Drug repurposing in Ras/Raf/Mek/ERK signaling pathway
Ras/Raf/Mek/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırma
- Tez No: 816740
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA, PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyomühendislik, Biochemistry, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 157
Özet
Ras/Raf/MEK/ERK sinyal yolağı, hücre büyümesini, bölünmesini ve farklılaşmasını düzenler. Bu çalışmada, protein-protein ara yüzeylerinin yapısal benzerliklerini göz önünde bulundurarak Ras/Raf/MEK/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırılmasına odaklanıyoruz. Bu yolaktaki protein-protein komplekslerine literatürden ulaşılmış ve fiziksel olarak etkileşen proteinler tarafından oluşturulan ara yüzeyler, Protein Veri Bankası'nda yoksa PRISM (şablon tabanlı bir protein-protein yanaştırma aracı) aracılığıyla elde edilmiştir. Sonuç olarak, PRISM kullanılarak bu etkileşimlerin yapısal kapsamı %21'den %92'ye çıkarılmıştır. Her bir proteinin çoklu konformasyonları, protein dinamiklerini de çalışmaya dahil etmek için kullanılmıştır. Ardından, yapısal olarak benzer olan diğer protein-protein ara yüzeyleri için Gıda ve İlaç İdaresi (FDA) tarafından onaylanmış ara yüzeylere bağlanan ilaçlar önerilmiştir. Sonuçlar, HIV proteaz inhibitörleri tipranavir, indinavir ve sakinavirin Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR) ve Reseptör Tirozin-Protein Kinaz ErbB-3 (ERBB3/HER3) ara yüzeyine bağlandığını göstermektedir. Tipranavir ve indinavir ayrıca EGFR'ye ve Reseptör Tirozin-Protein Kinaz ErbB-2 (ERBB2/HER2) ara yüzeyine bağlanır. Ek olarak, Alzheimer hastalığında kullanılan bir ilaç olan galantaminin ve kemoterapi hastaları için bulantı önleyici olarak kullanılan granisetronun, RAF proto-onkogen serin/treonin-protein kinaz (RAF1) ve Serin/treonin-protein kinaz B-raf (BRAF) ara yüzeyine bağlandığı görülmüştür. Bu nedenle, deneysel olarak doğrulandığı takdirde bu ilaçların kanserde anti-tümör etkinlik için kullanılması önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Ras/Raf/MEK/ERK signaling pathway regulates cell growth, division, and differentiation. In this work, we focus on drug repurposing in the Ras/Raf/MEK/ERK signaling pathway, considering structural similarities of protein-protein interfaces. The protein-protein complexes in this pathway are extracted from literature and the interfaces formed by physically interacting proteins are found via PRISM (a template-based protein-protein docking tool) if not available in Protein Data Bank. As a result, the structural coverage of these interactions has been increased from 21% to 92% using PRISM. Multiple conformations of each protein are used to include protein dynamics. Then, the Food and Drug Administration (FDA) approved drugs bound to the interfaces are proposed for the other protein-protein interfaces that are structurally similar. The results suggest that HIV protease inhibitors tipranavir, indinavir and saquinavir bind to Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) and Receptor Tyrosine-Protein Kinase ErbB-3 (ERBB3/HER3) interface. Tipranavir and indinavir also bind to EGFR and Receptor Tyrosine- Protein Kinase ErbB-2 (ERBB2/HER2) interface. Additionally, a drug used in Alzheimer's disease (galantamine) and an antinauseant for cancer chemotherapy patients (granisetron) can bind to RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase (RAF1) and Serine/threonine-protein kinase B-raf (BRAF) interface. Hence, these drugs can be used for anti-tumor activities in cancer with future experimental validation.
Benzer Tezler
- Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data
Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları
ÜLKÜ ÜNAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Microrna - based drug repurposing analysis in glioblastoma multiforme via machine learning approaches
Makine öğrenmesi yaklaşımlarıyla glioblastoma multiformede mikrorna bazlı ilaç repozisyon analizleri
ÖMER FARUK ERCEYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Hepatosellüler karsinomada alternatif 'drug repurposing' modellerinin sitotoksik/apoptotik etkilerinin araştırılması
Investigation of cytotoxic/apoptotic effects of alternative drug repurposing models in hepatocellular carcinoma
DERYA YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZLIHAN AZTOPAL
PROF. DR. ENGİN ULUKAYA
- Identifying potential therapeutic molecules for hepatocellular carcinoma through machine learning-based drug repurposing
Makine öğrenimi tabanlı ilaç yeniden kullanımı yoluyla hepatoselüler karsinom için potansiyel terapötik moleküllerin belirlenmesi
TUĞÇE BAŞER
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK OTLU SARITAŞ
PROF. DR. RENGÜL ATALAY
- Yeni HSP90 inhibitörlerinin tespiti için in siliko ilaç yeniden kullanım yaklaşımı ve in vitro değerlendirme
In silico drug repurposing approach and in vitro evaluation for determination of novel HSP90 inhibitors
TUĞBA TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaAtatürk ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DERYANUR KILIÇ