DNA hidrojel tabanlı aptasensör platformu ile kloramfenikol ve aflatoksin M1 tespiti
DNA hydrogel based aptasensor platform for the detection of chloramphenicol and aflatoxin M1
- Tez No: 830338
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEREN BAYRAÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biology, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Kloramfenikol, aflatoksin M1, dual aptasensör, hidrojel, Chloramphenicol, aflatoxin M1, dual aptasensor, hydrogel
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Hayvansal kaynaklı gıdalardaki antibiyotik kalıntıları ve mikotoksin kontaminasyonları, insan sağlığını tehdit etmektedir. Dolayısıyla, bu istenmeyen maddelerin gıdalarda tespit edilmesi oldukça önemlidir. Yapılan tez çalışmasında, kloramfenikol antibiyotiğini ve aflatoksin M1 metabolitini aynı anda algılayabilen hem de aflatoksin M1 için miktar tayini yapabilen hidrojel tabanlı aptasensör platformu tasarlanmıştır. Geliştirilen hidrojel sistemindeki akridit modifiyeli kloramfenikol aptameri ve ona kısmen eşlenik akridit modifiyeli DNA iplik 1 dizisi hidrojel yapısının iskeletini oluşturmuştur. Her biri %60 DNA içerikli kloramfenikol aptameri ve DNA iplik 1, 1:1 molar oranda karıştırılarak 25°C'de hidrojel sentezi sağlanmıştır. Ortama en düşük konsantrasyon olarak 1 nM kloramfenikol eklendiğinde sistem jel halden sıvı hale geçerek cevap vermiştir. Hidrojel platformunun ikinci basamağı için hidrojel sentezi esnasında ortama 3' ucu BHQ1 molekülü işaretli aflatoksin M1 aptameri ve ona eşlenik 5'ucu FAM etiketli DNA iplik 2 entegre edilmiştir. Ortama eklenen aflatoksin M1 metaboliti ile aflatoksin M1 aptameri kompleks oluşturmuş ve serbest kalan FAM molekülü floresan ışıma vermiştir. Aynı zamanda, floresan miktarının ölçümüyle de aflatoksin M1 için miktar tayini yapılmıştır. Geliştirilen aptasensör sistemiyle çözelti ve süt numunelerinde hem jelden sıvı hale geçişle kloramfenikol tespiti hem de floresan yoğunluğundaki değişim izlenerek 1,68 nM tespit ve 5,16 nM tayin limitiyle aflatoksin M1 belirlenerek hidrojel sistemi başarıyla tamamlanmıştır. Ayrıca sistemin özgüllüğü farklı antibiyotikler (kanamisin, penisilin G) ve farklı mikotoksinler (aflatoksin B1, aflatoksin G1) ile gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Animal-derived food products are often contaminated with antibioti cresidues and mycotoxins, which pose a threat to human health. Therefore, it is crucial to detect these unwanted substances in food. In this thesis, a hydrogel-based aptasensor platform has been designed to simultaneously detect the chloramphenicol and quantify aflatoxin M1. Acridite-modified chloramphenicol aptamer and its partially complementary acridite-modified DNA strand 1, (each with 60% DNA content, at 1:1 molar ratio and at 25°C), have hybridized to form the backbone of hydrogel structure. The platform has given responces as deformation of the structure from a gel to a liquid state upon the application of chloramphenicol at a minimum concentration of 1 nM. For the second part of the hydrogel platform, aflatoxin M1 aptamer labeled with BHQ1 and a complementary DNA strand 2 labeled with FAM have been integrated into the platform. The aflatoxin M1 aptamer has formed a complex with the addition of aflatoxin M1, causing the release of FAM labelled strand and resulting in fluorescent emission. Hereby, the amount of fluorescence has been measured to determine the concentration of aflatoxin M1. The developed aptasensor platform has been successfully detected chloramphenicol in solution and milk samples through the gelto-liquid transition and monitored the change in fluorescence intensity, allowing for the determination of aflatoxin M1 with a detection limit of 1.68 nM and a quantification limit of 5.16 nM. In addition, the specificity of the platform has shown with the use of different antibiotics (kanamycin, penicillin G) and mycotoxins (aflatoxin B1, aflatoxin G1).
Benzer Tezler
- Design of Dna-hydrogel based quartz crystal microbalance
Dna- hidrojel tabanlı kuvars kristal mikroterazi tasarımı
MERİÇ CANSU ÇINAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Mühendislik BilimleriAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYHUN EKREM KIRIMLI
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜL GÖK
- Deselülerize karaciğer dokusu türevli biyomalzeme geliştirilmesi
Development of decellularized liver tissue-derived biomaterial
BENSU YAĞMUR ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ
- Development of Microwave/Droplet-Microfluidics Integrated Heating and Sensing Platforms for Biomedical and Pharmaceutical Lab-on-a-Chip Applications
Development of Microwave/Droplet-Microfluidics Integrated Heating and Sensing Platforms for Biomedical and Pharmaceutical Lab-on-a-Chip Applications
GÜRKAN YEŞİLÖZ
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikUniversity of WaterlooMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CAROLYN L. REN
- Kornea doku mühendisliği için hibrit biyomateryal geliştirilmesi
Development of a hybrid biomateral for corneal tissue engineering
MERVE UYANIKLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL MURAT AYDIN
- DNA:RNA hibrit yapılardaki mutasyonların moleküler yapı ve elektriksel iletkenlik üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of mutation on the molecular structure and conductance of DNA:RNA hybrids
BÜŞRA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN EMRE ÖREN