Archaeogenomics of Anatolian wild ass
Anadolu yaban eşeğinin arkeogenomik analizi
- Tez No: 826533
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 129
Özet
Avrupa yaban eşekleri (E. h. hydruntinus ya da hidruntinler) yaklaşık bir yüzyıl önce keşfedilmelerinden bugüne araştırmacıların kafasını karıştırmıştır. Bu türün karışık morfolojik özellikleri ve tür üzerine yapılan antik DNA çalışmalarının yalnızca mitokondrial dizilere dayanması, türün taksonomisi, popülasyon tarihi ve soy tükenme mekaniklerinin anlaşılamamasına sebep olmuştur. Bu tez çalışması kapsamında, Demir Çağ Orta Anadolu'sundan çıkarılmış örneklerden üç tanesinin nükleer genomunu sunuyorum. Bu tezin materyalini tür tayini yapılmamış üç atgil örneği teşkil etmektedir. 6.38x ile 0.57x arasında değişen kapsamda genomlar ürettim. Bu veriyi kullanarak yaban eşekleri olduğunu tespit ettim. Birçok kanıt gösterdi ki bu üç birey hidruntindi. Bu türün tüm genom verisi üretilmemiş olması bu türün filogenetik ve demografik tarihini ilk kez çalışmamı sağladı. Analizler hidruntinler ile Gobi/Tibet hemiyonları ve Orta Doğu hemiplerinin kardeş türler olduğunu doğruladı. Asya ve Orta Doğu eşeklerinin birbirleri ile daha fazla genetik sürüklenme paylaşmasından ötürü bu tez kapsamında üç birey ile temsil edilen hidruntinlerin farklı bir gen havuzunu temsil ettiğini gösterdim. Tüm genom analizleri ayrıca Anadolu hidruntinleri ile Orta Doğu'dan hemiyon alt türleri arasında gen akışı olduğunu gösterdi. Daha sonra, soy tükenme dinamiklerini açıklamak için Anadolu hidruntin genomlarının homozigot bölgeleri ve heterozigotluklarını inceledim. Bu analizler küçülmekte olan bir popülasyon senaryosuna uygun olarak, yaşayan Asya eşeklerine oranla azalan heterozigotluğu ve artan homozigot bölgeleri gösterdi. Bu tezde hidruntinlerin popülasyon genomiğine ışık tuttum. Zooarkeologların tahmin ettiği gibi bu son hidruntinlerin soyları tükenmeden önce popülasyon daralması geçirdiğini gösterdim.
Özet (Çeviri)
European wild ass (E. h. hydruntinus or hydruntines) puzzled scientists since their first discovery nearly a century ago. Taxonomy, population history, and extinction mechanisms of this species are not clear since they show a mixture of characteristics of other asses and ancient DNA research focusing on hydruntines utilized mitochondrial sequences so far. In this thesis, I present three nuclear genomes of hydruntines excavated from Iron Age Central Anatolia. The material of this work involves three equid genomes from Çadır Höyük and Çatalhöyük, of unknown species identity. I generated genomes of coverage 6.38x-0.57x. Using this data I defined their status as wild asses. The collective evidence showed that these three individuals were hydruntines. Because no nuclear genome data has yet been published for this species, this allowed me to study the phylogenetic and demographic history of this species for the first time. These analyses confirmed that hydruntines and hemiones/hemippes from Gobi/Tibet and the Middle East region were sister taxa. I next showed that hydruntines (as represented by the three Anatolian individuals) had a distinct gene pool from hemiones, onagers, and hemippus; with the latter, Asian asses sharing more genetic drift with each other than with hydruntines. Whole genome analyses also suggested that hydruntines from Anatolia and Middle Eastern subspecies of hemiones experienced a gene flow event. Next, I inspected homozygous tracks and heterozygosity levels of the Anatolian hydruntine genome to elucidate extinction dynamics. These analyses showed a decrease in heterozygosity and an increase in homozygous regions relative to extant Asian wild asses, in accordance with a declining population scenario. In this thesis, I thus shed light on the population genomics of hydruntines. I showed that these last known hydruntines experienced a population decline before going extinct, as zooarchaeologists predicted.
Benzer Tezler
- Testing natural selection on polygenic trait-associated alleles in anatolia using neolithic and present-day human genomes
Anadolu'da neolitik ve günümüz insan genomlarının karşılaştırılmasıyla poligenik özelliklerle ilişkili aleller üzerinde doğal seçilim tespiti
EVRİM FER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Anadolu Orta Çağ–Geç Osmanlı dönemine ait cüzzamlı bireylerde Mycobacterium leprae bakterisinin antik DNA yöntemleriyle analizi
Analysis of Mycobacterium leprae bacteria in leprosy-affected individuals from Anatolian Medieval-Late Ottoman period by using ancient DNA methods
ARDA SEVKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
AntropolojiHacettepe ÜniversitesiAntropoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FÜSUN ÖZER
ÖĞR. GÖR. NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK
- Çine-Tepecik insan iskelet kalıntılarının arkeogenomik analizi
Archeogenomic analysis of Çine-Tepecik human skeletal remains
SEVGİ YORULMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
AntropolojiHacettepe ÜniversitesiAntropoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ METİN BÜYÜKKARAKAYA
DR. FÜSUN ÖZER
- Anadolu'da bioarkeolojik örnekler üzerinde yapılan bazı arkeogenetik çalışmaların Anadolu arkeolojisine katkısı
Contribution of some archaeogenetic studies on bioarchaeological samples in Anatolia to Anatolian archeology
MEHIN ZULFIGAROVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ArkeolojiKocaeli ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ÇALIK ROSS
- Bridging the Americas and Eurasia: Population history of American arctic peoples
Başlık çevirisi yok
NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK