Geri Dön

Klinik örneklerden izole edilen Klebsİella pneumonİae izolatlarında karbapenem direncini saptamakta kullanılan fenotipik yöntemlerin performanslarının karşılaştırılması

Comparison of the performance of phenotypic methods used to detect carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae isolates from clinical samples

PDF İndir

  1. Tez No: 847396
  2. Yazar: MUHARREM NASLI
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Karbapenem direnci, CIM (Karbapenem İnaktivasyon Metodu), mCIM (Modifiye Karbapenem İnaktivasyon Metodu), sCIM (Basitleştirilmiş Karbapenem İnaktivasyon Metodu), mCIM-A (Amonyum bikarbonat ilaveli Modifiye Karbapenem İnaktivasyon Metodu)
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karabük Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae'nın neden olduğu enfeksiyonlar küresel bir tehdit haline gelmiştir. Özellikle çoklu ilaca direnç, çeşitli bakteri türleri arasında endişe verici bir oranda artmakta ve hem hastane kaynaklı hem de toplum kaynaklı enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü“Bakteriyel antimikrobiyal direncin 2019 yılında küresel 1,27 milyon ölümden doğrudan sorumlu olduğu ve 4,95 milyon ölüme katkıda bulunduğu tahmin edilmektedir”şeklinde açıklaması bulunmaktadır. Çoğu zaman tedavinin son seçeneği olan karbapenemlere karşı artan direnç yaygınlaşmaktadır. Karbapenemaz üreten kökenlerin ve aynı zamanda taşıyıcıların da erken ve hızlı tanımlanması, bu yüksek dirençli patojenlerin yayılmasını önlemek için zorunludur. Taşıyıcıların erken tanımlanması ve enfeksiyon kontrol önlemlerinin uygulanması, karbapenemazın neden olduğu hastane kaynaklı salgınları önlemenin tek yoludur ve sınırlı tedavi seçeneği vardır. Bu sebeple karbapenemazların hızlı ve doğru tespiti için moleküler yöntemler ve fenotipik yöntemler kullanılmaktadır. Moleküler yöntemler zahmetli olup, deneyimli personel, ekipman gereksinimi ve maliyet gibi kısıtlamalar söz konusudur. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) karbapenem duyarlılığı azaldığında karbapenemaz tespiti için fenotipik testleri önerdiği için biz de iki merkezli çalışmamızda fenotipik yöntemlerin performanslarını karşılaştırıp değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya Karabük Eğitim ve Araştırma Hastanesi ile Balıkesir Atatürk Şehir Hastanesi Mikrobiyoloji laboatuvarlarına çeşitli kliniklerden gönderilen ve izole edilen 100 K.pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Suşların tanımlamaları ve karbapenem duyarlılıkları BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, USA) ile yapılmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda karbapenemaz varlığını tespit etmek için CIM, sCIM, mCIM ve mCIM-A testleri çalışılmıştır. Çalışmaya dahil edilen kökenlerde karbapenemaz direnç genini tespit etmek için altın standart olarak kabul edilen PCR yöntemi kullanılmıştır. Real time PCR yöntemi ile KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-51, OXA-23-58 ve OXA-48 direnç genleri araştırılmıştır. Çalışılan fenotipik testler altın standart yöntem olan PCR ile karşılaştırılarak performansları değerlendirilmiştir. Karabük Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen ve izole edilen 50 K. pneumoniae suşunda CIM, sCIM, mCIM ve mCIM-A testlerinin özgüllüğü %100; duyarlılıkları ise sırasıyla %90, %94, %92 ve %98 olarak tespit edilmiştir. Balıkesir Atatürk Şehir Hastanesi Mikrobyoloji laboratuvarına gönderilen ve izole edilen 50 K. pneumoniae suşunda ise CIM, sCIM, mCIM ve mCIM-A testlerinin özgüllüğü %100; duyarlılıkları ise sırasıyla %82, %88, %90 ve %90 olarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda fenotipik testlerin duyarlılık ve özgüllükleri yüksek oranda saptanmış olup mCIM-A yöntemi karbapenem direncini saptamada en etkin yöntem olarak bulunmuştur

Özet (Çeviri)

Infections caused by carbapenem-resistant Enterobacteriaceae have become a global threat. Especially multidrug resistance is increasing at a concerning rate among various bacterial species, causing both hospital-acquired and community-acquired infections. The World Health Organization has stated that bacterial antimicrobial resistance was directly responsible for an estimated 1.27 million deaths globally in 2019 and contributed to 4.95 million deaths.“ Increasing resistance to carbapenems, often the last treatment resort, is becoming widespread. Early and rapid identification of infected patients and carriers producing carbapenemases is essential to prevent the spread of these highly resistant pathogens. Early identification of carriers and implementation of infection control measures is the only way to prevent hospital-acquired outbreaks caused by carbapenemases, and there are limited treatment options. Therefore, molecular and phenotypic methods are used for the rapid and accurate detection of carbapenemases. ”Molecular methods are subject to limitations such as labor intensiveness, requirement for experienced personnel, equipment, and cost.“ Since European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) recommends phenotypic tests for the detection of carbapenemases, if sensitivity of carbapenem susceptibility tests decreases. Therefore we aimed to compare and evaluate the performance of phenotypic methods in our two-center study. The study included 100 K. pneumoniae strains isolated from various clinics and sent to the Microbiology laboratories of Karabük Training and Research Hospital and Balıkesir Atatürk City Hospital. The strains were identified and their carbapenem susceptibilities were determined using the BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, USA).”CIM, sCIM, mCIM, and mCIM-A tests were performed to detect the presence of carbapenemases in the included strains." The gold standard test, PCR, considered the gold standard for detecting the resistance gene of each included strain, was performed. The resistance genes KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-51, OXA-23, OXA-58, and OXA-48 were investigated using the real-time PCR method. The performance of the studied phenotypic methods was evaluated by comparing them with the gold standard method, PCR. The specificity and sensitivity of CIM, sCIM, mCIM, and mCIM-A tests were 100%, 90%, 94%, 92%, and 98%, respectively, for 50 K.pneumoniae strains isolated from the microbiology laboratory of Karabük Training and Research Hospital. We determined the specificity of CIM, sCIM, mCIM, and mCIM-A tests for the 50 K.pneumoniae strains sent to the Microbiology laboratory of Balıkesir Atatürk City Hospital as 100%, and their sensitivities as 82%, 88%, 90%, and 90% respectively. In our study, the sensitivity and specificity of phenotypic tests were found to be high, and the mCIM-A method was found to be the most effective method in detecting carbapenem resistance. Key Word: Carbapenem Resistance, CIM (Carbapenem Inactivation Method), mCIM (Modified Carbapenem Inactivation Method), sCIM (Simplified Carbapenem Inactivation Method), mCIM-A (Modified Carbapenem Inactivation method with ammonium bicarbonate)

Benzer Tezler

  1. Tez No

    440159

    Toplum ve hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarında oxa-48 ve alt türevlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi

    Determining OXO-48 and its variants with conventional and molecular methods in klebsiella pneumoniae isolates originated from community and hospital

    ARZU UYANIK PARLAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU

  2. Tez No

    494712

    Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti

    An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.

    ÖZGE ALKAN BİLİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiHarran Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR

  3. Tez No

    447290

    Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi

    Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology

    FATMA ERDEM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ

  4. Tez No

    879883

    Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması

    Investigation of MCR resistance genes by determining colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolats by different methods

    KÜBRA NUR TUTAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET PARLAK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZKAÇMAZ

  5. Tez No

    778067

    NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu

    Characterization of antibiotic resistance and virulance genes in clinical Klebsiella pneumoniae isolates producing NDM-1 carbapenemase

    ÖMER KARAKAMIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ELİF SEVİM

Geri Dön