Geri Dön

Akut Lösemilerde prognostik önemi bilinen genlerdeki varyantların Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemi ile tespit edilmesi

Detection of variance in genes known for prognostic significance in Acute Leukemias by the Next Generation of Sequencing (NGS) method

PDF İndir

  1. Tez No: 847493
  2. Yazar: KÜBRA YILDIZ KAYACI
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Akut Lösemi, AML, ALL, Yeni Nesil Dizileme, Dizi analizi, Genetik varyasyon, Hematolojik neoplazmlar, Lösemi, Lösemi-lenfositik-kronik-B hücreli, Lösemi-miyeloid-akut, Prognoz, Acute Losemia, AML, ALL, Next Generation Array, Sequence analysis, Genetic variation, Hematologic neoplasms, Leukemia, Leukemia-lymphocytic-chronic-B-Cell, Leukemia-myeloid-acute, Prognosis
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Ülkemizde hematolojik malignitelerin tespiti ve metodları hususunda yeterli tanımlayıcı bilgi bulunmamaktadır. Akut Lösemi- Akut myeloid lösemi (AML), Akut lenfoblastik lösemi (ALL)- ön tanısı ile yönlendirilen hastalardan alınan kan/kemik iliği örneklerinden izole edilen DNA'ların Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemi ile çalışılarak elde edilen gen varyasyonlarının hasta klinik verileri ile ilişkilendirilerek klinik tedaviye katkı sağlaması hedeflenmiştir. YND yönteminin kullanımı, avantajları ve dezavantajlarıyla birlikte ön tanının desteklenmesi hakkında bilgi edinilerek bu bilgilerin prognozun belirlenmesi açısından hematolojiye yeni bir yaklaşım sağlayarak tedavi stratejileri açısından gelecek adına umut vermektedir. Yöntem: Kocaeli Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Anabilim Dalına başvuran toplamda 52 Akut Lösemi hastasına mutasyon taraması Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile yapılmıştır. YND yöntemini uygulamak için öncelikle DNA izolasyonu yapılmıştır. Yeterli miktarda DNA konsantrasyonu elde edilince QIAseq Targeted DNA panel prosedürü uygulanmıştır. MiniSeq MiSeq cihazında yükleme protokolü uygulanarak varyant analizi ve değerlendirmesi için CLC Genomics Workbench 20.0.4, Qiagen Clinical Insight Interpret analiz programı kullanılmıştır. YND yöntemi ile çalışılarak analizi yapılmış hastaların raporlarının retrospektif olarak incelenmesi ile mutasyon dağılımlarına ulaşılmıştır. Bulgular: Çalışmada bulunan toplam 52 hastanın 28'i (%53,85) erkek, 24'ü (%46,15) kadın hastalardan oluşmaktadır. En çok gözlenen şikayetler nefes darlığı, yüksek ateş eş zamanlı kombine şekilde gözlenmektedir. Hastaların WBC değerleri; 17 hastada (%31) normal değer aralığında, 22 hastada (%40) azalan ve 16 hastada (%29) artan seviyelerde olduğu gözlemlenmiştir. Çalışmada her hasta için toplam 43 gen bölgesine varyant taraması yapılmıştır. Her hasta için alel yüzdesi %5'in üzerinde olan varyantlar ele alındığında toplamda; DNMT3A gen bölgesinde 11 adet, NRAS gen bölgesinde 12 adet, ASXL1 gen bölgesinde 9 adet, RUNX1 gen bölgesinde 8 adet, SF3B1 gen bölgesinde 6 adet, IDH2 gen bölgesinde 6 adet, PRF1 gen bölgesinde 5 adet, WT1 gen bölgesinde 4 adet, ABL1 gen bölgesinde 3 adet, CEBPA gen bölgesinde 4 adet, FLT3 gen bölgesinde 35 adet , TP53 gen bölgesinde 20 adet, IDH1 gen bölgesinde 2 adet, NPM1 gen bölgesinde 6 adet, TET2 gen bölgesinde 6 adet, U2AF1 gen bölgesinde 7 adet, GATA2 gen bölgesinde 20 adet, GATA1 gen bölgesinde 3 adet, KIT gen bölgesinde 2 adet, KRAS gen bölgesinde 1 adet, SRSF2 gen bölgesinde 1 adet, CBL gen bölgesinde 1 adet, ETV6 gen bölgesinde 2 adet, EZH2 gen bölgesinde 12 adet, HAX1 gen bölgesinde 1 adet, JAK2 gen bölgesinde 1 adet, NF1 gen bölgesinde 1 adet, SAMD9 gen bölgesinde 2 adet, SETBP1 gen bölgesinde 4 adet, SH2B3 gen bölgesinde 2 adet, ZRSR2 gen bölgesinde 3 adet varyant saptanmıştır. Çalışmada toplamda 1 hastada hiç varyant saptanmamıştır. Sonuç: Elde edilen varyant sıklıkları literatürle uyum göstermektedir. Onkogenik RAS mutasyonlarından NRAS, reseptör tirozin kinazları aktive edici mutasyonlardan FLT3, DNMT3A, RUNX1, GATA2 ve WT1 mutasyonlarının AML hastalarında en sık rastlanan mutasyon oldukları gözlemlenmiştir. ALL hastalarında ise en çok ASXL1, SF3B1, IDH2 mutasyonları gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Objective: There is not enough descriptive information in our country regarding the detection and methods of hematological malignities. Acute Leukemia - Acute myeloid leukemia (AML), acute lymphocytic leukemia (ALL) - the aim was to contribute clinical treatment by working with the New Generation Sequencing (NGS) method of DNA isolated from blood/bone marrow samples from patients who were diagnosed with pre-diagnosis. The use of the NGS method provides a new approach to hematology in terms of prognosis, and provides hope for the future in terms of treatment strategies, by learning about the use, advantages and disadvantages of this information. Method: A total of 52 mutation screening of acute leukemia patients who applied to the Department of Kocaeli University Hospital was performed with the Next Generation Sequencing Method. The firts step fort the use of NGS was DNA isolation. The QIAseq targeted DNA panel procedure was applied when sufficient DNA concentration was obtained. The MiniSeq MiSeq device uses the CLC Genomics Workbench 20.0.4, Qiagen Clinical Insight Interpret analysis program for varyant analysis and evaluation by applying the installation protocol. In the study of the NGS method, a retrospective review of the reports of patients analyzed and mutation distributions were achieved. Results: 30 (53.57%) of 56 total patients in the study are male, 26 (46.43%) female patients. The most observed complaints are shortness of breath, high fever is observed in combination simultaneously. The patient's WBC values have been observed to be in the normal range of 17 patients (31%), decreased in 22 patients (40%) and increased levels in 16 patients (29%). In the study, a total of 43 gene regions were screened for variants for each patient. Considering the variants with an allele percentage over 5% for each patient, in total; 11 in the DNMT3A gene region, 12 in the NRAS gene region, 9 in the ASXL1 gene region, 8 in the RUNX1 gene region, 6 in the SF3B1 gene region, 6 in the IDH2 gene region, 5 in the PRF1 gene region, 4 in the WT1 gene region, and in the ABL1 gene region. 3 in the CEBPA gene region, 4 in the CEBPA gene region, 35 in the FLT3 gene region, 20 in the TP53 gene region, 2 in the IDH1 gene region, 6 in the NPM1 gene region, 6 in the TET2 gene region, 7 in the U2AF1 gene region, 20 in the GATA2 gene region. 3 in the GATA1 gene region, 2 in the KIT gene region, 1 in the KRAS gene region, 1 in the SRSF2 gene region, 1 in the CBL gene region, 2 in the ETV6 gene region, 12 in the EZH2 gene region, 1 in the HAX1 gene region, 1 variant in the JAK2 gene region, 1 variant in the NF1 gene region, 2 variants in the SAMD9 gene region, 4 variants in the SETBP1 gene region, 2 variants in the SH2B3 gene region, and 3 variants in the ZRSR2 gene region. In the study, no variant was detected in a total of 1 patient. Conclusion: The variation frequency obtained is consistent with the literature. NRAS, one of the onkogenic RAS mutations, has been observed that FLT3, DNMT3A, RUNX, GATA2 and WT1 mutations from receptor thyropin's kinazis are the most common mutations in AML patients. ALL patients have observed mutations of up to ASXL1, SF3B1, IDH2.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    192423

    Akut lösemilerde gravin ekspresyonunun prognostik önemi

    Prognostic significance of gravin expression in acute leukemias

    MUSTAFA YILDIRIM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    HematolojiÇukurova Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SEMRA PAYDAŞ

  2. Tez No

    229652

    Akut lösemili çocuklarda olağandışı belirteç sıklığı ve bilinen prognostik faktörlerle ilişkisi

    The frequency of abberant antigen in childhood acute leukemia and relationship between common prognostic factors

    AYLİN BAHÇECİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE DURU

  3. Tez No

    334207

    Pediyatrik AML hastalarında FMS like tyrosin kinase 3 (FLT3) ve nücleophosmin 1 (NPM1) mutasyonları

    Fms-like thyrosine kinase 3 (FLT3) and nucleophosmin 1 (NPM1) mutations in pediatric AML

    SEVGİ BAŞER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NÜKET YÜRÜR KUTLAY

  4. Tez No

    156382

    Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemilerinde DNA indeksi ve ilaç direncinin diğer prognostik faktörlerle ilşkisi

    Başlık çevirisi yok

    SELİM GÖKÇE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP KARAKAŞ

  5. Tez No

    70428

    Çocukluk çağı akut lösemilerinde translokasyonların polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile belirlenmesi ve prognostik önemi

    Başlık çevirisi yok

    NAZAN SARPER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

Geri Dön