Yoğun bakım hastalarından izole edilen Pseudomonas aeruginosa izolatlarının virulans faktörlerinin ve quarum sensing genlerinin belirlenmesi ve baicalin maddesinin biyofilm üzerine etkisinin araştırılması
Determination of virulance factors and quorum sensing genes of Pseudomonas aeruginosa isolates from intensive care unit patients and investigation of the effect of baiucalin on biofilm
- Tez No: 820532
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
Amaç: Yoğun bakım hastalarının farklı örneklerinden izole edilen P. aeruginosa (n:136) izolatının biyofilm oluşumunun belirlenip filogenetik yakınlıklarının değerlendirilerek, virülans faktörlerinin üretiminde düzenleyici rolü olan toxA, algD, plcN, plcH, lasB, lasI, lasR, rhII, rhIR varlığının araştırılmasıdır. Ayrıca güçlü biyofilm üreten bakterilerin (3+) seftazidim, kolistin kombinasyonun sinerjik etkinliğinin ve baicalinin biyofilm oluşumunu engelleyici etkisinin belirlenmesidir. Materyal ve Metot: Biyofilm oluşumunun belirlenmesinde fenotipik yöntemlerden olan mikroplakta absorbans ölçümüne dayalı olarak biyofilm derecelendirilmesi yapıldı. Filogenetik ilişkinin ERIC-2 primerleri kullanılarak RAPD-PZR yöntemiyle araştırıldı. Gen bölglerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptandı. Biyofilm testi sonucunda 3 + olan suşlara kolistin ve seftazidim kombinasyonun invitro sinerjik etkinliği checkerboard yöntemi ile değerlendirildi. Ayrıca baicalinin biyofilm önleyici etkisi sub-MİK ile belirlendi. Bulgular: Biyofilm mikroplak yöntemine göre derecelendirme (0,1,2,3) oranları sırası ile %37,5, %44,85, %12,5, %5,15 olduğu belirlenmiştir. Mikroplak yöntemine göre güçlü (3+) biyofilm üretme derecesine sahip olan suşların baicalin sub-MİK değerinin 512 µg/ml olduğu belirlenmiştir. Seftazidim, kolistin kombinasyonunda sinerji oluşumu gözlemlenmemiştir. Gen pozitifliklerinin sırasıyla (toxA, plcH, algD, lasB, plcN; intakt ve internal quarum sensing (lasI, lasR, rhlI ve rhlR)) %87,50, %99,26, %100, %100, %100, %93,38, %83,08, %98,52, %93,38; %95,58, %97,05, %100, %98,52. Filogenetik yakınlıklarının belirlenmesi için RAPD-PZR yapılarak dendograma çizilmiş; 10-113, 109-39, 50-53, 35-78, 40-74, 45-95-97, 103-49, 133-66, 23-34, 14-28, 1-19, 22-6, 83-86, 105-32, 125-30, 108-82, 117-88 suşlarının kökenlerinin aynı olabileceği belirlenmiştir. Sonuç: Yoğun bakımdan izole edilen P. aeruginosa suşlarının biyofilm üretim, belirlenen virülans gen pozitiflik ve çoklu antibiyotik direnç oranının yüksek olduğu, fakat filogenetik yakınlıklarının %80 eşik değerinde benzerliklerin olduğu belirlenmiştir. Yüksek biyofilm üreten suşlarda seftazidim, kolistin antibiyotiklerinin sinerjik etki gözlemlenmemiş olup, biyofilme baicalinin belli konsantrasyonunun etkili olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: To determine the biofilm formation of P. aeruginosa (n:136) isolates isolated from different samples of intensive care patients, to evaluate their phylogenetic affinities and to investigate the presence of toxA, algD, plcN, plcH, lasB, lasI, lasR, rhII, rhIR which have a regulatory role in the production of virulence factors. In addition, to determine the synergistic efficacy of ceftazidime, colistin combination and the inhibitory effect of baicalin on biofilm formation in strong biofilm producing bacteria (3+). Materials and Methods: Biofilm grading was performed based on absorbance measurement in microplate, which is one of the phenotypic methods for determining biofilm formation. Phylogenetic relationship was investigated by RAPD-PZR method using ERIC-2 primers. The presence of gene regions was determined by polymerase chain reaction (PCR). The in vitro synergistic efficacy of colistin and ceftazidime combination on strains with 3+ biofilm test results was evaluated by checkerboard method. In addition, the anti-biofilm effect of baicalin was determined by sub-MIC. Results: According to the biofilm microplate method, the rates of grading (0,1,2,3) were 37.5%, 44.85%, 12.5%, 5.15%, respectively. According to the microplate method, the baicalin sub-MIC value of the strains with strong (3+) biofilm production was determined to be 512 µg/ml. No synergy was observed in the combination of ceftazidime and colistin. Gene positivity rates (toxA, plcH, algD, lasB, plcN; intact and internal quorum sensing (lasI, lasR, rhlI and rhlR)) were 87.50%, 99.26%, 100%, 100%, 100%, 100%, 93.38%, 83.08%, 98.52%, 93.38%; 95.58%, 97.05%, 100%, 98.52%, respectively. RAPD-PZR was performed to determine their phylogenetic affinities and dendograms were drawn; it was determined that the strains 10-113, 109-39, 50-53, 35-78, 40-74, 45-95-97, 103-49, 133-66, 23-34, 14-28, 1-19, 22-6, 83-86, 105-32, 125-30, 108-82, 117-88 may have the same origin. Conclusion: Biofilm production, virulence gene positivity and multiple antibiotic resistance rates of P. aeruginosa strains isolated from intensive care unit were found to be high, but phylogenetic similarities were determined at 80% threshold. No synergistic effect of ceftazidime, colistin antibiotics was observed in high biofilm producing strains, and it was determined that certain concentration of baicalin was effective on biofilm.
Benzer Tezler
- Pseudomonas aeruginosa'nın virülans faktörlerinin ve kolistin direncinin araştırılması
Investigation of virulence factors and colistin resistance of Pseudomonas aeruginosa
BERAT ÖZKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKocaeli ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BUDAK
- Karbapenem dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarının direnç ve virülans genlerinin taranması ve pfge ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi
Determination of the resi̇stance and virulence genes is carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa isolates and investigation of its molecular epi̇demi̇ology by pfge
HAMİYET BÜŞRA GÜNDOĞDU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- 2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi
The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021
DİDEM ÖZKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYFER BAKIR
- Yoğun bakım hastalarından izole edilen çoklu ilaca dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarında amikasin, tigesiklin ve meropenemin seftolozan/tazobaktam ile kombinasyonlarının in vitro etkinliğinin araştırılması
Investigation of in vitro efficacy of combinations of amikacin, tigecycline and meropenem with ceftolozane/tazobactam in multidrug-resistant pseudomonas aeruginosa strains isolated from intensive care patients
ESRA YARTAŞI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA DİNÇ
- Yoğun bakım hastalarından izole edilen pseudomonas aerugınosa suşlarının moleküler epidemiyolojisi ve antibiyotik duyarlılığı
Investigation of antibiotic susceptibility and molecular epidemiology of pseudomonas aeruginosa strains isolated from intensive care unit patients
DEMET TİMUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA KAYA