Identification of molecules that affect CRY1-PER2 interaction
CRY1-PER2 etkileşimini etkileyecek moleküllerin belirlenmesi
- Tez No: 818172
- Danışmanlar: PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Biyokimya, Molecular Medicine, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sirkadiyen ritim, biyolojik işlemlerde veya sistemlerde yaklaşık 24 saatlik biyolojik desenlerdir. Transkriptomun yaklaşık %10'u ve proteomun %20-40'ı sirkadiyen ritmik desenler sergilediği varsayılır. RNA veya protein düzeyindeki salınımlar, ilaçların tedavi zamanlamasının önemli olduğunu gösterir. Bu nedenle, küçük moleküller kullanarak sirkadiyen ritmi düzenleyerek ilaçların etkinliği değiştirilebilir. Son yıllarda bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki gelişmelerle, klinik öncesi çalışmalara ulaşma hızında artış yaşanmıştır. Çalışmamızda, CRY1-PER2 kompleksinin kristal yapısını kullanarak bu proteinlerin etkileşim bölgesi hedef olarak seçildi ve ~2 milyon molekül için moleküler docking yapıldı. Güçlü afiniteye sahip moleküllerin farmakokinetiği in silico ADME ile incelendi. 14 molekülün in vitro çalışmaları uygun moleküllere moleküler dinamik simülasyonu ve göreceli serbest enerji hesaplaması ile yapıldı. Alt-toksik dozlar MTT yöntemiyle ile belirlendi. Sirkadiyen ritmi etkileyen moleküller gerçek zamanlı biyoluminesans deneyi ile tespit edildi. Bu moleküllerin CRY1 üzerindeki etkisi Western blot ile incelendi. Bu çalışma, P09 molekülünün CRY1'in stabilitesini azalttığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Circadian rhythms are biological patterns of approximately 24 hours in biological processes or systems. It is assumed that about 10% of transcriptome or 20-40% of the proteome shows circadian rhythmic patterns. The oscillation at RNA and protein levels indicates that the timing of treatment with drugs is important. Because of this relationship, it is possible to change the efficiency of the drugs by modulating circadian rhythms using small molecules. With the developments in computer-aided drug design in recent years, there has been an increase in the speed of reaching pre-clinical studies. In our study, using the crystal structure of the CRY1-PER2 complex, the interaction side of these proteins was chosen as the target, and molecular docking for, ~2 million molecules were performed. The pharmacokinetics of molecules with strong affinity were examined via in silico ADME. In vitro studies of 14 molecules were carried out by subjecting suitable molecules to molecular dynamics simulation and relative free energy calculation. The sub-toxic dose was determined by MTT. Molecules affecting circadian rhythm were determined by real-time bioluminescence assay. The effect of these molecules on CRY1 was investigated by Western blot. We report that the P09 molecule reduces the stability of CRY1.
Benzer Tezler
- Identification of astrocytic factors that could play a role in myelination
Başlık çevirisi yok
HÜLYA KIRAY
- Identification and characterization of specific Caspase-1 and IL1R inhibitors
Özgün Caspase-1 ve IL1R inhibitörlerinin tanımlanması ve karakterize edilmesi
UĞUR GATFAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Probiyotik Lactobacillus casei 21/1'nin olası bağışıklık düzenleyici tır domain proteininin tanımlanması, rekombinant üretimi, saflaştırılması ve biyoinformatik analizi
Identification, recombinant expression, purification and bioinformatics analysis of a putative immune modulatory tir domain protein of probiotic Lactobacillus casei 21/1
BAHAR BAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
- Probiyotik Bifidobacterium breve 'nin bağışıklık düzenleyici tır proteinin tanımlanması, klonlanması ve rekombinant üretimi
Identification, cloning and recombinant expression of immune modulatory tir protein from probiotic Bifidobacterium breve
DİCLE DİLARA AKPINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
- Narkolepsiye özgü otoantikorların immünopresipitasyon ve kütle spektrofotometre ile tanımlanması ve validasyonu
Identification and validation of narcolepsy-spesific autoantibodies with immunoprecipitation and mass spectrophotometry
HANDE YÜCEER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Nörolojiİstanbul ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEM İSMAİL KÜÇÜKALİ