İnsan mutant aquaporın-2 (AQP2) proteinlerinin moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
Investigation of the human mutant aquaporin-2 (AQP2) proteins with molecular dynamics simulation
- Tez No: 840958
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE MERGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Aquaporin-2 böbrek toplama kanalındaki hücrelerin apikal membranında yer alan, suyun geri emilimini ve idrar konsantrasyonunu düzenlemek için vazopressin tarafından aktive edilen bir kanal proteinidir. Aquaporin-2 proteini üzerindeki mutasyonlar, proteinin yapısını ve fonksiyonunu bozarak böbreklerde suyun geri emilimini etkileyebilir; bu da aşırı idrara çıkma ile karakterize“Nefrojenik Diabetes İnsipidus”isimli nadir böbrek hastalığına yol açabilir. Bu çalışmanın amacı,“Nefrojenik Diabetes İnsipidus”tanısı konmuş hastaların Aquaporin-2 geninde tanımlanmış ve fonksiyon analizleri yapılmış A45T, R85X ve A147T mutasyonlarının modellenerek, moleküler dinamik simülasyonlarının yapılması ve sonuçların deneysel veriler ve diğer simülasyon sonuçları ile karşılaştırılmasıdır. Yapılan moleküler dinamik simülasyonları yardımıyla, suyun hücre membranından geçişi moleküler düzeyde gösterilerek, yabanıl tip Aquaporin-2 ve mutantlarının kanal yapısı incelenmiştir. Sonuç olarak tez kapsamında modellenen mutant proteinlerin yabanıl tip Aquaporin-2'ye göre farklı oranlarda su moleküllerini geçirdiği, dolayısıyla farklı oranlarda fonksiyon değişiklikleri gösterdikleri bulunmuştur. Tez çalışmasından elde edilen bütün sonuçların su dengesi ile ilgili hastalıkların anlaşılarak, ilgili tedavi-ilaç yöntemlerinin bulunmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Aquaporin-2 is a channel protein located in the apical membrane of cells in the renal collecting duct, activated by vasopressin to regulate water reabsorption and urine concentration. Mutations on the Aquaporin-2 protein may affect the reabsorption of water in the kidneys disrupting the structure and function of the protein; leading to a rare kidney disease characterized by excessive urination known as Nephrogenic Diabetes Insipidus. This study aims to model and perform molecular dynamics simulations of the A45T, R85X, and A147T mutations identified and functionally analyzed in the Aquaporin-2 gene of patients diagnosed with Nephrogenic Diabetes Insipidus and to compare the results with experimental and other simulation results. Through the use of molecular dynamics simulations, the passage of water through the cell membrane has been demonstrated at the molecular level, and the channel structure of wild-type Aquaporin-2 and its mutants has been investigated. As a result, it has been observed that the modeled mutant proteins within the scope of the thesis allow the passage of water molecules at different rates compared to wild-type Aquaporin-2, and thus show varying degrees of functional changes. It is believed that all the results obtained from the thesis study will contribute to understanding the diseases related to water balance and the development of relevant treatment-drug methods.
Benzer Tezler
- N-ras onkogeninin p53, p19 ve mdm2 proteinlerinin sentezi üzerine etkilerinin kültür hücrelerinde araştırılması
Investigation of effects of N-ras oncogene on senthesis of p53, p19 and mdm2
KAMEL SALEH
- Huntington hastalığı beyin proteom değişimlerinin YAC128 transgenik fare modelinde MALDI-MS görüntüleme tekniği ile araştırılması
Detection of huntington's disease brain proteome alterations in YAC128 transgenic mouse model via MALDI-MS imaging
MERVE KARAYEL BAŞAR
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET TARIK BAYKAL
- Development of mutant human immunoreactive trypsinogen (IRT) for use in immunoassays
İmmün test çalışmalarda kullanmak için mutant insan immünreaktif tripsinojen (IRT) geliştirilmesi
MUSTAFA DİVYAPICIGİL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI
DR. ESİN AKÇAEL
- BRAF ve CDKN2A mutant insan A375 melanom hücre hattında Vemurafenib ve Palbosiklib kombinasyonunun sitotoksisite ve apoptozis üzerine etkisi
The cytotoxic and apoptotic effects of Palbocyclib-Vemurafenib combination in BRAF and CDKN2A mutant human A375 melanoma cells
AYŞENUR ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
OnkolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞAZİYE BURÇAK KARACA
- Glioma hücrelerinde rosmarinik asitin antikanser moleküler mekanizmalarının araştırılması
Investigation of anticancer molecular mechanisms of rosmarinic acid in glioma cells
ASLIHAN ŞENGELEN
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EVREN ÖNAY UÇAR