Analysis of human plasma N-glycopeptides by mass spectrometry using high-pH fractionation and hilic-based strategies
İnsan plazma N-glikopeptitlerinin kütle spektrometresi ile yüksek pH fraksiyonlama ve hılıc tabanlı stratejiler kullanılarak analizi
- Tez No: 818280
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HACI MEHMET KAYILI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Karabük Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Glikozilasyon, yaygın bir post-translasyonel değişiklik olan ve çeşitli biyolojik süreçlerde önemli bir rol oynayan, aynı zamanda kanser gibi çeşitli hastalıklarla ilişkilendirilen bir süreçtir. Farklı glikozilasyon tipleri arasında özellikle N-glikozilasyon önemlidir. N-glikozilasyonun kesin tespiti ve karakterizasyonu için bir dizi zenginleştirme adımı gerekmektedir. Öte yandan, peptit parçalanma yöntemleri örnek karmaşıklığını azaltmada kritik bir adım oluşturur. Ayrıca, kütle spektrometrisi ile birleştirilen zenginleştirme stratejileri N-glikopeptitlerin analizi ve tanımlanması için önemlidir. Bu araştırma, peptit fraksiyonlama ve glikopeptit zenginleştirme stratejilerini içeren yöntemlerin kullanılarak N-glikopeptitlerin ve N-glikoproteinlerin tespit yöntemlerini geliştirmeyi amaçlamaktadır. Bu çalışma, insan plazmasının glikkoproteomundan glikopeptitlerin tanımlanması açısından entegrasyon yöntemi ve doğrudan zenginleştirme yaklaşımının etkinliğini değerlendirmeyi hedeflemiştir. Sonuçlar, entegrasyon yönteminin 228 N-glikopeptit ve 95 N-glikoprotein tespit ederken, Pamuk-HILIC doğrudan zenginleştirmenin 95 N-glikopeptit ve 62 N-glikoprotein tespit ettiğini göstermektedir. Sonuç olarak, yüksek pH fraksiyonlama ile birlikte Pamuk-HILIC zenginleştirme yönteminin, glikopeptitlerin yapılarını ve fonksiyonlarını daha iyi nitelendirme yetenekleri sergilediği sonucuna varılmıştır. Anahtar Sözcükler : Glikozilasyon, N-glikozilasyon, Kütle Spektrometrisi, Zenginleştirme Stratejileri, Peptit Fraksiyonlama Yöntemleri, Hidrofilik Etkileşim Sıvı Kromatografisi (HILIC). Bilim Kodu : 92504
Özet (Çeviri)
Glycosylation, a prevalent post-translational modification, plays a significant role in diverse biological processes and exhibits associations with various diseases, including cancer. Among the different types of glycosylation, N-glycosylation is particularly prominent. The precise detection and characterization of N-glycosylation require a series of enrichment steps. On the other hand, peptide fragmentation methods constitute a crucial step in reducing sample complexity. Moreover, enrichment strategies coupled with mass spectrometry are essential for the analysis and identification of N-glycopeptides. This research aims to enhance the detection methods for N-glycopeptides and N-glycoproteins by employing strategies that involve peptide fractionation and glycopeptide enrichment. This study targeted to assess and compare the efficacy of an integration method and a direct enrichment approach in terms of identifying glycopeptides from the glycoproteome of human plasma. The results demonstrate that integration method detects 228 N-glycopeptides and 95 N-glycoproteins, while Cotton-HILIC direct enrichment detects 95 N-glycopeptides and 62 N-glycoproteins. In conclusion, the employment of Cotton-HILIC enrichment with high pH fractionation exhibits greater qualitative abilities in characterizing the structures and functions of glycopeptides. Key Words : Glycosylation, N-glycosylation, mass spectrometry peptide fractionation methods, Hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC). Science Code : 92504
Benzer Tezler
- Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi
Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor
HACI MEHMET KAYILI
- Development of a new bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides using hydrophilic interaction-based sorbents
Hidrofilik etkileşime dayalı sorbentler kullanılarak glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizi için yeni bir biyoanalitik yöntemin geliştirilmesi
ABDULBASİT RAMADAN ALMAHDİ ALTOUMİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HACI MEHMET KAYILI
PROF. DR. BEKİR SALİH
- Development of a bioanalytical method for rapid and efficient N-glycan analysis of therapeutic proteins by mass spectrometric methods
Kütle spektrometrik yöntemlerle terapötik proteinlerin hızlı ve etkili N-glikan analizi için biyoanalitik bir yöntemin geliştirilmesi
ZIDAN MASOUD EMHAMED RAGOUBI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. HACI MEHMET KAYILI
PROF. DR. BEKİR SALİH
- Comparison of denaturing agents used in N-glycan release methods for quantitative glycomic analysis
Kantitatif glikomik analizleri için N-glikan salınım yöntemlerinde kullanılan denaturasyon ajanlarının karşılaştırılması
ROKIA SAKHTA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI MEHMET KAYILI
- In silico analysis of neutral sphingomyelinase 2
Nötral sfingomyelinaz 2'nin in siliko analizi
ZARİFE BEGÜM YAĞCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
