Analysis of the function of the nuclear matrix-associated protein C1D
Nükleer matriks proteini C1D'nin fonksiyonunun incelenmesi
- Tez No: 83710
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. UĞUR YAVUZER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
ÖZET NÜKLEER MATRİKS PROTEİNİ CID'NİN FONKSİYONUNUN İNCELENMESİ BİLADA BİLİCAN Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Yöneticisi: Dr. Uğur Yavuzer Temmuz 1999, 86 sayfa DNA çift sarmal kırıkları V(D)J rekombinasyonu sırasında ve oksidatif metabolizma nedeniyle oluşabildiği gibi, gama radyasyonu ve kanser terapisinde kullanılan ilaçlar sonucunda da ortaya çıkmaktadır. Mutasyon çalışmaları, bir serine/threonine kinaz olan DNA-PK'nın DNA çift sarmal kırıklarının onarımında önemli bir rol oynadığını göstermiştir. DNA-PK enzim kompleksinin aktivasyonu, serbest DNA ucu veya bir nükleer matriks proteini olan C1D ile etkileşimi gerektirmektedir. DNA-PK'nın C İD ile aktivasyonu, serbest DNA ucuna gereksinim duymaması yönünden diğer aktivasyon mekanizmalarından ayrılmaktadır. DNA-PK'nın C1D ile olan etkileşimi nükleer matriks yapılanmasının transkripsiyon, replikasyon, DNA onarımı ve RNA işlenmesi gibi kompleks hücresel işlevlerin eş güdümü ve organisazyonunda önemli rol alabileceğini göstermektedir. Bu çalışmada maya ikili hibrid sistemi kullanılarak bir B-hücresi kütüphanesi taranmış, C1D proteini ile etkileşime giren proteinler belirlenmiş, ve bu etkileşimler karakterize edilmiştir. CID'nin in vitro ve in vivo koşullarda rekombinasyon noktalarına bağlanan Translin ve Translin Associated Factor X, TRAX, proteinlerine spesifik olarak bağlandığı gösterilmiştir. Ayrıca, TRAX'in in vivo şartlarda DNA-PKcs ile de etkileşime girdiği belirlenmiştir. TRAX proteininin DNA-PKcs ve C1D ile olan bu etkileşimi DNA çift sarmal kırık onarımı, rekombinasyon, ve dinamik nükleer matriks yapısı arasında bir bağlantı olduğunu göstermektedir. iv
Özet (Çeviri)
ABSTRACT ANALYSIS OF THE FUNCTION OF THE NUCLEAR MATRIX- ASSOCIATED PROTEIN C1D BİLADA BİLİCAN M.Sc. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Dr. Uğur Yavuzer July 1999, 86 pages DNA Double-strand breaks (DSBs) are generated as intermediate structures during V(D)J recombination, as a consequence of oxidative metabolism, or can be induced by exogenous factors such as gamma irradiation and radiomimetic drugs. Mutational studies identified the serine/threonine kinase, DNA-PK, as an essential component of DNA DSB repair machinery. The activation of the multi-component DNA-PK complex requires either free DNA ends or an association with the nuclear-matrix associated protein C1D, which facilitates the activation of DNA-PK in a DNA end-independent fashion. The activation of DNA-PK through its interaction with C1D, joins an increasing body of evidence which suggests a role for higher order nuclear organisation in the orchestration of complex cellular processes such as transcription, RNA splicing, nucleotide excision repair, replication and double-strand DNA break repair. In this study, the yeast two hybrid system was employed to screen a B-cell cDNA library to identify the interacting proteins with C1D, and the interactions determined were further characterised. It was found that, C1D interacts specifically with the recombinational hotspot binding protein Translin and Translin associated factor X, TRAX, both in vitro and in vivo, providing evidence that C1D may play a critical role in DNA repair and recombination. Interestingly, an interaction between TRAX and DNA- PKcs has also been identified under in vivo conditions. The interaction of TRAX with DNA-PKcs and C1D indicates a connection between DNA double-strand break repair, recombination, and dynamic nuclear architecture. m
Benzer Tezler
- Identification of the role of the nuclear matrix protein C1D in DNA repair and recombination
Nükleer matriks proteini C1D'nin tamir ve rekombinasyondaki rolünün belirlenmesi
TUBA ERDEMİR
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR YAVUZER
- The relationship between urinary exosomal miRNA levels and renal outcome in type 2 diabetic nephropathy patients
Tip 2 diyabetik nefropati hastalarında üriner eksozomal miRNA düzeylerinin renal outcome ile ilişkisi
MEHMET SEYİT ZOR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- İnsan endometriozis dokusunda nükleer faktör kappa B yolağı ve bcl-2 etkileşiminin olası rolü: Morfometrik ve histolojik bir çalışma
Possible role of nuclear factor kappa b pathway and bcl-2 interaction in human endometriosis tissue: a morphometric and histological study
TUĞBA DAĞDEVİREN
Doktora
Türkçe
2024
Histoloji ve EmbriyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CELAL KALOĞLU
- Üstyapı zemin ortak sisteminin dinamik etkileşim problemi
Başlık çevirisi yok
ONUR GENCER
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiYapı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NECMETTİN GÜNDÜZ
- İki boyutlu iki gruplu nötron difüzyon denkleminin lineer sınır elemanları ile çözümü
The application of linear boundary elements method two dimensional and two group neutron diffusion equation
SIRMA USTAARAMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Nükleer Mühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE ÖZGENER