Drug repurposing in Ras/Raf/Mek/ERK signaling pathway
Ras/Raf/Mek/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırma
- Tez No: 816740
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA, PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyokimya, Biology, Bioengineering, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ras/Raf/MEK/ERK sinyal yolağı, hücre büyümesini, bölünmesini ve farklılaşmasını düzenler. Bu çalışmada, protein-protein ara yüzeylerinin yapısal benzerliklerini göz önünde bulundurarak Ras/Raf/MEK/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırılmasına odaklanıyoruz. Bu yolaktaki protein-protein komplekslerine literatürden ulaşılmış ve fiziksel olarak etkileşen proteinler tarafından oluşturulan ara yüzeyler, Protein Veri Bankası'nda yoksa PRISM (şablon tabanlı bir protein-protein yanaştırma aracı) aracılığıyla elde edilmiştir. Sonuç olarak, PRISM kullanılarak bu etkileşimlerin yapısal kapsamı %21'den %92'ye çıkarılmıştır. Her bir proteinin çoklu konformasyonları, protein dinamiklerini de çalışmaya dahil etmek için kullanılmıştır. Ardından, yapısal olarak benzer olan diğer protein-protein ara yüzeyleri için Gıda ve İlaç İdaresi (FDA) tarafından onaylanmış ara yüzeylere bağlanan ilaçlar önerilmiştir. Sonuçlar, HIV proteaz inhibitörleri tipranavir, indinavir ve sakinavirin Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR) ve Reseptör Tirozin-Protein Kinaz ErbB-3 (ERBB3/HER3) ara yüzeyine bağlandığını göstermektedir. Tipranavir ve indinavir ayrıca EGFR'ye ve Reseptör Tirozin-Protein Kinaz ErbB-2 (ERBB2/HER2) ara yüzeyine bağlanır. Ek olarak, Alzheimer hastalığında kullanılan bir ilaç olan galantaminin ve kemoterapi hastaları için bulantı önleyici olarak kullanılan granisetronun, RAF proto-onkogen serin/treonin-protein kinaz (RAF1) ve Serin/treonin-protein kinaz B-raf (BRAF) ara yüzeyine bağlandığı görülmüştür. Bu nedenle, deneysel olarak doğrulandığı takdirde bu ilaçların kanserde anti-tümör etkinlik için kullanılması önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Ras/Raf/MEK/ERK signaling pathway regulates cell growth, division, and differentiation. In this work, we focus on drug repurposing in the Ras/Raf/MEK/ERK signaling pathway, considering structural similarities of protein-protein interfaces. The protein-protein complexes in this pathway are extracted from literature and the interfaces formed by physically interacting proteins are found via PRISM (a template-based protein-protein docking tool) if not available in Protein Data Bank. As a result, the structural coverage of these interactions has been increased from 21% to 92% using PRISM. Multiple conformations of each protein are used to include protein dynamics. Then, the Food and Drug Administration (FDA) approved drugs bound to the interfaces are proposed for the other protein-protein interfaces that are structurally similar. The results suggest that HIV protease inhibitors tipranavir, indinavir and saquinavir bind to Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) and Receptor Tyrosine-Protein Kinase ErbB-3 (ERBB3/HER3) interface. Tipranavir and indinavir also bind to EGFR and Receptor Tyrosine- Protein Kinase ErbB-2 (ERBB2/HER2) interface. Additionally, a drug used in Alzheimer's disease (galantamine) and an antinauseant for cancer chemotherapy patients (granisetron) can bind to RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase (RAF1) and Serine/threonine-protein kinase B-raf (BRAF) interface. Hence, these drugs can be used for anti-tumor activities in cancer with future experimental validation.
Benzer Tezler
- Repurposing trifluoperazine in combination with kinase inhibitors for glioblastoma therapy: insights from in vitro and larval zebrafish in vivo models
Glioblastoma tedavisi için kinaz inhibitörleriyle kombine trifluoperazinin yeniden amaçlandırılması: ın vitro ve larval zebra balığı ın vivo modellerinden bulgular
RANA ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Computational approaches to study drug resistance mechanisms
İlaç direnç mekanizmaları için işlemsel yaklaşımlar
ZOYA KHALID
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. İSMAİL ÇAKMAK
- Alzheimer hastalığı ve kanser patogenezinde rol oynayan ortak aday moleküler biyobelirteçlerin ve anahtar yolakları ın siliko araştırılması
Investigation of the common candidare molecular biomarkers and key pathways that play a role in the pathogenesis of alzheimer's disease and cancer
ECEM BUSE YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK PİRİM
- Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data
Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları
ÜLKÜ ÜNAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Drug repurposıng and ınvestıgatıon of novel combınatıons for glıoblastoma therapeutıcs usıng ın vıtro and zebrafısh ın vıvo models
İlacin yeniden konumlandırılması ve glioblastoma tedavisine yönelik yeni kombinasyonların in vitro ve zebrafish in vivo modeller kullanılarak araştırılması
GÜNEŞ TOK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI