P. vulgaris'te abiyotik stres toleransı için genom çapında yaklaşımlar: Gata genine özgü biyoinformatik analizler ve evrimsel süreçler
Genome-wide approaches for abiotic stress tolerance in P. vulgaris: Gata gene-specific bioinformatic analyzes and evolutionary processes
- Tez No: 832922
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Transkripsiyon faktörleri (TF), hedef gen üzerindeki promotör bölgeler içerisinde yer alan spesifik dizileri tanıyarak DNA'ya bağlanabilen proteinlerdir. TF'ler, bitki gelişiminde, sirkadiyen ritimde, protein etkileşimlerinde ve farklı bitki türlerinin çeşitli hastalıklara karşı direnç kazanmasında etkin bir role sahiptir. GATA transkripsiyon faktörü, bitkide hemen hemen bütün dokularda bulunan, organ oluşumu ve morfogenezi, çimlenme, klorofil pigmentinin sentezi ve çevresel stres faktörlerine karşı tepkileri düzenleyen bir protein grubudur. GATA transkripsiyon faktörü, yüksek oranda korunmuş tip IV çinko parmak yapısına sahiptir. Bu tez çalışmasında, fasulye bitkisinde bulunan 32 adet GATA gen ailesi üyesi tespit edilmiştir. Belirlenen PvGATA genlerinin ekzon-intron yapısı, kromozomlar üzerindeki dağılımı, korunmuş motif yapısı, filogenetik ilişkisi, tandem ve segmental gen duplikasyonları, seçilen 2 farklı tür ile fasulye bitkisi arasındaki sintenik ilişki, cis-element analizi, üç boyutlu protein homoloji analizi ve miRNA analizleri gerçekleştirilmiştir. Stresle ilgili cis-elementleri barındıran ve RNA-seq verileri analizlerine göre seçilen genlerin qPCR analizi ile ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Tüm analizler sonucu elde edilen verilere göre PvGATA genlerinin yapısı, görevi, korunmuş bölgeleri, abiyotik stres altında geliştirdiği yanıtlar açıklanmaya çalışılmış olup gen duplikasyonları ve filogenetik analiz sonuçlarıyla birlikte fasulyede bulunan GATA genlerinin evrimsel süreci hakkında bilgi edinilmiştir. Tez çalışmasında elde edilen verilerin ileride gerçekleştirilecek çalışmalara yardımcı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Transcription factors (TF) are proteins that can bind to DNA by recognizing specific sequences within the promoter regions on the target gene. TF's have an active role in plant development, circadian rhythm, protein interactions and resistance of different plant species against various diseases. The GATA transcription factor is a group of proteins found in almost all tissues of the plant, regulating organ formation and morphogenesis, germination, synthesis of chlorophyll pigment, and responses to environmental stress factors. The GATA transcription factor has a highly conserved type IV zinc finger structure. In this thesis study, 32 GATA gene family members were identified in the bean plant. Exon-intron structure of determined PvGATA genes, distribution on chromosomes, conserved motif structure, phylogenetic relationship, tandem and segmental gene duplications, syntenic relationship between 2 selected different species and bean plant, cis-element analysis, three-dimensional protein homology analysis and miRNA analyzes were performed. Expression levels of genes containing stress-related cis-elements and selected according to RNA-seq data analysis were examined by qPCR analysis. According to the data obtained as a result of all analyzes, the structure, function, conserved regions of PvGATA genes, the responses developed under abiotic stress were tried to be explained, and information was obtained about the evolutionary process of GATA genes in bean with the results of gene duplications and phylogenetic analysis. It is thought that the data obtained in the thesis study can help future studies.
Benzer Tezler
- Acne Vulgaris'te Propionibacterium Acnes'in önemi
The Importance of P.acnes in Acne vulgaris
TUĞBA B. ARSEZEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SAİT YİĞİT
- Klinik proteus izolatlarında kümelenmiş kodlanan gen ifadeleri üzerine nanopartiküllerin etkileri çalışması
Study of nanoparticles effect on the swarming coding gene expression in the clinical proteus isolates
HUSAIN AWAD BNEED BNEED
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ MARWA HAMEED ALKHAFAJI
- Fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) malat dehidrogenaz (MDH) gen ailesinin biyoinformatik karakterizasyonu ve tuz stresi ile olan ilişkisinin araşırılması
Bioinformatic characterization of malate dehydrogenase (MDH) gene family in common bean plant (Phaseolus vulgaris L.) and investigation of its relationship with salt stress
SERENAY YILDIZ
- Karaboğaz Gölünün (Samsun) besin zincirinde pestisit birikiminin tespiti
Determination of pesticide bioaccumulation in food chain in the Karabogaz Lake (Samsun)
ZEYNEP YURTKURAN
- Bitki büyüme düzenleyicisi bakterilerin kekik'te (Thymus vulgaris L.) sekonder metabolitler ve antioksidan mekanizma üzerindeki etkileri
Effects of plant growth regulatory bacteria on secondary metabolites and antioxidant mechanism in thyme (Thymus vulgaris L.)
SEDRİYE ÇATKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiBingöl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVZAT ESİM