Geri Dön

Investigation of transcriptomic, proteomic, and enzymatic activity profile of liver antioxidant enzymes (CAT, SOD, GPx, Trx in multiple sclerosis mice model

Fare multipl skleroz modelinde karaciğer antioksidan enzimlerinin (CAT, SOD, GPx, Trx) transkriptomik, proteomik ve enzimatik aktivitelerinin incelenmesi

  1. Tez No: 845272
  2. Yazar: SENA GJOTA ERGİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ADALI, DOÇ. DR. ÇİĞDEM SARAÇ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 131

Özet

Multipl skleroz (MS), merkezi sinir sisteminin inflamatuar ve demiyelinizan hastalığıdır. Genellikle erken yaş dönemlerinde görülmeye başlar. MS'in daha iyi çalışılması amacıyla, klinik ve patolojik özelliklerinin yansıtıldığı Deneysel Otoimmün Ensefalomiyelit (Experimental Autoimmune Encephalomyelitis) (EAE) hayvan modeli kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, karaciğer antioksidan enzimlerinin trankriptomik, proteomik ve enzim aktivitesi düzeylerinin EAE modelinde araştırılmasıdır. MS'in bir inflamatuar hastalık olması sebebiyle bu enzimlerin karaciğerde çalışılmasının önemi karaciğerin ilaç metabolizmasında önemli rol almasından ötürüdür. Bu nedenle, bu çalışma karaciğer antioksidan enzimlerini RNA düzeyinde transkriptom ve qRT-PCR yöntemi ile ve protein düzeyinde Western Blot ve enzim aktivitesi düzeyinde araştırmayı hedeflemektedir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda, Katalaz (CAT), superoksit dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz (GPx) ve tiyoredoksin (Trx)'in trankriptom sonuçlarında gruplar arasında bir fark gözlemlenmezken, CAT ve GPx'in qRT-PCR sonuçlarında EAE'de kontrol grubuna göre artış görülmüştür. Protein ekspresyon düzeyinde ise sadece Trx'te kontrol grubuna kıyasla EAE'de azalış görülmüştür. Enzim aktivitelerinde ise, kontrol gurubuna kıyasla EAE'de CAT ve Trx aktivitesinde artış, GPx'te ise azalış gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, post-transkripsiyonel/post-translasyonel değişiklikler EAE ve kontrol grupları arasındaki enzimatik farklara neden olmuş olabilir. Diğer yandan, ilave transkriptomik analizlerle en çok 14 yukarı yönlü düzenlenmiş yolak ve 3 aşağı yönlü düzenlenmiş yolak olduğu görülmüştür. Bunun yanında, istatistiksel olarak en anlamlı 15 gen ekspresyonunda artış ve 14 gen ekspresyonunda azalış görülmüştür.

Özet (Çeviri)

Multiple Sclerosis (MS) is an inflammatory and demyelinating disease of the central nervous system (CNS) and it is usually observed in early adulthood. In order to analyze MS, its clinical and pathological features are reflected in animals by creating Experimental Autoimmune Encephalomyelitis (EAE) model. The aim of the present study is to investigate the transcriptomic, proteomic, and enzymatic activity profile of liver antioxidant enzymes in mice EAE model. Liver is the major organ containing a variety of enzymes needed for drug metabolism hence it is important to study antioxidant enzymes in MS mice model. To address this issue, this study has analyzed the liver antioxidant enzymes in RNA level by transcriptome and qRT-PCR, in protein level by Western Blot and enzyme activity assays. The results obtained from transcriptome showed no difference in catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GPx) and thioredoxin (Trx) between EAE and control group. In qRT-PCR, CAT and GPx showed significant difference between EAE and control group. In western blot, only Trx showed decrease in EAE compared to control group whereas other enzymes showed no difference between the groups. In enzymatic activity, CAT and Trx showed increase, GPx showed decrease and SOD showed no change between EAE and control group. Post-trancriptional/post-translational modifications may affect enzymatic differences between EAE and control groups. Lastly, further transcriptomic analysis showed top 14 upregulated and 3 downregulated pathways and top 15 upregulated and 14 downregulated genes.

Benzer Tezler

  1. Evolutionary engineering of freeze tolerance in Saccharomyces cerevisiae

    Saccharomyces cerevisiae'da donma toleransının evrimsel mühendisliği

    FEYZA ŞERİFE KÜÇÜK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  2. Cloning and expression of gerE and glmS genes in Escherichia coli and Bacillus subtilis, and investigation of their possible interrelation with bacilysin biosynthesis

    gerE ve glmS genlerinin Escherichia coli ve Bacillus subtilise klonlanlamasi, ekspresyonu ve basilisin biyosentezi ile olası karşılıklı ilişkilerinin araştırılması

    SERGEN AKAYSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

  3. Molecular and physiological investigation of longevity in yeast

    Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi

    MEVLÜT ARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  4. İnflamasyonun oksidatif stres üzerine etkisinin fare böbrek dokusunda transkriptomik ve proteomik seviyede araştırılması

    Investigation of the effect of inflammation on the oxidative stress at both transcriptomic and proteomic levels in mouse kidney tissue

    BURAK DAĞDELEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HARUN BUDAK

  5. Kestane dal kanseri ile biyolojik mücadelede humik maddelerin patojenin hipovirulens oluşturmasına etkisinin incelenmesi

    Investigation of the effect of humic substances on the formation of hypovirulence by the pathogen for biological control of chestnut branch cancer

    BÜŞRA BALA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEL ORDU

    DR. GÜNSELİ KURT GÜR