Inter-tissue convergence of gene expression and loss of identity during ageing
Yaşlanma sırasında gen anlatımlarının dokular arası yakınsaması ve kimlik kaybı
- Tez No: 831279
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoistatistik, Geriatri, Genetics, Biostatistics, Geriatrics
- Anahtar Kelimeler: Gen ifadesi profili, Hücre yaşlanması, Gene expression profiling, Cellular senescence
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gelişim sırasındaki gen ifadelerinin değişim yönünün, yaşlanma sırasında tersine dönmesi primat beyin dokularında önceki çalışmalarda gözlemlenmiştir. Bu tersine dönme örüntüsü, yaşlanma sırasında hücresel kimlik kaybıyla ilişkilendirilmiştir. Bu gözlemden yola çıkarak, tersine dönmenin yaygınlığını farklı fare dokularını kulla- narak inceledik. 16 farenin korteks, akciğer, karaciğer ve kas dokularından, hem ge- lişim hem de yaşlanma dönemlerini kapsayan transkriptom verileri ürettik. Yaygın olarak gözlemlediğimiz tersine dönme örüntüsü dokular arasında ortaklık gösterme- mektedir. Buradan yola çıkarak yaptığımız analizler sonucunda, tersine dönme örün- tüsü yeni bir olguyu ortaya çıkarmaktadır: doğum sonrası gelişim döneminde doku transcriptomları birbirinden uzaklaşırken, yaşlanma sırasında benzer gen ifade sevi- yelerine yakınsamaya başlamaktadır. Ayrışma-Yakınsama olarak adlandırdığımız bu örüntünün dokulara özgü genlerle ilişkili olduğunu ve yaşlanma sırasında doku kim- lik kaybına işaret ettiğini gösterdik. Daha önce yayınlanmış bağımsız fare ve insan verilerini kullanarak bu gözlemimizin yaygın olabileceğini gösterdik. Ayrıca, yine daha önce yayınlanmış bir tekil hücre transcriptome verisini kullanarak, ayrışma-yakınsama örüntüsünün hem dokulardaki hücre tiplerinin oranlarındaki değişimlerden hem de hücrelerin otonom gen ifadesi değişikliklerinden kaynaklanabileceğini gösterdik.
Özet (Çeviri)
Gene expression trajectories during development tend to reverse their direction in ageing, a phenomenon previously reported in primate brain tissues. This reversal phenomenon was linked to cellular identity loss during ageing. Motivated by this observation, we studied the prevalence of reversals in different mouse tissues. Gen- erating transcriptome data from cortex, lung, liver and muscle tissues of 16 mice, covering both development and ageing intervals, we fould widespread but tissue spe- cific ageing-associated expression reversals. Cumulatively, these reversals create a unique phenomenon: mammalian tissue transcriptomes diverge from each other dur- ing postnatal development, but during ageing, they tend to converge towards similar expression levels, a process we term divergence-convergence, or DiCo. We revealed that genes showing DiCo pattern are associated with tissue-specific genes, a possible indication of loss of tissue-specificy during ageing. We found further evidence for the DiCo pattern using data from independent mouse and human datasets. Moreover, using publicly available single-cell transcriptome data, we showed that DiCo could be driven both by alterations in tissue cell-type composition and also by cell-autonomous expression changes within particular cell types.
Benzer Tezler
- Meme kanseri tanısı için gelişmiş yapay zeka tabanlı çok aşamalı tespit sistemi
Advanced artificial intelligence based multi-stage detection system for breast cancer diagnosis
ABDUL SAMAD
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED KÜRŞAD UÇAR
- Avrupa Merkez Bankası'nın oluşumu, para politikası, uygulama sorunları ve Türkiye etkileri
Formation of European Central Bank, its monetary policy, application problems and its effects on Turkey
ALİ POLAT
- Parçacık filtresi ile işbirlikçi arazi tabanlı navigasyon
Cooperative terrain based navigation with particle filter
ZİYA UYGAR YENGİN
Doktora
Türkçe
2026
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE KOYUNCU
- Dört farklı kök kanalı irrigasyon yönteminin Enterococcus faecalis ile enfekte edilen kök kanallarındaki antibakteriyal etkinliklerinin in-vitro olarak karşılaştırılması
An in vitro comparison of antibacterial effects of four different root canal irrigation method in root canals infected with Enterococcus faecalis
TUBA AYHAN
- Rekürsif en küçük kare kafes filtreleri
Recursive least squares lattice filters
SADIK ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ. DR. AHMET H. KAYRAN