Medicago sativa'nın sazova çeşidinden antimikrobiyal bir peptidin tanımlanması ve bitki gelişim sürecindeki ekspresyonunun değerlendirilmesi
An antimicrobial peptide identification from Medicago sativa sazova cultivar and evaluation of its gene expression
- Tez No: 850411
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İSMAİL BEZİRĞANOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erzurum Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Son yıllarda antibiyotik direncinin artması, antifungal olarak kullanılan tarım ilaçlarına karşı gelişen zararlı bitki ve fungisit dirençleri ve bu ilaçların insan sağlığına olan etkileri yeni antimikrobiyal ajanların keşfini zorunlu kılmıştır. Yeni antimikrobiyal ajanlar olarak antimikrobiyal peptitler (AMP) stabil yapıları ve memeli hücrelerine toksik özellik göstermemeleriyle ön plana çıkmaktadır. Özellikle bitki tohumlarının birçok AMP içerdiği bilinmektedir. Bu tez çalışmasında M. sativa Sazova çeşidinden ısıya dayanıklı yeni bir AMP tanımlanarak bu AMP'nin karakterizasyonunu yapmak amaçlanmıştır. Bunun için Sazova tohumlarından peptitler (10 kDa≥) elde edilmiştir. Elde edilen peptitler için disk difüzyon, jel kapama ve mikrodilüsyon testleri yapılarak antimikrobiyal bir peptit içerdiği tespit edilmiştir. Daha zonra jel kapama testinde inhibisyon zonu veren aralıktaki peptit bandı LC-MS/MS ile molekül ağırlığı 5,2048 kDa olan hipotetik peptit olan M. sativa Defensin 2.1 olduğu belirlenmiştir. Bu Defensinin Sazova çeşidindeki Defensin 2.1'in gen sekansı Sanger yöntemi ile elde edilerek aminoasit sekansına çevrilmiştir. UniProt Defensin 2.1 ve Sazova Defensin 2.1 sekansları arasında 3 farklı amino asit farklılığı olduğu belirlenmiştir. Sazova Defensin 2.1'in fizyokimyasal özellikleri (Expast ProtParam), sekonder (PROCHECK) ve tersiyer (SwissModel, Phyre2 ve PRISPRED) yapısı in silico araçlarla tahmin edilerek yeni bir AMP karakterize edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In recent years, it is necessary to discovery of new antimicrobial agents because of the increase in antibiotic resistance, the development of herbicide and fungucide resistance, and the harmful effects of these drugs on human health. As new antimicrobial agents, antimicrobial peptides (AMP) stand out with their stable structure and non-toxicity to mammalian cells. It is known that plant seeds, in particular, contain many AMPs. In this thesis study, it was aimed to identify a new termostable AMP from the M. sativa Sazova cultivar and to characterize this AMP. For this purpose, peptides (10 kDa≥) were obtained from Sazova seeds. Disc diffusion, gel overlay assay and microdilution tests were performed for the resulting peptides and it was determined that they contained an antimicrobial peptide. Then, the peptide band in the range that gave the inhibition zone in the gel overlay assay was determined by LC-MS/MS as M. sativa Defensin 2.1, which is a hypothetical peptide with a molecular weight of 5.2048 kDa. Then, to determine the gene and amino acid sequences of the Sazova cultivar Defensin 2.1, the sequences were obtained by cloning into the pGEMT-easy vector and using the Sanger method. It was determined that there are 3 different amino acid differences between the UniProt Defensin 2.1 and Sazova Defensin 2.1 sequences. A new AMP was characterized by predicting the physiochemical properties (Expast ProtParam), secondary (PROCHECK) and tertiary (SwissModel, Phyre2 and PRISPRED) structure of Sazova Defensin 2.1 with in silico tools.
Benzer Tezler
- Medicago sativa L. cv. Elçi (Elçi Yoncası)'nda büyük ölçekli hücre süspansiyon kültürlerinde bazı fitoöstrojenlerin analizi
Medicago sativa L. cv. (Elçi Yoncası) analysis of some phytostrogenes in the large scale cell suspension cultures
TAYFUN AKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ÇÖLGEÇEN
- Kültürü yapılan bazı yonca (Medicago sativa L.) ekotiplerinde morfolojik ve moleküler farklılıkların belirlenmesi
The determination of morphological and moleculer diversity among some lucerne (Medicago sativa L.) cultivars
MEHMET MACİT ERTUŞ
Doktora
Türkçe
2011
BiyoteknolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUAT ŞENSOY
PROF. DR. CAFER OLCAYTO SABANCI
- Farklı gelişme dönemlerinde hasat edilen yonca (Medicago sativa L.)'nın verim ve verim özellikleri yönünden değerlendirilmesi
The evaluation of alfalfa (Medicago sativa L.) harvested at different development stages in terms of yield and yield characteristics
TUĞBA ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AVCI
- Yoncada ( Medicago sativa L.) demir gübrelemesinin verim ve bazı tarımsal özellikleri üzerine etkileri
Effects of iron fertilization on yield and some agricultural characteristics of alfalfa ( Medicago sativa L. )
MERVE NUR ÖZDEMİRLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AVCI
- Azot ve fosforlu gübre dozlarının yonca (Medicago sativa L.)'nın ot verimi ve ot kalitesi üzerine etkileri
Effects of nitrogen and phosphorus fertilizer doses on forage yi̇eld of alfalfa (Medicago sativa L.)
ÖZLEM ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AVCI