Geri Dön

Development of a new bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides using hydrophilic interaction-based sorbents

Hidrofilik etkileşime dayalı sorbentler kullanılarak glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizi için yeni bir biyoanalitik yöntemin geliştirilmesi

  1. Tez No: 768786
  2. Yazar: ABDULBASİT RAMADAN ALMAHDİ ALTOUMİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HACI MEHMET KAYILI, PROF. DR. BEKİR SALİH
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Karabük Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Glikozilasyon canlı proteomu için önemli işlevleri bulunan bir post-translasyonel modifikasyondur. Bu modifikasyona uğrayan proteinlerin izlenmesi çeşitli hastalıkların ön tanısının koyulması için çok önemlidir. Fakat bu modifikasyona uğrayan glikoproteinlere ait glikoptitlerin analizler çeşitli zorluklar içermektedir. Glikopeptitlere ait sıradan peptitlerin miktarı genellikle glikopeptitlere göre çok yüksektir. Bu, glikopeptitlerin kütle spektrometrik sinyallerinin baskılanmasına sebep olmaktadır. Bu nedenle glikopeptitlerin verimli analizleri için zenginleştirilmelerine ihtiyaç vardır. Hidrofilik etkileşime (HILIC) dayalı sorbentler ucuz ve kolay uygulanabilir olmaları nedeni ile glikopeptitlerin zenginleştirilmelerinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bu tez kapsamında HILIC temelli sorbentler pamuk ipliği ile birlikte kullanılarak bir pipet ucu uygulaması geliştirilmiştir. Çalışmada ticari olarak edinebilen selüloz ve sefaroz CL-4B sorbentleri kullanılmıştır. Bu sorbentler pipet uçlarına yerleştirilerek glikopeptitlerin zenginleştirilmelerindeki performansları test edilmiştir. İlk olarak, glikopeptitler için en uygun elüsyon ve yükleme koşulları test edilmiş ve elüsyon için %100 H2O ve yükleme için de %1 TFA içeren %85 ACN'nin hem seçicilik hem de tanımlama oranı bakımından en optimum koşullar olduğu belirlenmiştir. HILIC-sorbent içeren pipet uçları insan plazmasına ait glikopeptitlerin zenginleştirilmesi için kullanılmış ve selüloz ve pamuk ipliği içeren pipet ucunun en yüksek N-glikopeptit tanımlama oranına sahip olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, pamuk ipliği, diğer HILIC-sorbentlerle birlikte kullanıldığında tespit edilen sıradan peptitlerin miktarında artış tespit edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda özellikle kompleks örnekler üzerine zenginleştirme yapıldığında pamuk ipliği ile birlikte diğer HILIC temelli sorbentlerin kullanılması N-glikopeptitlerin tanımlanma sayılarını artırmıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçların bölgeye-özgü kliniksel glikozilasyon analizleri açısından literatüre katkı sunması beklenmektedir.

Özet (Çeviri)

Glycosylation process is a post-translational modification with essential functions for the living proteome. Monitoring of proteins undergoing this modification is very important for the preliminary diagnosis of various diseases. However, the analysis of glycoproteins subjected to this modification presents multiple difficulties. The number of ordinary peptides belonging to glycopeptides are usually very high compared to glycopeptides. This causes suppression of the mass spectrometric signals of the glycopeptides. Therefore, glycopeptides are needed to be enriched for efficient analysis. Sorbents based on hydrophilic interaction (HILIC) are frequently used for the enrichment of glycopeptides because they are inexpensive and easy to apply. In this thesis, a pipette tip application was developed by using HILIC-based sorbents together with cotton wool. Commercially available cellulose and sepharose CL-4B sorbents were used in the study. These sorbents were placed on the pipette tips, and their performance in the enrichment of glycopeptides was tested. First, the optimal elution and loading conditions for glycopeptides were tested, and it was determined that 85% ACN with 1% TFA for loading and 100% H2O for elution were the optimum conditions for both selectivity and detection rate. Pipette tips containing HILIC-sorbent were used to enrich the glycopeptides of human plasma, and it was determined that the pipette tip containing cellulose and cotton thread had the highest N-glycopeptide identification rate. However, an increase in the number of ordinary peptides detected was detected when the cotton wool was used in combination with other HILIC sorbents. As a result of the studies, cotton wool and other HILIC-based sorbents increased the number of N-glycopeptides identified, especially when enrichment was made on complex samples. The results from this study are expected to contribute to the literature regarding site-specific clinical glycosylation analysis.

Benzer Tezler

  1. Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi

    Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor

    HACI MEHMET KAYILI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİR SALİH

  2. Engineering multifunctional hybrid nanomaterials for bioanalytical and biomedical applications

    Başlık çevirisi yok

    İSMAİL ÖÇSOY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyomühendislikUniversity of Florida

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. WEIHONG TAN

  3. HPLC floresan dedektör kullanılarak poliaminlerin serumda saptanması için metot geliştirme ve validasyonlarının yapılması

    Method development and validation for detection of polyamines in serum by using HPLC fluorescence detector

    ORHAN ÇAKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Biyokimyaİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜRKAN YİĞİTBAŞI

  4. Yeni nesil nano katalizörlerin geliştirilmesi, karakterizasyonu ve potansiyel biyoanalitik uygulamaları

    Development, characterization and potential bioanalytical applications of new generation nano catalysts

    ŞEYMA DADI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaErciyes Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL ÖÇSOY