Investigating the role of CYP2W1 in cancer progression
CYP2W1'in kanser ilerlemesindeki rolünün incelenmesi
- Tez No: 844951
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ADALI, DR. EMRE EVİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
CYP2W1, yeni keşfedilen onkofetal bir gendir. Özellikle kolorektal ve hepatoselüler kanser dokularında ekspresyon gösteren bu genin ifadesi, daha agresif tümör fenotipiyle pozitif olarak ilişkilidir. CYP2W1'in kansere özgü ekspresyonu, bu genin kanser tedavileri için ideal bir hedef olabileceğini düşündürse de CYP2W1'in kanserdeki potansiyel rolü henüz bilinmemektedir. Bu çalışmamızın amacı, CYP2W1 geninin kanser ilerlemesindeki asıl rolünün belirlenmesidir. Bu amaçla, CYP2W1 geninin RNA interferans (RNAi) yöntemi kullanılarak HepG2 insan hepatokarsinoma hücre hattında baskılanmasının ardından hücre çoğalması, apoptoz, invazyon, Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMT) ve anjiyogenez dahil olmak üzere kanser ve embriyogenezde görülen ortak mekanizmalar araştırılmıştır. Sonuçlarımız, CYP2W1 geninin susturulmasının HepG2 hücre canlılığında azalmaya yol açtığını ortaya koymaktadır. Bununla birlikte, CYP2W1 ekspresyonunun baskılanması genel olarak apoptoz, hücre invazyonu ve Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMT) belirteçlerinin mRNA ve protein ekspresyon seviyeleri üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etkiye sebep olmamıştır, fakat yalnızca β-katenin mRNA ekspresyonu önemli ölçüde azalmıştır. Ayrıca CYP2W1'in susturulması, VEGF-A gen ekspresyonunu ve VEGF salınımını azaltsa da bunun in vitro anjiyogenez üzerinde beklenen fonksiyonel etkileri gözlenmemiştir. Klinik çalışmalara dayanan hipotezlerimizin aksine, CYP2W1 ekspresyonu HepG2 hücrelerinde kanser ilerleme aşamaları üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etki göstermemiştir. Ayrıca bu çalışmada, bağırsak mikrobiyomunun mikrobiyal yan ürünleri olarak bitki polifenollerinin ve bunların metabolitlerinin kolon kanseri sırasında CYP2W1 regülasyonunda önemli bir faktör olabileceği düşünülerek, hesperidin ile muamele edilen Lacticaseibacillus rhamnosus GG (LGG)'den elde edilen hücre içermeyen süpernatanların Caco-2 kolon kanseri hücre canlılığı ve CYP2W1 gen ekspresyonu üzerindeki etkileri araştırılmıştır. LGG bakterilerinden elde edilen hücre içermeyen süpernatanların CYP2W1 gen ekspresyonunu ve Caco-2 insan kolon kanseri hücre proliferasyonunu azalttığı görülmüştür. Şu ana kadar çalışmalar CYP2W1 geninin aşırı ekspresyonunun kanserin ilerlemesiyle ilişkili olabileceğine odaklanmaktadır. Ancak çalışmamızın ikinci bölümünden elde edilen bulgular, mikrobiyal fonksiyon bozukluğunun CYP2W1 gen ekspresyonunu değiştirerek kolon kanserinin ilerlemesini etkileyebileceğini veya bu tür değişikliklerin CYP2W1 ekspresyonunun modülasyonuna yol açabileceğini düşündürmektedir. Bildiğimiz kadarıyla bu çalışma, RNAi aracılı gen susturma stratejisi ile CYP2W1'in kanser ilerlemesinin önemli aşamalarındaki rolünü araştıran ilk çalışmadır. Sonuç olarak bu çalışma, CYP2W1 geninin kanser üzerindeki doğrudan etkisinin yanı sıra bu geni düzenleyen potansiyel faktörlerin araştırılması konusunda da araştırmacılara yeni bakış açıları sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
CYP2W1 is a newly discovered oncofetal gene which specifically expressed in colon and hepatocellular carcinomas and expression rates are directly proportional to the severity of these diseases. Although cancer-specific expression makes it an ideal target for cancer therapies, its potential role in cancer remains unknown. The aim of this research is to determine its precise biological involvement in cancer progression. For this reason, the CYP2W1 gene was silenced in a HepG2 human hepatocarcinoma cell line using an RNAi gene repression approach, and then common mechanisms in cancer and embryogenesis including cell proliferation, apoptosis, invasion, Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and angiogenesis were investigated. Our results revealed that silencing the CYP2W1 gene resulted in a reduction in HepG2 cell viability. However, the suppression of CYP2W1 expression did not have a statistically significant effect on apoptosis, cell invasion, or the mRNA and protein expression levels of EMT markers in general, but only β-catenin mRNA expression was significantly reduced. In addition, silencing of CYP2W1 reduced the VEGF-A gene expression and secretion, but the expected functional effects of it on in vitro angiogenesis were not observed. In contrast to our hypotheses based on clinical studies, the expression of CYP2W1 did not exhibit a statistically significant impact on the stages of cancer progression in HepG2 cells. In addition, the effects of hesperidin-treated Lacticaseibacillus rhamnosus GG (LGG) cell-free supernatants on Caco-2 colon cancer cell viability and CYP2W1 gene expression were investigated during this study since plant polyphenols and their metabolites as microbial by-products of the gut microbiome might be a crucial factor in CYP2W1 regulation during colon cancer. It is found that cell-free supernatants derived from LGG bacteria reduced CYP2W1 gene expressions and cell proliferation of the Caco-2 human colon cancer cell line. So far, studies have focused on the fact that CYP2W1 gene overexpression might be associated with cancer progression. However, the findings of this study suggested that microbial dysfunction might influence the progression of colon cancer by altering CYP2W1 gene expression, or such alterations in colon cancer might result in the modulation of CYP2W1 expression. To our knowledge, this is the first study that explores the role of CYP2W1 in the key stages of cancer progression with RNAi-mediated gene silencing strategy. In conclusion, this study can open up new perspectives for researchers to investigate the direct effect of the CYP2W1 gene on cancer as well as the potential factors that regulate this gene.
Benzer Tezler
- Akciğer kanserinde metabolik (CYP2E1) polimorfizmin ilaç rezistansındaki rolü
Metabolic (CYP2E1) polymorphism role of drug resistance in lung cancer
VOLKAN KARACAOĞLAN
Doktora
Türkçe
2012
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜMTAZ İŞCAN
- Analysis of protein and mRNA expressions of CYP1A1, CYP2E1, NQO1 and GST enzymes in liver, colon and prostate cancer cell lines to study drug and carcinogen metabolism
İlaç ve kanserojen metabolizmasını çalışmak amacıyla karaciğer, kolon ve prostat hücre hatlarında CYP1A1, CYP2E1, NQO1 ve GST enzimlerinin protein ve mRNA ekspresyonlarının analizi
EMRE EVİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ADALI
DR. SERDAR KARAKURT
- Kronik astımlı çocuklarda klinik ve immunolojik parametreler üzerinde serum vitamin D düzeyleri ve vitamin D gen polimorfizmlerinin rolünün araştırılması
Investigating the role of serum vitamin D and vitamin D gene polymorphisms on clinical and immunological parameters in chronic asthmatic children
SEHRA BİRGÜL BATMAZ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Allerji ve İmmünolojiMersin ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMANUR KUYUCU
- Sitokrom P450 2E1 (CYP2E1) enziminin parkinson hastalığındaki rolü
The role of CYP2E1 in parkinsons disease
RAHMAN BAŞARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BENAY CAN EKE
- Investigation of inflammation associated cyp2e1 and cyp1a1 expression in the experimental autoimmune encephalomyelitis mouse model of multiple sclerosis
İnflamasyonla ilişkili cyp2e1 ve cyp1a1 ekspresyonunun deneysel otoimmün ensefalomyelit multipl skleroz fare modelinde araştırılması
DAMLA SOLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ADALI