Enhancing the G4-catchall algorithm through detection of secondary structures within extreme loops
Aşırı döngüler içindeki ikincil yapıların tespit edilmesiyle G4-catchall algoritmasının geliştirilmesi
- Tez No: 837187
- Danışmanlar: DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
G-dörtlü yapılar, tek sarmallı guanin (G) açısından zengin DNA ve RNA dizileri gibi kanonik olmayan, telomerik nükleik asitler tarafından oluşturulan yüksek dereceli yapılardır. G-dörtlü gruplar, guanin bakımından zengin dizilerden ortaya çıkan bir kanonik olmayan nükleik asit yapıları sınıfını temsil eder. DNA ve RNA'da G-dörtlü oluşturan dizileri tahmin etmek için birçok algoritma geliştirilmiştir. Beklenti, DNA ve RNA'daki G-dörtlü dizilerini tahmin etmek için G4-CATCHALL algoritmasının geliştirilmiş bir sürümünün oluşturulabilmesidir. Potansiyel G-dörtlüleri içerdiği bilinen aşırı döngülerdeki ikincil yapıların tespitini entegre etmek ve tahminin doğruluğunu artırmak için genişletilmiş bir parametre seti kullanmak amaçlanmaktadır. Geliştirilen algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri setlerinde değerlendirilmesi ve orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkı sağlaması beklenmektedir. İyileştirilmiş algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri kümeleri üzerinde değerlendirilmesi, orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkıda bulunmak ve potansiyel terapötik uygulamaları daha anlaşılır kılmak için önemli olan potansiyel G-dörtlü oluşturma dizilerini belirlemede değerli bir araç olması bekleniyor.
Özet (Çeviri)
G-quadruplexes are high-order structures formed by non-canonical, telomeric nucleic acids, such as single-stranded guanine (G)-rich DNA and RNA sequences. G-quadruplexes represent a class of non-canonical nucleic acid structures that arise from guanine-rich sequences. Many algorithms have been developed to predict G-quadruplex-forming sequences in DNA and RNA. The expectation is that an improved version of the G4-CATCHALL algorithm can be created to predict G-quadruplex sequences in DNA and RNA. It is aimed to integrate the detection of secondary structures in extreme cycles known to contain potential G-quads, and to use an expanded parameter set to increase the accuracy of the prediction. It is expected that the performance of the improved algorithm will be evaluated in both synthetic and experimental datasets and will contribute to the original G4-CATCHALL algorithm. Evaluating the performance of the improved algorithm on both synthetic and experimental datasets, it is expected to be a valuable tool in identifying potential G-quadruple forming sequences, which is important for contributing to the original G4-CATCHALL algorithm and making potential therapeutic applications more understandable.
Benzer Tezler
- Broadband metamaterial solar cell design
Geniş bantlı metamalzeme güneş hücresi tasarımı
YAREN YÜCEL YAMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUNDA AKLEMAN YAPAR
- N,n'-(((4-metil-(1,2 veya 1,3)-fenilen)bis(azanediil)) bis(karbonotiyoil))disiklo-alkan-karboksamit türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of n,n'-(((4-methyl-(1,2 or 1.3)-phenylene)bis(azanediyl)) bis(carbonothioyl))-dicyclo-alkane-carboxamide derivatives
GİZEM KOÇ
- İmmünobiyosensörlerde biyomoleküllerin dedeksiyonu için immobilizasyon yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of immobilization methods for detection of biomolecules in immunobiosensors
SEVECEN TUĞLU GÜRPINAR
Doktora
Türkçe
2018
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AKDESTE
DOÇ. DR. SELMA ÖZTÜRK
- Enhancing biobutanol production from organic wastes by manupulating the biochemical reactions in the biobutanol pathway
Organik atıklardan biyobütanol üretiminde biyokimyasal reaksiyonların manipulasyonları ile üretimin iyileştirilmesi
WASIU AYODELE ABIBU
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiDokuz Eylül ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLGİ KARAPINAR
- Triploid karpuz tohumlarının çimlenme kapasitesinin tohum uygulamaları ile teşvik edilmesi
Enhancing the triploid watermelon seed germination with seed treatments
MERVE KİREMİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM DEMİR