Development of an advanced LSPR-based biosensor chip for rapid detection of border disease virus
Sınır hastalığı virüsünün hızlı tespiti için gelişmiş LSPR tabanlı biyosensör çipinin geliştirilmesi
- Tez No: 824536
- Danışmanlar: PROF. DR. ESMA VOLGA BULMUŞ ZAREIE, DOÇ. DR. HÜSEYİN CUMHUR TEKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sınır Hastalığı Virüsü (BDV), ölümcül fetüs enfeksiyonuna neden olan bir hastalıktır. BDV, klasik domuz veba virüsü (CSFV) ve bovine viral ishal virüsü (BVDV) gibi diğer pestivirüslerle birlikte, hayvancılık sektöründe büyük kayıplara yol açmaktadır. Mevcut BDV tespit yöntemleri arasında RT-PCR, ELISA, VNT ve immünofloresan analiz gibi çeşitli teknikler bulunmaktadır. Bu yöntemler güvenilir olmalarına rağmen, özel ekipman gerektirebilir, zaman alıcı prosedürler içerebilir ve laboratuvar olanaklarına ihtiyaç duyabilir, bu da bu yöntemleri hızlı saha tespiti için daha az uygun hale getirebilir. Bu nedenle, BDV tespiti için çeşitli yöntemlerin kullanılması zorunludur. LSPR tabanlı biyosensörler, çeşitli uygulamalar için birçok avantaj sunan plazmonik biyosensörlerin bir alt kümesidir. Bu çalışmanın amacı, potansiyel BDV tespiti için LSPR teknolojisini kullanarak bir biyosensör çipi tasarlamak ve üretmektir. Bu amaçla, cam yüzeyler BDV' e özgül 19 baz uzunluğundaki bir primer dizisi ile modifiye edilmiş altın nanorodlarla fonksiyonelleştirildi. 0.01 pM ile 100 nM arasında değişen farklı konsantrasyonlardaki hedef BDV-DNA dizileri kanallara uygulandı ve LSPR cevabı, bir Vis-NIR spektrometresi kullanılarak ölçüldü. Biyosensör çiplerinin tespit sınırı 10 pM olarak belirlendi, tespit limiti ise 1 pM veya daha düşük olarak bulundu. Biyosensör çiplerinin duyarlılığı 0.0567 nm/RIU olarak hesaplandı. Biyochiplerin dinamik aralığı 10 pM ile 100 pM arasında yer almaktadır. Bu biyosensör çipi, farklı BDV-DNA konsantrasyonlarını hızlı bir şekilde tespit edebilme yeteneğine sahiptir. Sonuçlar, bu biyosensörün BDV tespiti için etkili bir araç olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The Border Disease Virus (BDV) is responsible for causing fetal deathly infection, leading to annual occurrences of affected farms. BDV, along with other pestiviruses such as classical swine fever virus (CSFV) and bovine viral diarrhea virus (BVDV), are known to cause major losses in stock farming. These losses can result in reproductive failure, expensive inspections, and other impacts on livestock health. The current detection methods of BDV include various techniques such as RT-PCR, ELISA, VNT, and immunofluorescence assays. These methods, although reliable, may require specialized equipment, time-consuming procedures, and laboratory facilities, making them less suitable for rapid on-site detection. Hence, it is imperative to employ diverse methodologies for detection of BDV. LSPR-based biosensors are a subset of plasmonic biosensors that exhibit numerous advantages for diverse applications. LSPR-based biosensors are particularly well-suited for the production of compact, practical devices for rapid, on-site detection of analytes. The aim of this study is to design and fabricate a biosensor chip utilizing LSPR technology for potential BDV detection. For this aim, glass surfaces were functionalized with gold nanorods modified with a BDV-specific primer sequence, complementary single-strand DNA sequence of 19 bases, and fabricated with PMMA microchannels. Different concentrations of target BDV-DNA sequence ranging from 0.01 pM to 100 nM were exposed to the channels, and the LSPR response was quantified using a Vis-NIR spectrometer. The limit of quantification of the biosensor chips was determined to be 10 pM, while the limit of detection was found to be less than or equal to 1 pM. The sensitivity of the biosensor chips was calculated to be 0.0567 nm/RIU. The dynamic range of the biochips lies between 10 pM to 100 pM.
Benzer Tezler
- Development of highly efficient platinum nanocatalysts for the dehydrogenation of ammonia borane via rational design of graphitic carbon nitride-based heterojunction photocatalysts
Grafitik karbon nitrür temelli heteroeklem fotokatalizör tasarımları ile amonyak boranın dehidrojenlenmesinde etkinliği yüksek platin nanokatalizörlerinin geliştirilmesi
MERVE AKSOY
Doktora
İngilizce
2021
KimyaKoç ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖNDER METİN
- Development of an advanced composite external fuel tank for air platforms
Hava platformları için ileri kompozit harici yakıt tankı geliştirilmesi
UĞURCAN KARAHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL LEVEND PARNAS
- Development of an advanced bioadhesive hydrogel-based drug delivery system for ocular surface squamous neoplasia
Oküler yüzey skuamöz hücre neoplazisine yönelik ileri biyoadezif hidrojel esaslı ilaç salım sistemi geliştirilmesi
EZGİ ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikDokuz Eylül ÜniversitesiBiyotıp ve Sağlık Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİNAN GÜVEN
- Development of various corner-lit backlighting concepts in an advanced smart led tv
İleri akıllı led televizyonlarında köşeden aydınlatmalı farklı arka-ışıklandırma konseptlerinin geliştirilmesi
KIVANÇ KARSLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiÖzyeğin ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ARIK
- Türkçe`nin yabancı dil olarak öğretiminde ileri düzeydeki öğrencilerin paragraf yazma becerisini geliştirme üzerine bir uygulama
An application on the development of advanced level students'paragraph writing on teaching Turkish as a foreign language
ESRA SELVİKAVAK
