Development of an advanced LSPR-based biosensor chip for rapid detection of border disease virus
Sınır hastalığı virüsünün hızlı tespiti için gelişmiş LSPR tabanlı biyosensör çipinin geliştirilmesi
- Tez No: 824536
- Danışmanlar: PROF. DR. ESMA VOLGA BULMUŞ ZAREIE, DOÇ. DR. HÜSEYİN CUMHUR TEKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Sınır Hastalığı Virüsü (BDV), ölümcül fetüs enfeksiyonuna neden olan bir hastalıktır. BDV, klasik domuz veba virüsü (CSFV) ve bovine viral ishal virüsü (BVDV) gibi diğer pestivirüslerle birlikte, hayvancılık sektöründe büyük kayıplara yol açmaktadır. Mevcut BDV tespit yöntemleri arasında RT-PCR, ELISA, VNT ve immünofloresan analiz gibi çeşitli teknikler bulunmaktadır. Bu yöntemler güvenilir olmalarına rağmen, özel ekipman gerektirebilir, zaman alıcı prosedürler içerebilir ve laboratuvar olanaklarına ihtiyaç duyabilir, bu da bu yöntemleri hızlı saha tespiti için daha az uygun hale getirebilir. Bu nedenle, BDV tespiti için çeşitli yöntemlerin kullanılması zorunludur. LSPR tabanlı biyosensörler, çeşitli uygulamalar için birçok avantaj sunan plazmonik biyosensörlerin bir alt kümesidir. Bu çalışmanın amacı, potansiyel BDV tespiti için LSPR teknolojisini kullanarak bir biyosensör çipi tasarlamak ve üretmektir. Bu amaçla, cam yüzeyler BDV' e özgül 19 baz uzunluğundaki bir primer dizisi ile modifiye edilmiş altın nanorodlarla fonksiyonelleştirildi. 0.01 pM ile 100 nM arasında değişen farklı konsantrasyonlardaki hedef BDV-DNA dizileri kanallara uygulandı ve LSPR cevabı, bir Vis-NIR spektrometresi kullanılarak ölçüldü. Biyosensör çiplerinin tespit sınırı 10 pM olarak belirlendi, tespit limiti ise 1 pM veya daha düşük olarak bulundu. Biyosensör çiplerinin duyarlılığı 0.0567 nm/RIU olarak hesaplandı. Biyochiplerin dinamik aralığı 10 pM ile 100 pM arasında yer almaktadır. Bu biyosensör çipi, farklı BDV-DNA konsantrasyonlarını hızlı bir şekilde tespit edebilme yeteneğine sahiptir. Sonuçlar, bu biyosensörün BDV tespiti için etkili bir araç olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The Border Disease Virus (BDV) is responsible for causing fetal deathly infection, leading to annual occurrences of affected farms. BDV, along with other pestiviruses such as classical swine fever virus (CSFV) and bovine viral diarrhea virus (BVDV), are known to cause major losses in stock farming. These losses can result in reproductive failure, expensive inspections, and other impacts on livestock health. The current detection methods of BDV include various techniques such as RT-PCR, ELISA, VNT, and immunofluorescence assays. These methods, although reliable, may require specialized equipment, time-consuming procedures, and laboratory facilities, making them less suitable for rapid on-site detection. Hence, it is imperative to employ diverse methodologies for detection of BDV. LSPR-based biosensors are a subset of plasmonic biosensors that exhibit numerous advantages for diverse applications. LSPR-based biosensors are particularly well-suited for the production of compact, practical devices for rapid, on-site detection of analytes. The aim of this study is to design and fabricate a biosensor chip utilizing LSPR technology for potential BDV detection. For this aim, glass surfaces were functionalized with gold nanorods modified with a BDV-specific primer sequence, complementary single-strand DNA sequence of 19 bases, and fabricated with PMMA microchannels. Different concentrations of target BDV-DNA sequence ranging from 0.01 pM to 100 nM were exposed to the channels, and the LSPR response was quantified using a Vis-NIR spectrometer. The limit of quantification of the biosensor chips was determined to be 10 pM, while the limit of detection was found to be less than or equal to 1 pM. The sensitivity of the biosensor chips was calculated to be 0.0567 nm/RIU. The dynamic range of the biochips lies between 10 pM to 100 pM.
Benzer Tezler
- Development of an advanced composite external fuel tank for air platforms
Hava platformları için ileri kompozit harici yakıt tankı geliştirilmesi
UĞURCAN KARAHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL LEVEND PARNAS
- Development of an upwind linearized harmonic flow solver for turbomachinery flows
Turbomakı̇na akışları ı̇çı̇n rüzgar yönlü doğrusal harmonı̇k akış çözücüsü gelı̇ştı̇rı̇lmesı̇
ARAS SAYGIN
Doktora
İngilizce
2022
Havacılık ve Uzay MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR UĞRAŞ BARAN
PROF. DR. MEHMET HALUK AKSEL
- Precise temperature control for refrigerators
Buzdolaplari için hassas sicaklik kontrolü
MEHMET KERİM PEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGalatasaray ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET TEOMAN NASKALİ
- Design and development of an unmanned aerial and ground vehicles for precision pesticide spraying
Hassas tarımsal ilaçlama için insansız hava ve kara araçları tasarlanması ve geliştirilmesi
FATİH AKKOYUN
Doktora
İngilizce
2019
Makine MühendisliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMakine Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL BÖĞREKCİ
- E- demokrasi aracı olarak e-oylamanın gelişimi ve Türkiye'deuygulanabilirliği üzerine bir alan araştırması
E-voting, as a tool for e-democracy, development and applicability inTurkey on a field study
SELÇUK DİNÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Siyasal BilimlerNecmettin Erbakan ÜniversitesiSiyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER KUTLU