Development of a new bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides using hydrophilic interaction-based sorbents
Hidrofilik etkileşime dayalı sorbentler kullanılarak glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizi için yeni bir biyoanalitik yöntemin geliştirilmesi
- Tez No: 768786
- Danışmanlar: PROF. DR. HACI MEHMET KAYILI, PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyokimya, Bioengineering, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Glikopeptidler, Glikozilasyon, Kromatografi, Sorbentler, Glycopeptides, Glycosylation, Chromatography, Sorbents
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Karabük Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Glikozilasyon canlı proteomu için önemli işlevleri bulunan bir post-translasyonel modifikasyondur. Bu modifikasyona uğrayan proteinlerin izlenmesi çeşitli hastalıkların ön tanısının koyulması için çok önemlidir. Fakat bu modifikasyona uğrayan glikoproteinlere ait glikoptitlerin analizler çeşitli zorluklar içermektedir. Glikopeptitlere ait sıradan peptitlerin miktarı genellikle glikopeptitlere göre çok yüksektir. Bu, glikopeptitlerin kütle spektrometrik sinyallerinin baskılanmasına sebep olmaktadır. Bu nedenle glikopeptitlerin verimli analizleri için zenginleştirilmelerine ihtiyaç vardır. Hidrofilik etkileşime (HILIC) dayalı sorbentler ucuz ve kolay uygulanabilir olmaları nedeni ile glikopeptitlerin zenginleştirilmelerinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bu tez kapsamında HILIC temelli sorbentler pamuk ipliği ile birlikte kullanılarak bir pipet ucu uygulaması geliştirilmiştir. Çalışmada ticari olarak edinebilen selüloz ve sefaroz CL-4B sorbentleri kullanılmıştır. Bu sorbentler pipet uçlarına yerleştirilerek glikopeptitlerin zenginleştirilmelerindeki performansları test edilmiştir. İlk olarak, glikopeptitler için en uygun elüsyon ve yükleme koşulları test edilmiş ve elüsyon için %100 H2O ve yükleme için de %1 TFA içeren %85 ACN'nin hem seçicilik hem de tanımlama oranı bakımından en optimum koşullar olduğu belirlenmiştir. HILIC-sorbent içeren pipet uçları insan plazmasına ait glikopeptitlerin zenginleştirilmesi için kullanılmış ve selüloz ve pamuk ipliği içeren pipet ucunun en yüksek N-glikopeptit tanımlama oranına sahip olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, pamuk ipliği, diğer HILIC-sorbentlerle birlikte kullanıldığında tespit edilen sıradan peptitlerin miktarında artış tespit edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda özellikle kompleks örnekler üzerine zenginleştirme yapıldığında pamuk ipliği ile birlikte diğer HILIC temelli sorbentlerin kullanılması N-glikopeptitlerin tanımlanma sayılarını artırmıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçların bölgeye-özgü kliniksel glikozilasyon analizleri açısından literatüre katkı sunması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Glycosylation process is a post-translational modification with essential functions for the living proteome. Monitoring of proteins undergoing this modification is very important for the preliminary diagnosis of various diseases. However, the analysis of glycoproteins subjected to this modification presents multiple difficulties. The number of ordinary peptides belonging to glycopeptides are usually very high compared to glycopeptides. This causes suppression of the mass spectrometric signals of the glycopeptides. Therefore, glycopeptides are needed to be enriched for efficient analysis. Sorbents based on hydrophilic interaction (HILIC) are frequently used for the enrichment of glycopeptides because they are inexpensive and easy to apply. In this thesis, a pipette tip application was developed by using HILIC-based sorbents together with cotton wool. Commercially available cellulose and sepharose CL-4B sorbents were used in the study. These sorbents were placed on the pipette tips, and their performance in the enrichment of glycopeptides was tested. First, the optimal elution and loading conditions for glycopeptides were tested, and it was determined that 85% ACN with 1% TFA for loading and 100% H2O for elution were the optimum conditions for both selectivity and detection rate. Pipette tips containing HILIC-sorbent were used to enrich the glycopeptides of human plasma, and it was determined that the pipette tip containing cellulose and cotton thread had the highest N-glycopeptide identification rate. However, an increase in the number of ordinary peptides detected was detected when the cotton wool was used in combination with other HILIC sorbents. As a result of the studies, cotton wool and other HILIC-based sorbents increased the number of N-glycopeptides identified, especially when enrichment was made on complex samples. The results from this study are expected to contribute to the literature regarding site-specific clinical glycosylation analysis.
Benzer Tezler
- Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi
Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor
HACI MEHMET KAYILI
- Perindopril terapötik ilaç düzeyi izlenimi için UPLC-MS/MS tabanlı bir analiz yöntemi geliştirilmesi ve gerçek numunelerdeki uygulamaları
Development of a new UPLC-MS/MS method for therapeutic drug monitoring of perindopril and it's application on real samples
FERİT ALTEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
KimyaAtatürk ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET EMRAH YAMAN
- Engineering multifunctional hybrid nanomaterials for bioanalytical and biomedical applications
Başlık çevirisi yok
İSMAİL ÖÇSOY
Doktora
İngilizce
2014
BiyomühendislikUnıversıty Of FlorıdaNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. WEIHONG TAN
- Türkiye kökenli aspir tohum yağlarının transesterifikasyonu ve dizel yakıt alternatifi olarak değerlendirilmesi
Transesterification of safflower seed oil of Turkish origin and its evaluation as a diesel fuel alternative
ASLI IŞIĞIGÜR
- Hepatit B yüzey antijenleri polipeptitlerinin kimyasal yolla sentezi ve karakterizasyonu
Başlık çevirisi yok
DİLGİMEN SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED MUSTAFAEV