SARS COV-2 / influenza A & B / RSV multipleks PCR tarama yaklaşımının, pediatrik hasta grubunda tanıya ve hasta yönetimine etkisinin değerlendirilmesi
Impact of SARS CoV-2 / influenza A & B / RSV multiplex PCR screening on diagnosis and management of pediatric patients
- Tez No: 842953
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Akut solunum yolu enfeksiyonu, İnfluenza, multipleks PCR, RSV, SARS-CoV-2, tanı algoritması, Acute respiratory infection, Influenza, multiplex PCR, RSV, SARS-CoV-2, diagnostic algorithm
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Amaç: Akut solunum yolu enfeksiyonlarının (Acute Respiratory Infections, ARI) dünya genelinde çocuk ölümlerinin önde gelen sebeplerinden olması, çocuklarda erken müdahalenin önemini arttırmaktadır. Etiyolojide virüsler baskın olmakla birlikte, yalnız klinik bulgulara dayanarak bakteriyel enfeksiyonlar dışlanamadığı için antibiyotik kullanım sıklığı yüksektir. Mikrobiyolojik tanı testlerinin klinik karar verme süreçlerine etkili olabilmesi için etkenin hızlı tanımlanması kritik öneme sahiptir. Laboratuvarların duyarlı, özgül ve hızlı sonuç alınabilen bir yöntemin maliyet-etkin bir şekilde kullanılabilmesine yönelik algoritmaları oluşturması gerekir. Araştırmamızda; ARI tanılı çocuklarda SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR panelinin tanı algoritmasına tarama testi olarak dahil edilmesinin, klinik yönetime ve test maliyetlerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma Sezon 1 ve Sezon 2 hasta gruplarında gerçekleştirildi. Sezon 1'e 1 Aralık 2021 – 7 Şubat 2022 tarihleri arasında SBÜ Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çocuk Acil Kliniği'ne ARI semptomlarıyla başvuran ve rutin solunum yolu multipleks Rt-PCR testi (Bosphore Solunum Patojenleri Panel Kiti v1, Anatolia Geneworks, Türkiye) ile sonuç verilen 256 hasta retrospektif olarak dahil edildi. Sezon 2'ye, 1 Aralık 2022 – 7 Şubat 2023 tarihleri arasında aynı kliniğe ARI semptomlarıyla başvuran 267 hasta prospektif olarak dahil edildi. Hastalardan Bosphore COVID-19 Örnekleme ve Viral RNA İzolasyon Kiti (Anatolia Geneworks, Türkiye) ile alınan solunum yolu sürüntü örneklerinde, Bosphore SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR Panel Kit v1 (Anatolia Geneworks, Türkiye) ile SARS-CoV-2,İnfluenza ve RSV varlığı araştırıldı. Test tarama paneli olarak kullanıldı ve klinisyene kritik sonuç bildirimi yapıldı. İki sezon, hastanede geçirilen süre; ek tetkikler; antibiyotik tedavi süreleri; sonuca göre antibiyotik tedavisini sonlandırma durumu; nöraminidaz inhibitörlerinin uygun kullanımı açısından karşılaştırılarak, uygulanan algoritma ve kritik sonuç bildiriminin klinik yönetime etkisi değerlendirildi. Sezon 2'deki algoritmaların birim test maliyetleri hesaplanarak, maliyet-etkinlikle ilgili yorum yapıldı. Bulgular: Sezon 2'de en sık saptanan üç virüs açısından test sonuçlandırma süreleri ortalama 20 saat kısaldı. Hastaların %45'ine test sonucu acil servisteki izlemleri esnasında bildirildi. Tarama testi negatif sonuçlanan 104 hastanın 50'sinde (%48), rutin solunum yolu PCR panelinde en az bir virüs için pozitiflik saptandı. Pozitif sonuç bildirilen hastalarda, kan ve idrar kültürü istem sayıları; ampirik antibiyotik kullanım sıklığı ve süresi bir önceki sezona göre anlamlı ölçüde azaldı. Ampirik başlanan antibiyotik tedavilerinin sonuca göre sonlandırılma oranı arttı. İnfluenza pozitif bildirilen hastalarda özgül antiviral tedavi başlanma sıklığı artarken, antiviralin ilk dozunu almaya kadar geçen ortalama süre 29 saat kısaldı. Tarama algoritmasıyla birim test maliyetinde 12 USD tasarruf sağlandı. Birim test bazında maliyet-etkin olabilmesi için, bu algoritmanın üç virüsün toplam prevalansının %19,04'ün üzerinde olduğu dönemlerde uygulanmasının uygun olacağı yorumu yapıldı. Sonuç: Antibiyotik direncinin giderek yaygınlaşmasıyla, mikrobiyolojik tanıya hızlı ulaşılması önem kazanmıştır. Yüksek maliyetli sendromik testlerin gündemde olduğu günümüzde, nispeten hızlı sonuç alınabilen ve düşük maliyetli bir yöntem olarak; RSV, İnfluenza ve SARS-CoV-2'yi hedefleyecek şekilde kapsamı daraltılmış Rt-PCR testleri, tarama basamağı olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Objectives: Acute respiratory infections (ARIs) are the leading causes of child mortality worldwide. Early and appropriate treatment is critical for children. Although viruses predominate the etiology, antibiotic prescribing rates are high, because bacterial infections cannot be excluded based on clinical findings alone. Rapid identification of the causative microorganism is critical in order to put an impact on the clinical decision-making. Because rapid identification tests are expensive, laboratories need to develop cost-effective algorithms to implement these panels in routine diagnosis. In this retro-prospective cohort, it was aimed to evaluate the clinical outcomes of implementing the SARS-CoV-2/Influenza/RSV Rt-PCR panel as a screening test for pediatric patients with ARI, and to determine the cost-savings of the algorithm. Materials and Methods: This study was conducted in two consecutive seasons: Season 1 and Season 2. In Season 1, 256 patients admitted to the University of Health Sciences, Ankara Training and Research Hospital, Pediatric Emergency Department with symptoms of ARI between December 1st, 2021 and February 7th, 2022, and tested for respiratory viruses using the routine respiratory multiplex Rt-PCR test (Bosphore Respiratory Pathogens Panel Kit v1, Anatolia Geneworks, Turkey) were included. In Season 2, 267 patients who were admitted to the same clinic with ARI symptoms between December 1st, 2022 and February 7th, 2023 were included. To shorten test turnaround time, respiratory tract samples were collected with Bosphore COVID-19 Sampling and Viral RNA Isolation Kit (Anatolia Geneworks, Turkey) and were tested with a single tube SARS-CoV-2/Flu/RSV Rt-PCR Panel Kit v1 (Anatolia Geneworks, Turkey). This test was also used as a screening panel. All results were reported as critical result to the clinician. Impact of implementing the screening panel and critical result reporting on patient care were evaluated. The outcomes were hospital length of stay, microbiology test (blood, urine, throat cultures) and chest radiography utilization, antibiotic and antiviral prescribing and discontinuation rates. Cost-saving per-test was calculated and cost-effectivity of the algorithm was discussed. Results: Median turn around time was 20 hours shorter in Season 2. Of the patients 45% received test results during their stay in the emergency department. Of the 104 patients whose screening tests were negative, 50 (48%) were positive for at least one virus in the routine respiratory PCR panel. For patients with positive results, the number of blood and urine cultures; prescription and duration of empirical antibiotic therapy decreased significantly compared to Season 1. Discontinuation of antibiotic therapy following the results has increased. Neuraminidase inhibitor prescription was increased in patients positive for influenza. Time to first dose of antiviral was shortened by 29 hours. Cost-saving per-test was 12 USD with the screening algorithm. In order to implement this algorithm cost-effectively, it was considered that it should be implemented during periods when overall prevalence of the three viruses is above 19,04%. Conclusion: As antibiotic resistance is increasing tremendously, rapid microbiological diagnosis has become critical. Today, rapid syndromic panels are popular but high cost is an obstacle for their routine use. Targeted Rt-PCR panels like SARS-CoV-2/Flu/RSV can be used as a screening step. It would be a low-cost method that can provide results relatively fast.
Benzer Tezler
- RSV, ınfluenza ve SARS-COV-2 için multipleks RT-PCR testi validasyonu
Validation of a multiplex rt-pcr assay for the detection of rsv, influenza and SARS-CoV-2
ALİHAN BULGURCU
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA ARZU SAYINER
- Çocuklarda üst solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin multipleks pcr yöntemiyle araştırılması
Investigation of upper respiratory tract infection agents in children by multiplex pcr
TUĞBA TEKEREK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL
- 2020-2021 kış sezonunda SARS COV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansı
Surveillance of SARS COV-2 and other respiratory viruses in 2020-2021 winter season
AYŞE BETÜL ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
- Üst ve alt solunum yolu enfeksiyonu ön tanısı ile çeşitli kliniklerden gönderilen hasta numunelerinde viral patojenlerin araştırılması
Investigation of viral pathogens in patient samples from various departments with pre-diagnosis of upper and lower respiratory tract infections
BÜŞRA AYYILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK
- Point-of-care detection of respiratory tract infections using a novel PCR kit with gold nanoparticle-mediated dna polymerase
Altın nanopartikül aracılığıyla dna polimeraz güçlendirme yöntemi kullanan yeni bir PCR kitinin solunum yolu enfeksiyonlarının yatakta tanısına yönelik kullanımı
MERT ELMAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ