Phaseolus vulgaris L. bitkisinde tale gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması, karakterizasyonu ve abiyotik stres altındaki rollerinin araştırılması
Genome-wide identification, characterization of tale gene family members in Phaseolus vulgaris L. and investigation of their role under abiotic stress
- Tez No: 816373
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Fasulye bitkisi gerek Dünya'da ve Türkiye'deki ekonomik değeri ve gerekse içerdiği besin miktarı açısından önemli bir bitkidir. Bitkilerin büyüme ve gelişmesinde TALE transkripsiyon faktörü gen ailesi önemli bir rol oynamaktadır. Literatüre bakıldığında TALE gen ailesi ile ilgili fasulyede yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Buradaki eksiklikten yola çıkılarak, bu tez çalışmasında, fasulyede TALE gen ailesinin 35 adet üyesi tespit edilmiştir. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda PvTALE gen ailesi üyelerinin BEL1-like (BLH/BELL homeodomain) ve KNOX (KNOTTED-like homeodomain) alt ailelerine ayrıldığı gözlenmiştir. Belirlenen ve tanımlanan PvTALE genlerinin filogenetik ilişkisi, intron-ekzon yapısı, proteinlerin korunmuş motifleri, kromozomdaki dağılımı, tandem ve segmental duplikasyonları ve seçilen 5 faklı tür ile fasulye arasındaki duplikasyona uğrayan gen çiftlerinin tespiti, promotör bölgesinde bulunan cis-element analizi, miRNA analizi ve üç boyutlu protein homoloji analizi gerçekleştirilmiştir. Fasulye bitkisi gelişimi, kuraklık stresi sırasında PvTALE genlerinin farklı düzenleyici rollerini ortaya çıkarmıştır. Ayrıca fasulyede kuraklık stresi sonucunda artan prolin miktarı tespiti için prolin analizi yapılmıştır. RNA-seq kuraklık verileri kullanılarak seçilen genlerin kuraklık stresi altındaki ekspresyon seviyeleri qPCR analizi ile incelenmiştir. Sonuç olarak PvTALE genlerinin fonksiyonu, görevi, yapısı, korunmuş motif bölgeleri, abiyotik strese karşı oluşturdukları yanıtlar ve duplikasyon analizleri sonucunda fasulyedeki evrimi açıklanmıştır ve elde edilen bulguların ileride diğer araştırmacılar için faydalı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Common bean is an important plant in terms of its economic value and amount of nutrients it contains. TALE transcription factor gene family plays an important role in growth and development of plants. According to the literature search, there is no study on TALE gene family in common bean. Thus, 35 members of the TALE gene family were identified in common bean for the first time in this study. As a result of bioinformatic analyses, PvTALE gene family members were found to be divided into BEL1-like (BLH/BELL homeodomain) and KNOX (KNOTTED-like homeodomain) subfamilies. Additionaly, many in-silico analyses of identified members of PvTALE family such as intron-exon structure identification, conserved motifs exploration, determination of chromosomal distribution and gene duplications, cis-element analysis, miRNA analysis and three-dimensional protein homology analysis, were performed. Common bean development revealed different regulatory roles of PvTALE genes during drought stress. In addition, proline analysis was performed to determine the increased amount of proline in common bean in response to drought stress. The expression levels of the genes were analyzed by both RNA-seq drought data and qPCR analysis. When all the results are considered together, the function, structure, conserved regions, abiotic stress response and duplication analysis of PvTALE genes have explained the evolution of TALE genes in common bean and the obtained results from this study could be helpful for researchers in the near future.
Benzer Tezler
- Phaseolus vulgaris L.'de otopoliploidinin uyartılması
Stimulation of autopolyploid in Phaseolus vulgaris L.
ESRA EŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiNamık Kemal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SERDAR POLAT
- Fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) kök çürüklüğü hastalığına neden olan Rhizoctonia solani Kühn. ve Macrophomina phaseolina (Tassi) Goid'ya karşı propolisin etkinliği
Effect of propolis on Rhizoctonia solani Kühn. and Macrophomi naphaseolina (Tassi) Goid. in bean (Phaseolus vulgaris L.)
TUĞÇE ALIRIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE DEMİRER DURAK
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde bakteri aşılamasının azot fiksasyonuna ve bitkinin kök ve toprak üstü organlarına etkisi.
Bean (Phaseolus vulgaris L.) nitrogen fixation of inoculation in plant and soil and plant stem above effects organ
MEHTAP AKKURT
- Expansin gen ailesinin fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde biyoinformatik karakterizasyonu ve abiyotik stres ile ilişkisinin araştırılması
Bioinformatic characterization of Expansin gene family in common bean (Phaseolus vulgaris L.) and its relationship with abiotic stress
MERVE NUR ŞANLI
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde Whirly ve Arr-B genlerinin genom düzeyinde tanımlanması, karakterizasyonu ve biyotik stres cevabi ile olan ilişkilerinin gen ifadesi düzeyinde belirlenmesi
Genome-wide identification and characterization of whirly and Arr-B genes in common bean (Phaseolus vulgaris L.) and assessment of their possible role in biotic stress response at gene expression level
FATMA ŞEYMA GÖKDEMİR