Geri Dön

QPCR temelli COVID-19 tanı kiti geliştirilmesi

Developing COVID-19 diagnostic kit based on qPCR

  1. Tez No: 817109
  2. Yazar: ABDULLAH ENES DOĞRUSOY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK, DOÇ. DR. OĞUZ ATA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

İnsalık, tarih boyunca farklı yüzyıllarda bakteri, virüs gibi çeşitli patojen sebepli epidemiler ve pandemiler yaşamıştır. İlk kez 2019 yılında ortaya çıkarak son dönemde şiddetli akut solunum yolu hastalığına ve COVID-19 pandemisine neden olan SARS-CoV-2 ile benzer semptomlar göstermelerine karşın farklı tedavi süreçleri gerektiren influenza ve RSV bir bireyde koenfeksiyon olarak görülebilmektedir. Doğru ve etkili bir tedavinin uygulanabilmesi adına hassas ve doğru tanılama hayati önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasında, RSV, SARS-CoV-2 ve influenza virüslerini yüksek doğruluk ve hassasiyette tek bir reaksiyonda tanılayabilecek multipleks bir panel oluşturmak amaçlanmıştır. Biyoinformatik metodolojleri kullanılarak milyonlarca veri barındıran halka açık çeşitli veri tabanlarından elde edilen RSV, SARS-CoV-2 ve influenza virüslerinin gen ve genom dizileri analiz edilerek multipleks qPCR'da kullanılmak üzere potansiyel gösteren 78 oligonükleotit dizisi belirlenmiştir. Her bir virüse özgü primer setleri ve prob olarak kullanılacak 9 oligonükleotit dizisi seçilerek hasta örnekleri üzerinde deneysel çalışmalar yapılmıştır. Bahsi geçen virüslere özgü geliştirilen primerlerin genom kalıbına bağlanabildiği, probların istenen amplikonlara bağlanma gösterdikleri, primer ve prob setlerinin istenen değerlerde sonuçlar verdiği görülmüştür. Ancak geliştirilen kit içeriğinin koenfeksiyon gösteren hastalarda da doğru tanılama yapabildiğini açık şekilde gösterilmesi ve hassasiyetin artırılması adına daha fazla hasta örneği ile optimizasyon çalışmaları yapılmalıdır. Sonuç olarak, qPCR'da kullanılmak üzere biyoinformatik metodolojilerinden yararlanılarak geliştirilen oligonükleotit dizileri ile potansiyel vadeden multipleks bir panel oluşturulmuştur.

Özet (Çeviri)

Humanity has experienced epidemics and pandemics caused by various pathogens such as bacteria and viruses in different centuries throughout history. Influenza and RSV can be seen as co-infections in an individual with SARS-CoV-2, which first emerged in 2019 and recently caused severe acute respiratory disease and COVID-19 pandemic, although they show similar symptoms and require different treatment processes. Precise and accurate diagnosis is vital to ensure correct and effective treatment. In this dissertation study, we aimed to create a multiplex panel that can diagnose RSV, SARS-CoV-2 and influenza viruses in a single reaction with high accuracy and sensitivity. Using bioinformatics methodologies, gene and genome sequences of RSV, SARS-CoV-2 and influenza viruses obtained from various public databases containing millions of data were analyzed and 78 oligonucleotide sequences showing potential for use in multiplex qPCR were identified. Experimental studies were carried out on patient samples by selecting 9 oligonucleotide sequences to be used as probes and primer sets specific to each virus. It was observed that the primers developed specific to mentioned viruses could bind to the genome template, the probes showed binding to the desired amplicons, and the primer and probe sets gave results at the desired values. However, optimization studies should be carried out with more patient samples in order to clearly demonstrate that the developed kit content can make accurate diagnoses in patients with co-infection and to increase sensitivity. In conclusion, a promising multiplex panel was created with oligonucleotide sequences developed by utilizing bioinformatics methodologies for use in qPCR.

Benzer Tezler

  1. Antep fıstığında (Pistacia vera L.) gıda aldatmacasının belirlenmesinde yüksek çözünürlüklü erime (HRM) yönteminin optimizasyonu ve uygulaması

    Optimization and application of the high resolution melting (HRM) technique for detection of food adulteration in pistachio (Pistacia vera L.)

    NESLİHAN AY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiIğdır Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KAAN HÜRKAN

  2. Expression analysis of hla-b gene in sporadic behcet syndrome patients

    Sporadik behçet sendromlu bireylerde hla-b geninin ekspresyon analizi

    ESRA KIZILTEPE KISAKESEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Kırım kongo kanamalı ateşi hastalarında YTHDF1 ve YTHDF3 RNA metilasyon gen düzeylerinin araştırılması

    Investigation of YTHDF1 and YTHDF3 rna methylation gene levels in crimean congo hemorrhagic fever patients

    RIDVAN AVCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAL ARSLAN

  4. Exophiala türlerinin tanısında rca (rolling circle amplification -yuvarlanan çember amplifikasyonu) yönteminin ıts rdna gen bölgesi hedeflenerek değerlendirilmesi

    Evaluation of rca (rolling circle amplification) method by targeting its rdna gen region for identification of exophiala species

    ENGİN KAPLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET MACİT İLKİT

  5. Biyoproseslerde kullanılmak üzere mdck hücrelerinin karıştırmalı tank biyoreaktör ve döner hücre kültürü biyoreaktöründe üretim verimliliğin karşılaştırılması

    Comparison of the production efficiency of mdck cells for use in bioprocesses in a stirred tank bioreactor and a rotating cell culture bioreactor

    KADİR ALPTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SUPHİ ŞURİŞVAN ÖNCEL