QPCR temelli COVID-19 tanı kiti geliştirilmesi
Developing COVID-19 diagnostic kit based on qPCR
- Tez No: 817109
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK, DOÇ. DR. OĞUZ ATA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
İnsalık, tarih boyunca farklı yüzyıllarda bakteri, virüs gibi çeşitli patojen sebepli epidemiler ve pandemiler yaşamıştır. İlk kez 2019 yılında ortaya çıkarak son dönemde şiddetli akut solunum yolu hastalığına ve COVID-19 pandemisine neden olan SARS-CoV-2 ile benzer semptomlar göstermelerine karşın farklı tedavi süreçleri gerektiren influenza ve RSV bir bireyde koenfeksiyon olarak görülebilmektedir. Doğru ve etkili bir tedavinin uygulanabilmesi adına hassas ve doğru tanılama hayati önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasında, RSV, SARS-CoV-2 ve influenza virüslerini yüksek doğruluk ve hassasiyette tek bir reaksiyonda tanılayabilecek multipleks bir panel oluşturmak amaçlanmıştır. Biyoinformatik metodolojleri kullanılarak milyonlarca veri barındıran halka açık çeşitli veri tabanlarından elde edilen RSV, SARS-CoV-2 ve influenza virüslerinin gen ve genom dizileri analiz edilerek multipleks qPCR'da kullanılmak üzere potansiyel gösteren 78 oligonükleotit dizisi belirlenmiştir. Her bir virüse özgü primer setleri ve prob olarak kullanılacak 9 oligonükleotit dizisi seçilerek hasta örnekleri üzerinde deneysel çalışmalar yapılmıştır. Bahsi geçen virüslere özgü geliştirilen primerlerin genom kalıbına bağlanabildiği, probların istenen amplikonlara bağlanma gösterdikleri, primer ve prob setlerinin istenen değerlerde sonuçlar verdiği görülmüştür. Ancak geliştirilen kit içeriğinin koenfeksiyon gösteren hastalarda da doğru tanılama yapabildiğini açık şekilde gösterilmesi ve hassasiyetin artırılması adına daha fazla hasta örneği ile optimizasyon çalışmaları yapılmalıdır. Sonuç olarak, qPCR'da kullanılmak üzere biyoinformatik metodolojilerinden yararlanılarak geliştirilen oligonükleotit dizileri ile potansiyel vadeden multipleks bir panel oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
Humanity has experienced epidemics and pandemics caused by various pathogens such as bacteria and viruses in different centuries throughout history. Influenza and RSV can be seen as co-infections in an individual with SARS-CoV-2, which first emerged in 2019 and recently caused severe acute respiratory disease and COVID-19 pandemic, although they show similar symptoms and require different treatment processes. Precise and accurate diagnosis is vital to ensure correct and effective treatment. In this dissertation study, we aimed to create a multiplex panel that can diagnose RSV, SARS-CoV-2 and influenza viruses in a single reaction with high accuracy and sensitivity. Using bioinformatics methodologies, gene and genome sequences of RSV, SARS-CoV-2 and influenza viruses obtained from various public databases containing millions of data were analyzed and 78 oligonucleotide sequences showing potential for use in multiplex qPCR were identified. Experimental studies were carried out on patient samples by selecting 9 oligonucleotide sequences to be used as probes and primer sets specific to each virus. It was observed that the primers developed specific to mentioned viruses could bind to the genome template, the probes showed binding to the desired amplicons, and the primer and probe sets gave results at the desired values. However, optimization studies should be carried out with more patient samples in order to clearly demonstrate that the developed kit content can make accurate diagnoses in patients with co-infection and to increase sensitivity. In conclusion, a promising multiplex panel was created with oligonucleotide sequences developed by utilizing bioinformatics methodologies for use in qPCR.
Benzer Tezler
- Antep fıstığında (Pistacia vera L.) gıda aldatmacasının belirlenmesinde yüksek çözünürlüklü erime (HRM) yönteminin optimizasyonu ve uygulaması
Optimization and application of the high resolution melting (HRM) technique for detection of food adulteration in pistachio (Pistacia vera L.)
NESLİHAN AY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN HÜRKAN
- Expression analysis of hla-b gene in sporadic behcet syndrome patients
Sporadik behçet sendromlu bireylerde hla-b geninin ekspresyon analizi
ESRA KIZILTEPE KISAKESEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Kırım kongo kanamalı ateşi hastalarında YTHDF1 ve YTHDF3 RNA metilasyon gen düzeylerinin araştırılması
Investigation of YTHDF1 and YTHDF3 rna methylation gene levels in crimean congo hemorrhagic fever patients
RIDVAN AVCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAL ARSLAN
- Exophiala türlerinin tanısında rca (rolling circle amplification -yuvarlanan çember amplifikasyonu) yönteminin ıts rdna gen bölgesi hedeflenerek değerlendirilmesi
Evaluation of rca (rolling circle amplification) method by targeting its rdna gen region for identification of exophiala species
ENGİN KAPLAN
Doktora
Türkçe
2016
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MACİT İLKİT
- Biyoproseslerde kullanılmak üzere mdck hücrelerinin karıştırmalı tank biyoreaktör ve döner hücre kültürü biyoreaktöründe üretim verimliliğin karşılaştırılması
Comparison of the production efficiency of mdck cells for use in bioprocesses in a stirred tank bioreactor and a rotating cell culture bioreactor
KADİR ALPTEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUPHİ ŞURİŞVAN ÖNCEL