Geri Dön

Kan kültürlerinden izole edilen koagülaz negatif stafilokoklarda sasX, ACME ve çeşitli virulans faktörlerinin araştırılması

Investigation of sasX, ACME and various virulence factors in coagulase negative staphylococci isolated from blood cultures

PDF İndir

  1. Tez No: 819594
  2. Yazar: BÜŞRA DÖNMEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MELEK DEMİR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 113

Özet

Hastanede uzun süre yatışlara bağlı kateterizasyon işlemlerinin artması ve implante edilebilir tıbbi cihazların yaygın kullanımı nedeniyle koagülaz negatif stafilokokların (KNS) kan dolaşım enfeksiyonlarındaki rolü artmıştır. Bu çalışmada kan kültürlerinden izole edilmiş olan KNS suşlarında virülans ilişkili sasX, arjinin katabolik mobil element (ACME) genlerinin, biyofilm yapımının ve biyofilm ilişkili bazı virülans faktör genlerinin araştırılarak etken ve kontaminant olarak tanımlanmış suşlardaki sıklıklarının belirlenmesi amaçlandı. Kan kültürlerinden izole edilen 150 KNS suşu çalışmaya dahil edildi. Klinik ve mikrobiyolojik veriler temel alınarak izole edilen suşların 50'si etken ve 100'ü kontaminasyon izolatı olarak gruplandırıldı. Suşlar otomatize bakteri tanımlama sistemi ile tür düzeyinde tanımlandı. sasX, ACME, MecA ve biyofilm ilişkili virülans faktör genlerinin varlığı inhouse PCR yöntemi ile araştırıldı. Fenotipik olarak biyofilm oluşumu mikroplak yöntemi ile araştırıldı. Çalışmaya alınan KNS suşlarının 95'i (%63,3) S. epidermidis, 25'i (%16,7) S. hominis, 22'si (14,7) S. haemolyticus, 6'sı (%4) S. capitis, 1'i (%0,7) S. intermedius ve 1'i (%0,7) S. warneri olarak tanımlandı. Tüm suşların 125'inde (%83,3) mecA geni pozitif bulunurken etken ve kontaminasyon grupları arasında mecA pozitiflik oranı açısından fark bulunmadı (p=0,877). sasX varlığı kontaminasyon grubunda 14 (%14) suşta, etken grubunda 5 (%10) suşta olmak üzere toplam 19 suşta pozitif bulundu. sasX pozitiflik oranı açısından etken ve kontaminasyon grubundaki suşlar arasında fark bulunmadı (p=0,327). ACME ilişkili ArcA, kdpA ve opp3B operonlarının herhangi birinin varlığı kontaminasyon grubundaki suşların 32 (%32)'sinde, etken grubundaki suşların 6 (%12)'sında pozitif olarak saptandı. Gen bölgeleri ayrı olarak değerlendirildiğinde kontaminasyon grubundaki 30 (%30) suşta ArcA pozitif, 7 (%7) suşta kdpA pozitif, 8 (%8) suşta opp3B pozitif iken, etken grubunda ise 6 (%12) suşta ArcA pozitif, 1 (%2) suşta kdpA pozitif ve 3 (%6) suşta opp3B pozitif bulundu. Kontaminasyon grubundaki suşlarda ACME ve ArcA pozitiflik oranı anlamlı düzeyde daha yüksek saptandı (sırasıyla p= 0,008 ve p= 0,015). Fenotipik olarak biyofilm oluşturma özellikleri araştırıldığında tüm suşların 67'si (%44,7) biyofilm oluşturmazken, 39'u (%26) zayıf düzeyde, 15'i (%10) orta düzeyde, 29'u (%19,3) ise güçlü düzeyde biyofilm oluşturdu. Etken grubundaki suşların %52'sinde herhangi bir düzeyde biyofilm oluşumu saptanırken, kontaminasyon grubundaki suşlarda bu oran %57'ydi. Gruplar arasında biyofilm oluşturan suş oranı açısından anlamlı fark bulunmazken (p=0,561), kontaminasyon grubundaki suşların %14'ü , etken grubundaki suşların ise %30'unun güçlü düzeyde biyofilm oluşturduğu bulundu ve biyofilm oluşturma düzeyleri açısından gruplar arasındaki fark anlamlıydı (p=027). Biyofilm ilişkili İcaA, icaD, IS256, aap ve bhp virülans genleri kontaminasyon grubundaki suşlarda sırasıyla %33, %45, %43, %74 ve %6 oranında, etken grubundaki suşlarda %64, %62, %64, %74 ve %8 oranında pozitif olarak bulundu. Etken grubunda İcaA, İcaD ve IS256 pozitiflik oranları kontaminasyon grubuna göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulunurken (sırasıyla p

Özet (Çeviri)

The role of CoNS in blood stream infections has increased due to prolonged hospitalization, urinary and intravascular catheterization, increased health care services such as widespread use of implantable medical devices, and changes in the patient population (such as increased premature neonates; geriatric patients with multiple morbidity and chronic diseases, immunosuppressive patients). In this study, it was aimed to investigate virulence-related sasX, arginine catabolic mobile element (ACME) genes, biofilm production and some biofilm-related virulence factor genes in CoNS strains isolated from blood cultures and determine their frequency in strains identified as infectious agent and contaminant. In total, 150 strains of CoNS isolated from blood cultures were included in the study. Based on clinical and microbiological data, 50 of the isolated strains were grouped as infectious agent and 100 as contamination isolates. The strains were identified at the species level with an automated bacterial identification system. The presence of sasX, ACME, mecA and biofilm-related virulence factor genes was investigated by the in-house PCR method. Phenotypically, biofilm formation was investigated by the micro-plaque method. Of the CoNS strains included in the study, 95 (63.3%) were identified as S. epidermidis, 25 (16.7%) as S. hominis, 22 (14.7) as S. haemolticus, 6 (4%) as S.capitis, 1 (0.7%) as S. intermedius and 1 (0.7%) as S. warneri. Of all strains, 125 (83.3%) had the MecA gene positive, while no differences were found in the MecA positivity ratio between the infectious agent and contamination groups (p=0.877). The presence of sasX was positive in the contamination group with 14 (14%) strains and in the infectious agent group with 5 (10%) strains, i.e. in 19 strains in total. No differences were found between the strains in the infectious agent and contamination groups in terms of the sasX positivity ratio (p=0.327). The presence of any of the ACME-related ArcA, kdpA, and opp3B operons was found to be positive in 32 (32%) of the strains in the contamination group and 6 (12%) of the strains in the infectious agent group. When the gene regions were evaluated separately, 30 (30%) strains in the contamination group were ArcA positive, 7 (7%) strains were kdpA positive, 8 (8%) were opp3B positive, 6 (12%) were ArcA positive, 1 (2%) was kdpA positive and 3 (6%) were opp3B positive. The ACME and ArcA positivity ratios were significantly higher in the strains in the contamination group (p=0.008 and p=0.015, respectively). An examination of phenotypical biofilm-forming properties showed that 67 (44.7%) of all strains did not form a biofilm, 39 (26%) formed a weak biofilm, 15 (10%) a medium biofilm and 29 (19.3%) formed a strong biofilm. While 52% of the strains in the infectious agent group had any level of biofilm formation, this ratio was 57% in the strains in the contamination group. While there was no significant difference in the ratio of biofilm-forming strains between the groups (p=0.561), 14% of the strains in the contamination group and 30% of the strains in the infectious agent group were found to be strongly biofilm-forming, and the difference between the groups was significant in terms of their biofilm-forming level (p=027). Biofilm-related IcaA, icaD, IS256, aap and bhp virulence genes were found to be positive in strains in the contamination group at 33%, 45%, 43%, 74% and 6% respectively, and 64%, 62%, 64%, 74% and 8% in strains in the infectious agent group, respectively. IcaA, icaD ve IS256 positivity ratios were significantly higher in the infectious agent group than in the contamination group (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    602017

    Kan kültürlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Staphylococcus lugdunensis ve benzeri bakterilerin araştırılması ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının saptanması

    An investigation of staphylococcus lugdunensis and similar bacteria and their antibiotic susceptibility in coagulase negative staphylococci̇ isolated from blood cultures

    AYNUR VELİEV

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YAŞAR NAKİPOĞLU

  2. Tez No

    452817

    Çocuk yoğun bakım ünitesi'nde yatan sepsis tanısı almış hastaların kan kültürlerinde izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları

    Microorganism isolated in blood cultures of patients with sepsis in pediatric intensive care unit and their susceptibility to antibiotics

    MEVLÜDE DERYA BUDAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYFER GÖZÜ PİRİNÇÇİOĞLU

  3. Tez No

    281706

    Kan kültürlerinden izole edilen koagülaz negatif stafilokokların klinik öneminin araştırılması

    Clinical significance of coagulase negative staphylococci isolated from blood cultures

    ASİYE KARAKULLUKÇU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER KÜÇÜKBASMACI

  4. Tez No

    60751

    Kan kültürlerinden izole edilen koagülaz negatif stafilokokların klinik önemi, slime yapımı ve antibiyotik duyarlılıkları

    Clinical importance, slime production and antibiotic sensitivity of coagulase negative staphylococci isolated from blood cultures

    KEZBAN GÜRDOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıGazi Üniversitesi

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FİRDEVS AKTAŞ

  5. Tez No

    394215

    Santral venöz kateterlerden izole edilen koagülaz negatif stafilokokların antimikrobiyal direnç profilleri ve biyofilm oluşturma özelliklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle araştırılması

    Investigation of antimicrobial resistance patterns and biofilm generation properties of coagulase negative staphylococci that were isolated from central venous catheters by conventional and molecular methods

    DUYGU ÖCAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İŞTAR DOLAPÇI

Geri Dön