küçük moleküllerin çeşitli kütüphanelerinden elde edilen pIC50 değerlerinin tahmin edilmesi ile RET proto-onkogenin aktivasyonunu ve sinyal yolaklarını inhibe edebilen yeni küçük moleküller keşfedebileceğimizi hipotez ediyoruz. Bu şekilde, tümör büyümesini ve inhibitöre karşı en düşük direnci olan tümör boyutlarını durdurabiliriz.
Özet (Çeviri)
Gene fusion and point mutations cause to activate RET tyrosine kinase where the gene fusion is responsible for non-small cell lung cancer and papillary thyroid cancers and the point mutation on the RET proto-oncogene, which is the receptor tyrosine kinase, causes multiple endocrine neoplasia type 2A and 2B (MEN2A, MEN2B) and Familial medullary thyroid cancer. Furthermore, small molecules as inhibitors bind to the binding site of RET kinase domain to block their enzymatic activity. On the other hand, a single amino acid change on the RET kinase position can provide resistance to the tyrosine kinase inhibitors, so it is essential to find a compound with activity against RET mutants. So, we hypothesize that with in-silico E-pharmacophore modeling of molecular dynamics trajectories and predicting pIC50 values of small molecules from several libraries using QSAR models, we can discover new small molecules that can inhibit the activation of RET proto-oncogene and their signaling pathways, so it can stop the growth of tumor sizes with the lowest resistance to that inhibitor.
Benzer Tezler
- Yeni sentezlenmiş ışığa duyarlı maddeler (fotosensitayzırlar) kullanarak uygulanan fotodinamik terapinin serviks epitelyal karsinoma ve mezotelyoma hücrelerine etkisi
Photodynamic efficiency of novel photosensitizers on cervix epithelial carcinoma and mesothelioma cells
SİNEM TUNÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİL SAYDAN
- Peter Weiss'in 'Direnmenin Estetiği' romanı üzerine bir görsel okuma kılavuzu
Novel 'Aesthetics of Resistance' is based on visual reading guide which was written by Peter Weiss
BAHAR BÜYÜKGENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Güzel SanatlarÇukurova ÜniversitesiResim-İş Eğitimi Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ. MUSTAFA OKAN
- Toz tutmayan anistatik kompozit vernik üretimi
Production of a novel anti-static dust-free varnish
SAEID SANJARI PARIVATLOU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Mühendislik BilimleriEge ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET SARIKANAT
- Novel approaches for protection of light metals under various wear conditions via micro arc oxidation process
Hafif metallerin mikro ark oksidasyon yöntemiyle farklı aşınma şartlarında korunmasına yönelik yenilikçi yaklaşımlar
FAİZ MUHAFFEL
Doktora
İngilizce
2021
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ÇİMENOĞLU
- Synthesis of photopolymerizable macromers giving novel poly(β-amino ester)s for biomedical applications
Biyomedikal uygulamalar için yeni poli(Beta-amino ester)ler veren fotopolimerleştirilebilir makromerlerin sentezi
ECE AKYOL