Identification of SNP markers associated with resistance to Pyrenophora teres f. teres on barley
Arpada Pyrenophora teres f. teres etmenine dayanıklılıkla ilişkili SNP markörlerinin tanımlanması
- Tez No: 850424
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR, PROF. DR. AZİZ KARAKAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Ziraat, Bioengineering, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 163
Özet
Pyrenophora teres f. teres (Ptt), arpada ağ-tipi ağ benek (NTNB) hastalığına neden olan fungal bir etmen olup; önemli oranda verim kayıplarına sebep olabilmektedir. Bu çalışmada, virülent bir Ptt izolatı (GPS18) ile inokule edilmiş, 277 double haploid (DH) bireyden oluşan iki ebeveynli arpa DH haritalama popülasyonundan fenotipleme ve genotipleme verileri elde edilmiştir. DH popülasyonu, hastalığa dayanıklı (Avcı 2002,“A”) ve hassas (Bülbül 89,“B”) çeşitlerin ikinci nesil melezlerinden (F2), anter kültür tekniği kullanılarak geliştirilmiştir. Analizler sonucunda, A × B F2 hibritlerinden izole edilen 1.0 M mannitol ile ön muamele edilmiş anterler, 0.7 M mannitole kıyasla istatistiksel olarak daha iyi yanıt göstermiştir. Kallus oluşum oranı,“indüksiyon”ortamı için %37,6 ile önemli derecede en yüksek orana sahip olarak bulunmuş olup; yeşil bitki oluşum oranı ise“R9”ortamı için %24,7 ile istatistiksel olarak anlamlı en yüksek değeri almıştır. Sekanslama tabanlı çeşitlilik dizileri teknolojisi (DArT-seq), 9170 SNP markörünün tanımlanmasına izin vererek; ortalama 1,49 markör/cM yoğunluk ile 1682,97 cM uzunluğunda bir bağlantı haritasının oluşturulmasını sağlamıştır. Böylece, 3H, 4H ve 6H arpa kromozomlarında Ptt için üç nicel özellik lokusu (QTL) tanımlanmıştır. Bulunan QTL'lerden 6H üzerindeki QTL, daha önce bildirilen SFNB-6H-33.74 lokusu ile muhtemelen örtüşmekte olup; 3H üzerindeki QTL potansiyel olarak yeni olabilir. Öte yandan, 4H üzerindeki QTL'in Rpt7 lokusunu kapsıyor olabileceği görülmüştür. Toplamda bu QTL'lerin açıkladığı fenotipik varyasyon yüzdesi (PVE) yaklaşık %26 olarak bulunmuştur. Tanımlanan QTL'lerdeki hastalığa dayanıklılıkla ilişkili SNP'ler, DNA testlerinin geliştirilmesinde kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Pyrenophora teres f. teres (Ptt) is the causal fungal agent of barley net-type net-blotch (NTNB) disease which can cause significant yield losses. In this study, phenotyping and genotyping data were obtained from a biparental barley doubled haploid (DH) mapping population of 277 DH lines inoculated with a virulent Ptt isolate (GPS18). The DH population was derived from the second-generation hybrids (F2) of a disease-resistant (Avcı 2002,“A”) and a susceptible (Bülbül 89,“B”) variety using anther culture technique. The pretreated anthers in 1.0 M mannitol showed statistically a better response than 0.7 M mannitol for A × B F2 hybrids. The callus induction ratio was significantly the highest at 37.6% for the“induction”medium, while the ratio of green plant formation was statistically the highest at 24.7% for the“R9”medium. Sequencing-based diversity array technology (DArT-seq) allowed the identification of 9,170 SNP markers, providing the construction of a linkage map of 1682.97 cM length, with an average density of the markers in 1.49 marker/cM. This led to the identification of three quantitative trait loci (QTLs) for Ptt on 3H, 4H, and 6H barley chromosomes. The QTL on the 6H was likely overlapping the previously reported SFNB-6H-33.74 locus, while the QTL on the 3H was potentially novel. On the other hand, the QTL on the 4H might be covering the Rpt7 locus. The percentage of phenotypic variation explained (PVE) by these QTLs was almost 26%, cumulatively. Disease-resistance-associated SNPs identified within these QTLs can be used for developing DNA tests.
Benzer Tezler
- Asmada mildiyö (Plasmopara viticola) hastalığına dayanıklılık lokusları ile ilişkili snp markörlerinin belirlenmesi
Identification of snp markers associated with resistance loci to downy mildew (Plasmopara viticola) disease in grapevine
ESRA SULUHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR POLAT
- Pamukta (Gossypium hirsutum L.) yüksek sıcaklık stresine toleranslık/dayanıklılık ile ilişkili DNA markörlerinin belirlenmesi
Determination of DNA markers associated with tolerance/resistance to high temperature stress in cotton (Gossypium hirsutum L.)
YUSUF GÜZEL DEMİRAY
Doktora
Türkçe
2024
ZiraatDicle ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİ EKİNCİ
DOÇ. DR. ADEM BARDAK
- Nohut (Cicer arietinum L.) bitkisindeDidymella rabiei'ye dayanıklılık ile ilişkiliSNP markörlerinin GWAS analizi kullanılarakbelirlenmesi
Identification of SNP markersassociated with resistance againstDidymella rabiei in chickpea (Ccer arietinum L.)through GWAS
ERDEM SEFA ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2023
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949'nın avirülent ve Mi-1 virülent popülasyonları arasındaki DNA dizilim farklılıklarının yeni nesil dizileme yöntemiyle belirlenmesi
Determination of differences of DNA sequencing between avirulent and Mi-1 virulent populations of Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949 by next generation sequencing methods
İBRAHİM MISTANOĞLU
- Asmada (Vitis vinifera L.) erkencilikten sorumlu aday genleringenom düzeyinde belirlenmesi
Identification of candidate genes responsible for earlyripening in grape (Vitis vinifera L.) at genome level
ONUR ERGÖNÜL
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR KORKUTAL
PROF. DR. ALİ ERGÜL