Investigation of the antivirulence agents targeting the type IV pili
Tip 4 piliyi hedefleyen antivirülens ajanların araştırılması
- Tez No: 840485
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA GİZEM AVCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 49
Özet
Pek çok patojenik bakteri, özellikle yeni antimikrobiyal ilaçların keşfindeki yavaşlık göz önüne alındığında, mevcut antibiyotiklere karşı acil bir sağlık sorunu teşkil eden çeşitli direnç mekanizmaları geliştirmektedir. Bu nedenle, antivirulans ilaçlar gibi mevcut antibiyotiklere alternatiflere olan ilgi gün geçtikçe artmaktadır. Pseudomonas aeruginosa, tip IVa pilus gibi çok sayıda virülans faktörüne sahip, çoklu ilaca dirençli fırsatçı bir patojendir. Bu tezde çalışmasında amaç, bu patojenik bakteriye karşı bir antivirülans ajan bulmaktır. Tip IVa pilus mekanizmasının önemli bir unsuru, prepilinin sinyal peptidini uzaklaştıran prepilin peptidaz PilD'dir. Bu nedenle, virülans faktörleri için potansiyel bir hedef olarak seçilmiştir. Potansiyel inhibitörlerden oluşan bir kütüphane, moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları yoluyla PilD'ye karşı taranmıştır ve bağlanma enerjisi en düşük 10 doğal ürün arasında bulunan dihidroergokristin ve irinotekan, minimum inhibitör konsantrasyon testi ve twitching motilite testi ile deneysel olarak test edilmiştir. Dihidroergokristin'in P. aeruginosa'nın twitching motilitesini önemli ölçüde azalttığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
A lot of pathogenic bacteria are developing resistance to several available antibiotics which presents an urgent health issue, especially considering the slow rate of new antimicrobial drugs discovery. Therefore, there has been a rising interest in finding alternatives to antibiotics such as antivirulence drugs. Pseudomonas aeruginosa is a multi-drug resistant opportunistic pathogen with a multitude of virulence factors like type IVa pilus. In this thesis, the aim was to find an antivirulence agent against this pathogenic bacteria. An essential element of the type IVa machinery is the prepilin peptidase PilD considering that it cleaves the signal peptide of the prepilin. It was, therefore, chosen as a potential target for virulence factors. A library of potential inhibitors was screened against PilD via molecular docking and molecular dynamics simulations and among natural products of the top 10 best fits, dihydroergocristine and irinotecan were tested experimentally with the minimum inhibitory concentration assay and the twitching motility assay. It was shown that dihydroergocristine significantly reduced the twitching motility in P. aeruginosa.
Benzer Tezler
- Viburnum opulus L. ekstrelerinin üropatojenik proteus mirabilis izolatları üzerine antibakteriyel etkilerinin araştırılması
Investigation of the antibacterial effects of viburnum opulus L. extracts on uropatogenic proteus mirabilis isolates
BETÜL BOZLAR PINAROĞLU
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAFAK ERMERTCAN
- Investigation of type 4 pili atpase inhibitor using computational tools
Hesapsal yöntemler ile tip 4 pili uzama atpazını inhibe edecek moleküllerin keşfi
ASLIHAN ÖZCAN YÖNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA
PROF. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT
- Rosmarinus officinalis, Mentha piperita, Syzgium aromaticum bitki ekstraktları aracılığı ile gümüş nanopartiküllerinin yeşil sentezi ve Streptococcus sanguinis'e karşı antimikrobiyal antibiyofilm ve antivirülans aktivitelerinin araştırılması
Rosmarinus officinalis, Mentha piperita, Syzgium aromaticum plant extracts mediated green synthesis of silver nanoparticles and investigation of their antimicrobial, antibiofilm and antivirulence activity against Streptococcus sanguinis
BÜŞRA MERVE SARITAŞ
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FETİYE KOLAYLI
- Bazı achillea türlerinden elde edilen bitki ekstraktlarının salt çoğunluğu algılama sistemini inhibe edici özelliklerinin, antimikrobiyal, antibiyofilm ve antioksidan aktivitelerinin araştırılması
Investigation of quorum sensing inhibiting properties, antimicrobial, antibiofilm and antioxidant activities of plant extracts obtained from some achillea species
ELİF YEDİKARDEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK GÜRBÜZ
DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL
- Tip I diabet hastalarının öz bakım gücünün incelenmesi
Investigation of the self-care capacity among patients with type I diabetes
S. BELGÜZAR KARA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
HemşirelikHacettepe ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HATİCE FESÇİ