Sinir ajanı tarafından inhibe edilmiş kolinesterazın reaktivasyonunda kullanılabilecek doğal ürün tabanlı bazı yeni oksim türevlerinin sentezi ve biyolojik etkinliklerininaraştırılması
Synthesis of some new oxime derivatives based on natural products that can be used in the reactivation of inhibited cholinesterase and investigation of their biological activities
- Tez No: 840804
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SERMET SEZİGEN, DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİL ŞENOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Savunma ve Savunma Teknolojileri, Pharmacy and Pharmacology, Defense and Defense Technologies
- Anahtar Kelimeler: KBRN, sinir ajanı, doğal ürünler, oksim, moleküler doking, moleküler dinamik
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Milli Savunma Üniversitesi
- Enstitü: Alparslan Savunma Bilimleri ve Milli Güvenlik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: KBRN-P Savunma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: KBRN Savunma Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Bu tez kapsamında sinir ajanları tarafından inhibe edilmiş asetilkolinesteraz enziminin reaktivasyonunda kullanılması amacıyla doğal ürünler oleanolik asit ve ursolik asitten hareketle dört basamakta yarı sentez yoluyla iki adet yeni oksim türevi (5 ve 10) sentezlendi. Sentezlenen bileşiklerin biyolojik aktivite profilleri bilgisayarlı moleküler doking ve moleküler dinamik (MD) simülasyonu çalışmalarıyla belirlendi. Ayrıca bileşiklerin ilaç benzerlikleri ve tahmini ADME parametreleri in siliko yöntemlerle belirlenerek sonuçlar referans molekül obidoksim ile karşılaştırıldı. Moleküler docking çalışmalarının sonuçlarına göre referans molekül obidoksimin doking skoru -12.478 kcal/mol iken bileşik 10'un doking skoru -16.291 kcal/mol olarak hesaplandı. Bu sonuç bileşik 10'un referans obidoksime göre potansiyelinin daha yüksek olduğunu göstermektedir. MD simülasyonlarının analizlerine göre hedef bileşiklerin enzim ile oluşturduğu komplekslerin kararlılığı simülasyon sürelerindeki etkileşimlerin devamlılığına bağlı olarak hesaplandı ve bileşik 10'un simülasyon zamanın en az %60'ı boyunca etkileşimlerin devam ettiği ve ligand-protein komplekslerinin kararlı olduğu gözlendi. Hedef bileşiklerin, ağızdan emilim yüzdesi, merkezi sinir sistemine geçişi ve dağılım kat sayıları açısından tahmini ADME değerleri referans ilaçların değerleri ile uyumlu bulundu. Sonuç olarak bu tez çalışmasında sentezlenen iki adet yeni doğal ürün tabanlı oksim bileşiği yapılan detaylı in siliko biyolojik aktivite çalışmalarına göre sinir ajanları tarafından inhibe edilmiş AChE'nin reaktivasyonu için yüksek potansiyele sahip birer reaktivatör olabileceği sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
In this thesis, two new oxime derivatives (5 and 10) were synthesized by semisynthetically in four steps, starting from natural products oleanolic acid and ursolic acid, in order to be used in the reactivation of acetylcholinesterase enzyme inhibited by nerve agents. The biological activity profiles of the synthesized compounds were determined by computer aided molecular docking and molecular dynamics (MD) simulation studies. In addition, the drug similarities and predicted ADME parameters of the compounds were determined by in silico methods, and the results were compared with the reference molecule obidoxime. According to the results of molecular docking studies, the docking score of the reference molecule obidoxime was -12.478 while the docking score of compound 10 was calculated as -16.291 kcal/mol. This result indicates that compound 10 has higher potency than reference obidoxime. According to the analyzes of the MD simulations, the stabilities of the ligand-protein complexes were calculated depending on the continuity of the interactions during the simulation times, and it was observed that the interactions of compound 10 continued for at least 60% of the simulation time and the ligand-protein complexes were stable. Predicted ADME parameters of target compounds in terms of percent of human oral absorption, transmission to the central nervous system and distribution coefficients were found to be compatible with the values of reference drugs. As a result, it was concluded that two new natural product-based oxime compounds synthesized in this thesis study may be reactivators with high potential for the reactivation of AChE inhibited by nerve agents, according to detailed in silico biological activity studies. Keywords : CBRN, nerve agent, natural products, oxime, molecular docking, molecular dynamic
Benzer Tezler
- Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells
Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi
ECE GİZEM POLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA
- Mobil telefon kullanımına bağlı oluşan 900-1800 mhz radyo frekans dalgalarının meydana getirdiği elektromanyetik alanın iliak kanat kemik mineral yoğunluğuna etkisi
The effect of electromagnetic fields on bone mineral density of iliac bone produced by 900-1800 mhz radio frequency waves dependent on cellular phone usage
BEŞİR ANDAÇ AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Ortopedi ve TravmatolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEVRES HÜRRİYET AYDOĞAN
- P35S, TNOS and PFMV targeted multiplex PCR using a single dye
Tek boya kullanarak P35S, TNOS ve PFMV hedefli çoklu PZR
DENİZ GÜLBİN TAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- Investigation of helicobacter pylori virulence genes and t-cell responses in pediatric gastritis patients
Pediatrik gastrit hastalarında helikobakter pylori virülans genleri ve t-hücre cevaplarının araştırılması
NİRAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM ÖKTEM OKULLU
- Effects of nerve agents on conformational dynamics of acetylcholinesterase
Sı̇nı̇r gazlarının asetı̇lkolı̇nesteraz'ın konformasyonel dı̇namı̇ğı̇ne etkı̇lerı̇
SEVİLAY GÜLEŞEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKadir Has ÜniversitesiMühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN