Investigation of transcriptomic, proteomic, and enzymatic activity profile of liver antioxidant enzymes (CAT, SOD, GPx, Trx in multiple sclerosis mice model
Fare multipl skleroz modelinde karaciğer antioksidan enzimlerinin (CAT, SOD, GPx, Trx) transkriptomik, proteomik ve enzimatik aktivitelerinin incelenmesi
- Tez No: 845272
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ADALI, DOÇ. DR. ÇİĞDEM SARAÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Multipl skleroz (MS), merkezi sinir sisteminin inflamatuar ve demiyelinizan hastalığıdır. Genellikle erken yaş dönemlerinde görülmeye başlar. MS'in daha iyi çalışılması amacıyla, klinik ve patolojik özelliklerinin yansıtıldığı Deneysel Otoimmün Ensefalomiyelit (Experimental Autoimmune Encephalomyelitis) (EAE) hayvan modeli kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, karaciğer antioksidan enzimlerinin trankriptomik, proteomik ve enzim aktivitesi düzeylerinin EAE modelinde araştırılmasıdır. MS'in bir inflamatuar hastalık olması sebebiyle bu enzimlerin karaciğerde çalışılmasının önemi karaciğerin ilaç metabolizmasında önemli rol almasından ötürüdür. Bu nedenle, bu çalışma karaciğer antioksidan enzimlerini RNA düzeyinde transkriptom ve qRT-PCR yöntemi ile ve protein düzeyinde Western Blot ve enzim aktivitesi düzeyinde araştırmayı hedeflemektedir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda, Katalaz (CAT), superoksit dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz (GPx) ve tiyoredoksin (Trx)'in trankriptom sonuçlarında gruplar arasında bir fark gözlemlenmezken, CAT ve GPx'in qRT-PCR sonuçlarında EAE'de kontrol grubuna göre artış görülmüştür. Protein ekspresyon düzeyinde ise sadece Trx'te kontrol grubuna kıyasla EAE'de azalış görülmüştür. Enzim aktivitelerinde ise, kontrol gurubuna kıyasla EAE'de CAT ve Trx aktivitesinde artış, GPx'te ise azalış gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, post-transkripsiyonel/post-translasyonel değişiklikler EAE ve kontrol grupları arasındaki enzimatik farklara neden olmuş olabilir. Diğer yandan, ilave transkriptomik analizlerle en çok 14 yukarı yönlü düzenlenmiş yolak ve 3 aşağı yönlü düzenlenmiş yolak olduğu görülmüştür. Bunun yanında, istatistiksel olarak en anlamlı 15 gen ekspresyonunda artış ve 14 gen ekspresyonunda azalış görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Multiple Sclerosis (MS) is an inflammatory and demyelinating disease of the central nervous system (CNS) and it is usually observed in early adulthood. In order to analyze MS, its clinical and pathological features are reflected in animals by creating Experimental Autoimmune Encephalomyelitis (EAE) model. The aim of the present study is to investigate the transcriptomic, proteomic, and enzymatic activity profile of liver antioxidant enzymes in mice EAE model. Liver is the major organ containing a variety of enzymes needed for drug metabolism hence it is important to study antioxidant enzymes in MS mice model. To address this issue, this study has analyzed the liver antioxidant enzymes in RNA level by transcriptome and qRT-PCR, in protein level by Western Blot and enzyme activity assays. The results obtained from transcriptome showed no difference in catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GPx) and thioredoxin (Trx) between EAE and control group. In qRT-PCR, CAT and GPx showed significant difference between EAE and control group. In western blot, only Trx showed decrease in EAE compared to control group whereas other enzymes showed no difference between the groups. In enzymatic activity, CAT and Trx showed increase, GPx showed decrease and SOD showed no change between EAE and control group. Post-trancriptional/post-translational modifications may affect enzymatic differences between EAE and control groups. Lastly, further transcriptomic analysis showed top 14 upregulated and 3 downregulated pathways and top 15 upregulated and 14 downregulated genes.
Benzer Tezler
- Evolutionary engineering of freeze tolerance in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'da donma toleransının evrimsel mühendisliği
FEYZA ŞERİFE KÜÇÜK
- Cloning and expression of gerE and glmS genes in Escherichia coli and Bacillus subtilis, and investigation of their possible interrelation with bacilysin biosynthesis
gerE ve glmS genlerinin Escherichia coli ve Bacillus subtilise klonlanlamasi, ekspresyonu ve basilisin biyosentezi ile olası karşılıklı ilişkilerinin araştırılması
SERGEN AKAYSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Molecular and physiological investigation of longevity in yeast
Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi
MEVLÜT ARSLAN
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- İnflamasyonun oksidatif stres üzerine etkisinin fare böbrek dokusunda transkriptomik ve proteomik seviyede araştırılması
Investigation of the effect of inflammation on the oxidative stress at both transcriptomic and proteomic levels in mouse kidney tissue
BURAK DAĞDELEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HARUN BUDAK
- Kestane dal kanseri ile biyolojik mücadelede humik maddelerin patojenin hipovirulens oluşturmasına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of humic substances on the formation of hypovirulence by the pathogen for biological control of chestnut branch cancer
BÜŞRA BALA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ORDU
DR. GÜNSELİ KURT GÜR