Geri Dön

Sinir ajanı tarafından inhibe edilmiş kolinesterazın reaktivasyonunda kullanılabilecek doğal ürün tabanlı bazı yeni oksim türevlerinin sentezi ve biyolojik etkinliklerininaraştırılması

Synthesis of some new oxime derivatives based on natural products that can be used in the reactivation of inhibited cholinesterase and investigation of their biological activities

  1. Tez No: 840804
  2. Yazar: ASUDE SENA AKTAŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SERMET SEZİGEN, DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİL ŞENOL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Savunma ve Savunma Teknolojileri, Pharmacy and Pharmacology, Defense and Defense Technologies
  6. Anahtar Kelimeler: KBRN, sinir ajanı, doğal ürünler, oksim, moleküler doking, moleküler dinamik
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Milli Savunma Üniversitesi
  10. Enstitü: Alparslan Savunma Bilimleri ve Milli Güvenlik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: KBRN-P Savunma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: KBRN Savunma Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 81

Özet

Bu tez kapsamında sinir ajanları tarafından inhibe edilmiş asetilkolinesteraz enziminin reaktivasyonunda kullanılması amacıyla doğal ürünler oleanolik asit ve ursolik asitten hareketle dört basamakta yarı sentez yoluyla iki adet yeni oksim türevi (5 ve 10) sentezlendi. Sentezlenen bileşiklerin biyolojik aktivite profilleri bilgisayarlı moleküler doking ve moleküler dinamik (MD) simülasyonu çalışmalarıyla belirlendi. Ayrıca bileşiklerin ilaç benzerlikleri ve tahmini ADME parametreleri in siliko yöntemlerle belirlenerek sonuçlar referans molekül obidoksim ile karşılaştırıldı. Moleküler docking çalışmalarının sonuçlarına göre referans molekül obidoksimin doking skoru -12.478 kcal/mol iken bileşik 10'un doking skoru -16.291 kcal/mol olarak hesaplandı. Bu sonuç bileşik 10'un referans obidoksime göre potansiyelinin daha yüksek olduğunu göstermektedir. MD simülasyonlarının analizlerine göre hedef bileşiklerin enzim ile oluşturduğu komplekslerin kararlılığı simülasyon sürelerindeki etkileşimlerin devamlılığına bağlı olarak hesaplandı ve bileşik 10'un simülasyon zamanın en az %60'ı boyunca etkileşimlerin devam ettiği ve ligand-protein komplekslerinin kararlı olduğu gözlendi. Hedef bileşiklerin, ağızdan emilim yüzdesi, merkezi sinir sistemine geçişi ve dağılım kat sayıları açısından tahmini ADME değerleri referans ilaçların değerleri ile uyumlu bulundu. Sonuç olarak bu tez çalışmasında sentezlenen iki adet yeni doğal ürün tabanlı oksim bileşiği yapılan detaylı in siliko biyolojik aktivite çalışmalarına göre sinir ajanları tarafından inhibe edilmiş AChE'nin reaktivasyonu için yüksek potansiyele sahip birer reaktivatör olabileceği sonucuna varıldı.

Özet (Çeviri)

In this thesis, two new oxime derivatives (5 and 10) were synthesized by semisynthetically in four steps, starting from natural products oleanolic acid and ursolic acid, in order to be used in the reactivation of acetylcholinesterase enzyme inhibited by nerve agents. The biological activity profiles of the synthesized compounds were determined by computer aided molecular docking and molecular dynamics (MD) simulation studies. In addition, the drug similarities and predicted ADME parameters of the compounds were determined by in silico methods, and the results were compared with the reference molecule obidoxime. According to the results of molecular docking studies, the docking score of the reference molecule obidoxime was -12.478 while the docking score of compound 10 was calculated as -16.291 kcal/mol. This result indicates that compound 10 has higher potency than reference obidoxime. According to the analyzes of the MD simulations, the stabilities of the ligand-protein complexes were calculated depending on the continuity of the interactions during the simulation times, and it was observed that the interactions of compound 10 continued for at least 60% of the simulation time and the ligand-protein complexes were stable. Predicted ADME parameters of target compounds in terms of percent of human oral absorption, transmission to the central nervous system and distribution coefficients were found to be compatible with the values of reference drugs. As a result, it was concluded that two new natural product-based oxime compounds synthesized in this thesis study may be reactivators with high potential for the reactivation of AChE inhibited by nerve agents, according to detailed in silico biological activity studies. Keywords : CBRN, nerve agent, natural products, oxime, molecular docking, molecular dynamic

Benzer Tezler

  1. Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells

    Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi

    ECE GİZEM POLAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA

  2. Mobil telefon kullanımına bağlı oluşan 900-1800 mhz radyo frekans dalgalarının meydana getirdiği elektromanyetik alanın iliak kanat kemik mineral yoğunluğuna etkisi

    The effect of electromagnetic fields on bone mineral density of iliac bone produced by 900-1800 mhz radio frequency waves dependent on cellular phone usage

    BEŞİR ANDAÇ AKSOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Ortopedi ve TravmatolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. NEVRES HÜRRİYET AYDOĞAN

  3. P35S, TNOS and PFMV targeted multiplex PCR using a single dye

    Tek boya kullanarak P35S, TNOS ve PFMV hedefli çoklu PZR

    DENİZ GÜLBİN TAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

    DR. MUSTAFA KOLUKIRIK

  4. Investigation of helicobacter pylori virulence genes and t-cell responses in pediatric gastritis patients

    Pediatrik gastrit hastalarında helikobakter pylori virülans genleri ve t-hücre cevaplarının araştırılması

    NİRAN ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM ÖKTEM OKULLU

  5. Effects of nerve agents on conformational dynamics of acetylcholinesterase

    Sı̇nı̇r gazlarının asetı̇lkolı̇nesteraz'ın konformasyonel dı̇namı̇ğı̇ne etkı̇lerı̇

    SEVİLAY GÜLEŞEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKadir Has Üniversitesi

    Mühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN