Geri Dön

Identification of SNP markers associated with resistance to Pyrenophora teres f. teres on barley

Arpada Pyrenophora teres f. teres etmenine dayanıklılıkla ilişkili SNP markörlerinin tanımlanması

  1. Tez No: 850424
  2. Yazar: ÜLKÜ SELCEN HAYDAROĞLU
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR, PROF. DR. AZİZ KARAKAYA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Ziraat, Bioengineering, Biotechnology, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 163

Özet

Pyrenophora teres f. teres (Ptt), arpada ağ-tipi ağ benek (NTNB) hastalığına neden olan fungal bir etmen olup; önemli oranda verim kayıplarına sebep olabilmektedir. Bu çalışmada, virülent bir Ptt izolatı (GPS18) ile inokule edilmiş, 277 double haploid (DH) bireyden oluşan iki ebeveynli arpa DH haritalama popülasyonundan fenotipleme ve genotipleme verileri elde edilmiştir. DH popülasyonu, hastalığa dayanıklı (Avcı 2002,“A”) ve hassas (Bülbül 89,“B”) çeşitlerin ikinci nesil melezlerinden (F2), anter kültür tekniği kullanılarak geliştirilmiştir. Analizler sonucunda, A × B F2 hibritlerinden izole edilen 1.0 M mannitol ile ön muamele edilmiş anterler, 0.7 M mannitole kıyasla istatistiksel olarak daha iyi yanıt göstermiştir. Kallus oluşum oranı,“indüksiyon”ortamı için %37,6 ile önemli derecede en yüksek orana sahip olarak bulunmuş olup; yeşil bitki oluşum oranı ise“R9”ortamı için %24,7 ile istatistiksel olarak anlamlı en yüksek değeri almıştır. Sekanslama tabanlı çeşitlilik dizileri teknolojisi (DArT-seq), 9170 SNP markörünün tanımlanmasına izin vererek; ortalama 1,49 markör/cM yoğunluk ile 1682,97 cM uzunluğunda bir bağlantı haritasının oluşturulmasını sağlamıştır. Böylece, 3H, 4H ve 6H arpa kromozomlarında Ptt için üç nicel özellik lokusu (QTL) tanımlanmıştır. Bulunan QTL'lerden 6H üzerindeki QTL, daha önce bildirilen SFNB-6H-33.74 lokusu ile muhtemelen örtüşmekte olup; 3H üzerindeki QTL potansiyel olarak yeni olabilir. Öte yandan, 4H üzerindeki QTL'in Rpt7 lokusunu kapsıyor olabileceği görülmüştür. Toplamda bu QTL'lerin açıkladığı fenotipik varyasyon yüzdesi (PVE) yaklaşık %26 olarak bulunmuştur. Tanımlanan QTL'lerdeki hastalığa dayanıklılıkla ilişkili SNP'ler, DNA testlerinin geliştirilmesinde kullanılabilecektir.

Özet (Çeviri)

Pyrenophora teres f. teres (Ptt) is the causal fungal agent of barley net-type net-blotch (NTNB) disease which can cause significant yield losses. In this study, phenotyping and genotyping data were obtained from a biparental barley doubled haploid (DH) mapping population of 277 DH lines inoculated with a virulent Ptt isolate (GPS18). The DH population was derived from the second-generation hybrids (F2) of a disease-resistant (Avcı 2002,“A”) and a susceptible (Bülbül 89,“B”) variety using anther culture technique. The pretreated anthers in 1.0 M mannitol showed statistically a better response than 0.7 M mannitol for A × B F2 hybrids. The callus induction ratio was significantly the highest at 37.6% for the“induction”medium, while the ratio of green plant formation was statistically the highest at 24.7% for the“R9”medium. Sequencing-based diversity array technology (DArT-seq) allowed the identification of 9,170 SNP markers, providing the construction of a linkage map of 1682.97 cM length, with an average density of the markers in 1.49 marker/cM. This led to the identification of three quantitative trait loci (QTLs) for Ptt on 3H, 4H, and 6H barley chromosomes. The QTL on the 6H was likely overlapping the previously reported SFNB-6H-33.74 locus, while the QTL on the 3H was potentially novel. On the other hand, the QTL on the 4H might be covering the Rpt7 locus. The percentage of phenotypic variation explained (PVE) by these QTLs was almost 26%, cumulatively. Disease-resistance-associated SNPs identified within these QTLs can be used for developing DNA tests.

Benzer Tezler

  1. Asmada mildiyö (Plasmopara viticola) hastalığına dayanıklılık lokusları ile ilişkili snp markörlerinin belirlenmesi

    Identification of snp markers associated with resistance loci to downy mildew (Plasmopara viticola) disease in grapevine

    ESRA SULUHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatAkdeniz Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR POLAT

  2. Pamukta (Gossypium hirsutum L.) yüksek sıcaklık stresine toleranslık/dayanıklılık ile ilişkili DNA markörlerinin belirlenmesi

    Determination of DNA markers associated with tolerance/resistance to high temperature stress in cotton (Gossypium hirsutum L.)

    YUSUF GÜZEL DEMİRAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatDicle Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. REMZİ EKİNCİ

    DOÇ. DR. ADEM BARDAK

  3. Nohut (Cicer arietinum L.) bitkisindeDidymella rabiei'ye dayanıklılık ile ilişkiliSNP markörlerinin GWAS analizi kullanılarakbelirlenmesi

    Identification of SNP markersassociated with resistance againstDidymella rabiei in chickpea (Ccer arietinum L.)through GWAS

    ERDEM SEFA ŞAHİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ

  4. Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949'nın avirülent ve Mi-1 virülent popülasyonları arasındaki DNA dizilim farklılıklarının yeni nesil dizileme yöntemiyle belirlenmesi

    Determination of differences of DNA sequencing between avirulent and Mi-1 virulent populations of Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949 by next generation sequencing methods

    İBRAHİM MISTANOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatAkdeniz Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜBEYİR DEVRAN

  5. Asmada (Vitis vinifera L.) erkencilikten sorumlu aday genleringenom düzeyinde belirlenmesi

    Identification of candidate genes responsible for earlyripening in grape (Vitis vinifera L.) at genome level

    ONUR ERGÖNÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR KORKUTAL

    PROF. DR. ALİ ERGÜL