MTaxi: A comparative tool for taxon identification of ultra low coverage ancient genomes
MTaxi: Ultra düşük kapsamlı antik genomların takson sınıflandırması için karşılaştırmalı bir araç
- Tez No: 830339
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Morfolojiye dayalı olarak iskelet kalıntıları kullanılarak yakın türlerin taksonomik sınıflandırılması sırasında, özellikle kalıntılar parçalanmış olduğunda çeşitli zorluklarla karşılaşılmaktadır. Eğer tanımlanması gereken tür çiftinin benzer kalitede çekirdek referans genomları bulunuyorsa, kalıntılardan elde edilen antik DNA (aDNA) dizilenerek, her iki referansa karşılaştırmalı hizalama yapılabilir. Ancak, bu yaklaşımın başarısı, örneğin genom kapsamının ne kadar düşük olduğuna bağlı olarak değişebilir. Bu çalışmada, yüksek erişilebilirlikteki mitokondriyal DNA (mtDNA) kullanarak, MTaxi adında yeni bir alternatif yöntem sunulmaktadır. MTaxi, aday tür çiftlerinin dizi okumalarını taksonlardan birine atamak için mitokondriyal transversiyon tipi türler arasında fark gösteren değişimleri kullanır ve okuma oranlarına binom testi yapılarak örnek taksonu belirlenir. MTaxi'yi test etmek için arkeolojik sınıflandırmaları özellikle sorunlu olabilecek koyun/keçi ve at/eşek verileri kullandık. Simüle edilmiş antik mitogenomlar üzerinde yapılan analizler ile, MTaxi'nin her iki tür için de 0.3x mtDNA kapsamında başarılı olduğunu ve yanlış pozitif sonuçlar vermediğini belirledik. Ayrıca, yayınlanmış antik koyun/keçi ve at/eşek örneklerinde de %100 doğruluk elde ettik. MTaxi, antik DNA çalışmalarında ultra düşük kapsamlı verileri kullanarak birbirine yakın tür çiftlerinin sınıflandırılması için etkili bir yaklaşım olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Taxon identification of closely related species based on morphology using skeletal remains is a challenging task, especially when the remains are fragmented. If the species pair to be identified both have similarly good quality nuclear reference genomes, ancient DNA (aDNA) extracted from the remains can be shotgun sequenced, and a comparative alignment to both references can be of use. However, this may also fail with low coverage data. Here, we present a novel, alternative method, MTaxi, which works with highly accessible mitochondrial DNA (mtDNA). MTaxi utilizes mitochondrial transversion type substitutions in order to assign the sequence reads of candidate species pairs to one of the taxa, does a binomial test to the proportion of reads and determines the sample taxon. Sheep/goat and horse/donkey data are suitable to test MTaxi on, as their zooarcheological classification can be problematic in ways that exemplify the case. On simulated ancient genomes, MTaxi was successful with down to 0.3x mtDNA coverage for both species, without any false positives. We also tested our tool on real ancient sheep/goat and horse/donkey samples, which again yielded 100% accuracy. Overall, MTaxi provides a simple but effective approach for the classification of closely related species pairs, using ultra low coverage aDNA data.
Benzer Tezler
- Gemilerin boyuna mukavemetinin Loyd kuralları karşılaştırılarak incelenmesi
Investigation of comparative longitudinal ship strength
HASAN DOĞRU
- Erken Hristiyan ve ilk Bizans resim ve kabartma sanatında kaynak ve okullar (2 cilt)
Sources and school of painting and sculpture during the early Christian and first Byzantine period
AHMET MEHMET KİPMEN
- Verex: yapay zeka yaklaşımına dayalı bir tıbbi teşhis programı
Verex: a medical diagnosis program based on artificial itelligence approach (VERtigo EXpert)
MURAT HANEF
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. MEHMET KORÜREK
- Desipramin hidroklorürün 7, 7, 8, 8-tetrasiyanokinodimetan (TCNQ) ile spektrofotometrik miktar tayini
Başlık çevirisi yok
NİMET DOKUMACI
- Poliakrilamid-bakır-protein üçlü komplekslerinin oluşumu ve fizikokimyasal özellikleri
The Formation of ternary polyacrylamide-copper-protein coplexes and their physicochemical properties
CEMAL ÖZEROĞLU