Geri Dön

P53-TAD'nin DNA-PK enzimi tarafından fosforilasyonunun incelenmesi

Investigation of phosphorylation of p53-TAD by DNA-PK enzyme

PDF İndir

  1. Tez No: 842126
  2. Yazar: MERVE ATEŞ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP PEKTAŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

TP53 geni insan kanserlerinde en sık mutasyon rapor edilen genlerden biridir (%30-50). p53'ün hücresel düzeyi, HDM2'ya (Mouse Double Minute 2 Homolog, MDM2'nun insan homoloğu) bağlı olarak düzenlenir. Normal fizyolojik koşullarda TAD, HDM2 proteini ile etkileşir ve p53'ü proteozomal parçalanmaya yönlendirir. TAD'nin Ser15 ve Ser37 amino asit kalıntıları DNA-PK (DNA'ya bağımlı protein kinaz) tarafından fosforilasyona uğrar. Bu fosforilasyon olayı, p53'ün HDM2 ile etkin etkileşimini önler ve böylece p53 stabilize olur. Stabilize olan p53 bir transkripsiyon faktörü olarak çeşitli genlerin aktivasyonunu başlatır. Önceki çalışmalarda, p53'ün TAD domaininde oluşturulan Leu22Gln-Trp23Ser mutasyonunun p53'ün transaktivasyon işlevini farklı derecelerde azalttığı rapor edilmiştir. Ayrıca Phe19'un arjinine mutasyonunun p53'ün transaktivasyon işlevini olumsuz etkilediğide rapor edilmiştir. Rapor edilen bu mutasyonlar, DNA-PK enziminin fosforile ettiği Ser15 ve Ser37 pozisyonlarına yakın bölgede yer almaktadır. Bu çalışmada, p53'ün Leu22Gln-Trp23Ser ve Phe19Ala mutasyonları bölgeye yönlendirilmiş mutagenez ile oluşturularak bu mutasyonların Ser15 ve Ser 37'nin DNA-PK tarafından fosforilasyonuna etkisi western blotlama yöntemi ile Ser15P ve Ser37P için spesifik antikorlar kullanılarak belirlendi. Ser15 fosforilasyonunu vahşi türe kıyasla Phe19Ala mutantının 2,3 kat, Leu22Gln-Trp23Ser mutantının ise 1,6 kat azalttığı belirlendi. Ser37 fosforilasyonunu ise Phe19Ala mutantı vahşi türe kıyasla 1,6 kat, Leu22Gln-Trp23Ser mutantı ise 2,0 kat azaltmıştır. Vahşi tür Ser15 ve Ser37 fosforilasyonu kıyaslandığında ise DNA-PK'nın Ser37'yi 1,9 kat daha hızlı fosforile ettiği tespit edildi. Ayrıca, I-TASSER ile mutantların TAD'de konformasyonel değişime neden olduğu, bu konformasyonel değişimin ise TAD - (DNA-PKcs) etkileşiminin oryantasyonunu değiştirdiği HADDOCK 2.4 ile belirlendi. De novo tasarım verileri, mutantlardaki fosforilasyon azalmasının, mutantların neden olduğu konformasyonel değişim sebebiyle enzim-substrat etkileşiminin oryantasyonunun değişmesi olduğu öngörüldü.

Özet (Çeviri)

TP53 gene is one of the most frequently mutated genes in human cancers (30-50%). The cellular level of p53 is regulated depending on HDM2 (Mouse Double Minute 2 Homolog, human homolog of MDM2). Under normal physiological conditions, TAD interacts with the HDM2 protein and directs p53 to proteasomal degradation. Ser15 and Ser37 residues of TAD are phosphorylated by DNA-PK (DNA-dependent protein kinase). This phosphorylation event prevents the effective interaction of p53 with HDM2, and thus p53 is stabilized. Stabilized p53 initiates the activation of various genes as a transcription factor. Previous studies have reported that the Leu22Gln-Trp23Ser mutation in the TAD domain of p53 reduces the transactivation function of p53 to different degrees. It has also been reported that mutation of Phe19 to arginine negatively affects the transactivation function of p53. These reported mutations are located close to the Ser15 and Ser37 phosphorylation sites, which are phosphorylated by the DNA-PK enzyme. In this study, Leu22Gln-Trp23Ser and Phe19Ala mutations of p53 were generated by site-directed mutagenesis, and the effect of these mutations on the phosphorylation of Ser15 and Ser 37 by DNA-PK was determined by western blotting using antibodies specific for Ser15P and Ser37P. It was determined that the Phe19Ala mutant reduced Ser15 phosphorylation by 2.3 times and the Leu22Gln-Trp23Ser mutant by 1.6 times compared to the wild type. The Phe19Ala mutant reduced Ser37 phosphorylation by 1.6 times compared to the wild type, and the Leu22Gln-Trp23Ser mutant decreased by 2.0 times. When comparing wild-type Ser15 and Ser37 phosphorylation, it was determined that DNA-PK phosphorylates Ser37 1.9 times faster. Besides, it was predicted by I-TASSER that the mutants caused conformational changes in the TAD. In addition, it was determined by HADDOCK 2.4 that this conformational change changed the orientation of the TAD - (DNA-PKcs) interaction. De novo design data suggest that the decrease in phosphorylation in the mutants is due to the conformational change caused by the mutations, which changes the orientation of the enzyme-substrate interaction.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    412749

    Lokal ileri ve metastatik küçük hücreli dışı akciğer karsinomlu hastalarda P53, pten, LKB-1 mutasyon profilinin tedavi yanıtıyla ve klinikopatolojik parametrelerle korelasyonu

    P53, PTEN, IKP-1 mutations profile's correlation with response of therapy and clinicopathological parametres in patients with locally advanced and metastatic non-small lung cancer

    PAŞA AKSOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    OnkolojiPamukkale Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GAMZE GÖKÖZ DOĞU

  2. Tez No

    414093

    ΔNP63β geninin T98G hücreleri üzerindeki fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması

    Investigation of the phenotypic and genetopic effects of ΔNP63β gene on T98G cell lines

    BUSE TÜREGÜN ATASOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRET ŞAHİN

  3. Tez No

    65021

    Establishment of an experimental system to study p53 effects in Saccharomyces cerevisiae

    p53 proteinin Saccharomyces cerevisiae mayasındaki etkilerini incelemek için deney sisteminin oluşturulması

    TUBA DİNÇER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  4. Tez No

    69448

    Epiteliyal over tümörlerinde p53 ve c-erbB-2 ekspresyonunun klinik ve patalojik faktörler ile ilişkisi

    p53 and c-erbB-2 expression in epithelial ovarian tumors and their relationship with clinical and pathological factors

    ÖMER ERBİL DOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Kadın Hastalıkları ve DoğumDokuz Eylül Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BERRİN ACAR

  5. Tez No

    507359

    Screening of p53-mdm2 interaction inhibitors through genome editing, high-content screening, and surface plasmon resonance

    P53-mdm2 etkileşim inhibitörlerinin genom mühendisliği, floresan ikili hibrit ve yüzey plazmon rezonans teknikleri ile taranması

    HAKAN TAŞKIRAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN

Geri Dön