Determination of molecular traces of various snake venomes using proteomics and glycomic approaches based on mass spectrometry
Kütle spektrometrisi temelli proteomik ve glikomik yaklaşımlar kullanılarak çeşitli yılan venomlarının moleküler izlerinin belirlenmesi
- Tez No: 841384
- Danışmanlar: Prof. Dr. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 327
Özet
Viperidae zehrin türleri Türkiye'de geniş bir coğrafi bölgede yayılış göstermektedir. Spesifik proteom ve glikoproteom kompozisyon profilleri, zehrin biyolojik fonksiyonunu ve taksonomik sınıflandırmasını incelemek için kapsamlı bilgi sağlar. Bu bağlamda Viperidae familyasına ait beş zehirin proteomunda ve glikoproteomunda bulunan proteinleri karakterize etmek için proteomik, glikoproteomik ve glikomik stratejileri kullandık. Bulgu, her venom için, özellikle de glikoproteom profili için ayrı bir bileşim gösterdi. Genel kütle spektrometri profilleri, beş zehirin bileşiminde değişen 144 farklı protein, 36 glikoprotein ve 78 farklı N-glikan yapısını tanımladı. Glikoproteomiklerden elde edilen glikoprotein bileşimi verileri, glikomiklerden elde edilen bulgularla tutarlı bir şekilde uyumludur. Beş zehirde tanımlanan proteinlerin çoğu, glikosile edilmiş protein ailelerine, serin proteazına (SVSP), metaloproteazına (SVMP), C tipi lektinlere (CTL) aittir. Kümeleme ve temel bileşen analizleri (PCA), profileri proteomu, glikoproteom ve glikan profilleri arasındaki bileşime dayalı benzerlikleri ve farklılıkları gösterdi. Spesifik olarak M. xanthina (Mx) ve V. a.'nın N-glikan profilleri. Ammodytes (Vaa) zehirleri aynıydı ve ayırt edilmesi zordu; aksine proteom profilleri farklıydı. Kümeleme analizi, profileri türlerinin taksonomik sınıflandırmalarını sunarak farklı gruplara sınıflandırılmasını sağlamıştır. İlginç bir şekilde, profileri türleri arasındaki protein çeşitliliği, glikozilasyonun, zehrin proteomunda glikosile edilmiş protein çeşitliliği üzerindeki etkisini vurgulamaktadır. Önerilen bu yüksek verimli yaklaşım, çeşitli Viperidae zehirlerinin bileşimi ve işlevine ilişkin doğru ve kapsamlı profile.
Özet (Çeviri)
Viperidae snake species are distributed in a wide geographical region in Turkey. Specific proteome and glycoproteome composition profiles provide comprehensive information to study the venom's biological function and taxonomical classification. In this context, we used proteomics, glycoproteomics, and glycomics strategies to characterize proteins present in the proteome and glycoproteome of five venoms belonging to the Viperidae family. The finding showed a distinct composition for each venom, particularly the glycoproteome profile. The overall mass spectrometry profiles identified 144 different proteins, 36 glycoproteins and 78 distinct N-glycan structures varying in composition across the five venoms. The glycoprotein composition data obtained from glycoproteomics aligns consistently with the findings from glycomics. Many the identified proteins across the five venoms belong to glycosylated protein families, snake venom serine protease (SVSP), snake venom metalloprotease (SVMP), and C-type lectins (CTL). The clustering and principal component analyses (PCA) illustrated the composition-based similarities and differences between venom proteome, glycoproteome and glycan profiles. Specifically, the N-glycan profiles of M. xanthina (Mx) and V. a. ammodytes (Vaa) venoms were identical and difficult to differentiate; in contrast, their proteome profiles were distinct. Clustering analysis enabled the classification of venom species into different groups presenting their taxonomical classification. Interestingly, the variety of the proteins across venom species highlights the impact of glycosylation on the diversity of glycosylated protein in venom proteome. This proposed high throughput approach provides accurate and comprehensive profiles of the composition and function of various Viperidae snake venoms.
Benzer Tezler
- Organik yükü yüksek olan antibiyotik üretimi atıksuyunun anaerobik arıtımı ve kinetik modellenmesi
Anaerobic treatment of high strength antibiotic production wastewater and kinetic modeling of treatment
İLDA DEĞİRMENTAŞ
- Development of molecular imprinted polymer based optical sensor for determination of pesticides
Pestisit tayini için moleküler baskılı polimer esaslı optik sensör geliştirilmesi
RAİF İLKTAÇ
Doktora
İngilizce
2017
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMÜR HENDEN
DOÇ. DR. NUR AKSUNER
- Anaerobik gut fungusu izolasyonu, moleküler tanımlanması ve linoleat izomeraz enzimi üzerine çalışma
Isolation and moleculer determination of anaerobic gut fungus and study on the linoleate isomerase enzyme
SÜMEYYE KARACA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SAİT EKİNCİ
- Method development for the determination of fluorine by high resolution continuum source atomic absorption spectrometry
Yüksek çözünürlüklü sürekli kaynaklı atomik absorpsiyon spektrofotometrelerde flor tayini için yöntem geliştirilmesi
NİL ÖZBEK
- Voltammetric determination of water based on quinonoid compounds
Kinon bileşiklerine dayalı suyun voltametrik yöntemle tayini
VİLDAN HACER AYDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL YILMAZ