Investigation of the antivirulence agents targeting the type IV pili
Tip 4 piliyi hedefleyen antivirülens ajanların araştırılması
- Tez No: 840485
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA GİZEM AVCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Pek çok patojenik bakteri, özellikle yeni antimikrobiyal ilaçların keşfindeki yavaşlık göz önüne alındığında, mevcut antibiyotiklere karşı acil bir sağlık sorunu teşkil eden çeşitli direnç mekanizmaları geliştirmektedir. Bu nedenle, antivirulans ilaçlar gibi mevcut antibiyotiklere alternatiflere olan ilgi gün geçtikçe artmaktadır. Pseudomonas aeruginosa, tip IVa pilus gibi çok sayıda virülans faktörüne sahip, çoklu ilaca dirençli fırsatçı bir patojendir. Bu tezde çalışmasında amaç, bu patojenik bakteriye karşı bir antivirülans ajan bulmaktır. Tip IVa pilus mekanizmasının önemli bir unsuru, prepilinin sinyal peptidini uzaklaştıran prepilin peptidaz PilD'dir. Bu nedenle, virülans faktörleri için potansiyel bir hedef olarak seçilmiştir. Potansiyel inhibitörlerden oluşan bir kütüphane, moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları yoluyla PilD'ye karşı taranmıştır ve bağlanma enerjisi en düşük 10 doğal ürün arasında bulunan dihidroergokristin ve irinotekan, minimum inhibitör konsantrasyon testi ve twitching motilite testi ile deneysel olarak test edilmiştir. Dihidroergokristin'in P. aeruginosa'nın twitching motilitesini önemli ölçüde azalttığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
A lot of pathogenic bacteria are developing resistance to several available antibiotics which presents an urgent health issue, especially considering the slow rate of new antimicrobial drugs discovery. Therefore, there has been a rising interest in finding alternatives to antibiotics such as antivirulence drugs. Pseudomonas aeruginosa is a multi-drug resistant opportunistic pathogen with a multitude of virulence factors like type IVa pilus. In this thesis, the aim was to find an antivirulence agent against this pathogenic bacteria. An essential element of the type IVa machinery is the prepilin peptidase PilD considering that it cleaves the signal peptide of the prepilin. It was, therefore, chosen as a potential target for virulence factors. A library of potential inhibitors was screened against PilD via molecular docking and molecular dynamics simulations and among natural products of the top 10 best fits, dihydroergocristine and irinotecan were tested experimentally with the minimum inhibitory concentration assay and the twitching motility assay. It was shown that dihydroergocristine significantly reduced the twitching motility in P. aeruginosa.
Benzer Tezler
- Viburnum opulus L. ekstrelerinin üropatojenik proteus mirabilis izolatları üzerine antibakteriyel etkilerinin araştırılması
Investigation of the antibacterial effects of viburnum opulus L. extracts on uropatogenic proteus mirabilis isolates
BETÜL BOZLAR PINAROĞLU
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAFAK ERMERTCAN
- Bazı achillea türlerinden elde edilen bitki ekstraktlarının salt çoğunluğu algılama sistemini inhibe edici özelliklerinin, antimikrobiyal, antibiyofilm ve antioksidan aktivitelerinin araştırılması
Investigation of quorum sensing inhibiting properties, antimicrobial, antibiofilm and antioxidant activities of plant extracts obtained from some achillea species
ELİF YEDİKARDEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK GÜRBÜZ
DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL
- Laktobiyonik asit ve Karvakrol'ün Escherichia coli izolatları üzerinde antimikrobiyal ve antivirülans etkilerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial and antivirulence effects of lactobionic acid and Carvacrol on Escherichia coli isolates
FATEMEH MOTTAGHIZADEH
Doktora
Türkçe
2025
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEFİSE AKÇELİK
- Çevresel örneklerden izole edilen antibiyotik dirençli escherichia coli'ye özgü litik bakteriyofajların E. coli biyofilmlerinin eradikasyonunda etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficiency of antibiotic-resistant E coli-specific lytic bacteriophages isolated from environmental samples in eradication of biofilm of E. coli
DURSUN ALP GÜNDOĞ
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAFER GÖNÜLALAN
- Bazı sentetik kimyasal maddelerin ve doğal ekstraktların antimikrobiyal ve anti-quorum sensing aktivitelerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial and anti-quorum sensing activities of some synthetic chemicals and natural extracts
SANAZ HAMİDİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN KILIÇ