Effect of Lys99Gln and Asp97Gly mutation in lachancea thermotolerance asparaginase active site on substrate affinity
Lachancea thermotolerance asparaginazın aktif bölgesinde Lys99Gln ve Asp97Gly mutasyonunun substrat afinitesi üzerine etkisi
- Tez No: 841126
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BARIŞ BİNAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
L-asparaginazlar (L-ASNaz), L-asparajinin L-aspartik asit ve amonyağa dönüşümünü katalize eden baskın L-asparaginaz aktivitesine sahip amidohidrolaz enzimleridir. Ayrıca bazılarının ikincil L-glutaminaz aktivitesi vardır. Bu özellikleri nedeniyle L-asparaginaz, akut lenfoblastik löseminin (ALL) tedavisinde kullanılır. Elspar® ve Erwinaz® L-asparaginazlar ilaç endüstrisinde terapötik ürünler üretmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak aşırı duyarlılık reaksiyonları ticari L-asparaginazların ana sınırlamalarıdır. Bu durum bilim adamlarını yeni kaynaklardan gelecek vaat eden L-asparaginazları aramaya zorladı. Bu nedenle, maya L-ASNazlarının alternatif kaynaklarının araştırılması, toksisitenin azaltılması ve etkinliğin arttırılması konusunda ümit vericidir; yine de bu kaynakların araştırılması sınırlı kalmaktadır. Bu çalışma, sahaya yönelik mutajenezin Lachancea thermotolerance (Lt) LtASNase enzim yapıları üzerindeki etkilerini incelemektedir. Enzimin Lys99Gln ve Asp97Gly bölgelerine odaklanan çalışmada KM ve kcat değerleri elde edilerek yabani tip enzimle karşılaştırıldı. Modelleme çalışması için SwissModel kullanılmıştır. Mutant ve yabani tipin kinetik özellikleri incelendiğinde Lys99Gln LtASNase'nin yabani tipe göre daha yüksek KM ve daha düşük kcat'a sahip olduğu görüldü. Asp97Gly mutasyonu kinetik parametreleri tahmin etmek için çok düşük aktiviteye sahiptir. Bu çalışma LtASNase enziminin yapısını ve etkileşimlerini aydınlatmak için önemli bir adım oluşturmaktadır. Yukarıda bahsedilen mutant enzim kinetiği çalışmalarına ek olarak depolama aktivitesi çalışmaları da yapılmıştır. Yapılan deneyler sonucunda depolama süresi arttıkça enzimin bağıl aktivitesinin azaldığı, en uygun saklama sıcaklığının -80°C olduğu sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
L-asparaginases (L-ASNase) are amidohydrolase enzymes which have a predominant L-asparaginase activity that catalyzes the conversion of L-asparagine to L-aspartic acid and ammonia. Also, some of them have secondary L-glutaminase activity. For this properties L-asparaginase is used to treat acute lymphoblastic leukemia (ALL). Elspar® and Erwinaz® L-asparaginases are widely used in the pharmaceutical industry to produce therapeutic products. But the hypersensitivity reactions are the main limitations of commercial L-asparaginases. This situation has forced scientists to search for promising L-asparaginases from new sources. Hence, the exploration of alternate sources of yeast L-ASNases holds promise in mitigating toxicity and improving efficacy; nevertheless, the investigation of these sources remains limited. This study examines the effects of site-directed mutagenesis on LtASNase enzyme structures from Lachancea thermotolerance (Lt). In the study focusing on the Lys99Gln and Asp97Gly regions of the enzyme, KM and kcat values were obtained and compared with the wild-type enzyme. SwissModel was used for the modelling study. When mutant and wild-type kinetic characteristics were examined, Lys99Gln LtASNase has a higher KM and lower kcat than wild-type. The Asp97Gly mutation has too low activity to estimate kinetic parameters. This study constitutes an important step for elucidating the LtASNase enzyme structure and interactions. In addition to the mutant enzyme kinetic studies mentioned above, storage activity studies were also carried out. As a result of the experiments, it was concluded that as the storage time increased, the relative activity of the enzyme decreased, and the most suitable storage temperature was -80°C.
Benzer Tezler
- Gastrointestinal adenokarsinomaları ile bazı dna onarım genleri arasındaki ilişkinin araştırılması
The investigation of the association between gastrointestinal adenocarcinomas and some dna repair genes
AYŞE BAŞAK ENGİN
Doktora
Türkçe
2008
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ESAT KARAKAYA
- Yaş ve kuru çayda, verim ve önemli kalite parametrelerine sarı çay akarı (Polyphagotarsonemus latus (Banks, 1904)) (Prostigmata: Tarsonemidae)'nın etkisi
Effect of yellow tea mite (Polyphagotarsonemus latus (Banks, 1904))(Prostigmata: Tarsonemidae) on yield and important quality parameters of fresh and dried tea
BİRSEN AŞIK ÇUHADAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAİM ZEKİ BOSTAN
YRD. DOÇ. DR. RANA AKYAZI
- Ders dışı etkinlik olarak uygulanan sporla ilgili oyunların ortaöğretim öğrencilerinin iletişim becerisi algılarına etkisi
Effect of sport-related games performed as extracurricular activities on high school students' perception of communication skills
ÖZDEN TEPEKÖYLÜ ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2012
SporCelal Bayar ÜniversitesiBeden Eğitimi Öğretmenliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ÇAMLIYER
- Mandalardan postmortem elde edilen spermalarda dondurmanın DNA hasarı ve bazı spermatolojik parametreler üzerine etkisi
Effect of cryopreservation on dna damage and various sperm parameters in the post-mortem obtained buffalo
ESER AKAL
Doktora
Türkçe
2014
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiDölerme ve Suni Tohumlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT SELÇUK
- Foliküler saç greftinin yaşayabilirliğine trombositten zengin plazmanın etkisi: Deneysel çalışma
Effect of platelet rich plasma on hair follicle graft survival: Experimental study
ÇETİN DUYGU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiPlastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ETHEM GÜNEREN