SiRNA mediated downregulation of genes involved in biofilm formation in some pathogenic gram-negative bacteria and effect of reduced biofilm formation on antibiotic resistance
Bazı patojenik gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumunda rol alan genlerin SiRNA aracılı aşağı regülasyonu ve azaltılmış biyofilm üretiminin antibiyotik direncine etkisi
- Tez No: 852558
- Danışmanlar: PROF. DR. MİKAİL AKBULUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Gram negatif bakterilerle ilişkili enfeksiyonlar son yıllarda giderek artmaktadır ve artan mortalite ve morbidite oranları ile ilişkilidir. Antibiyotikler bakteriyel hastalıkların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır, ancak etkinlikleri bakterilerin antibiyotik direnci nedeniyle tehdit altındadır. Antibiyotik direnci, sadece bakteri yapısının değişimi ve gen mutasyonları ile değil, aynı zamanda bakteriyel biyofilmlerin üretilmesiyle de gelişir. Bu nedenle, biyofilm den kaynaklanan bakteriyel enfeksiyonları önlemek için yeni teknikler bulmak çok önemlidir. RNA interferansı (RNAi), bir hedef haberci RNA'nın (mRNA) hücre sitoplazmasında diziye özgü bir yaklaşımla inhibe edildiği bir gen susturma yöntemidir. Hedef mRNA, küçük interferans yapan RNA (siRNA) tarafından parçalanır. Bu araştırmanın amacı, biyofilm oluşumunda rol alan genleri susturarak bakteriyel antibiyotik direncini azaltmak için yeni bir yaklaşım belirlemektir. Bu amaçla Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae bakteri türleri kullanılacaktır. Çalışılacak bakteri türlerinin, biyofilm üretimi yaptıkları ve antibiyotik dirençli olduklarını doğrulamak için test edileceklerdir. siRNA, biyofilm üretiminden sorumlu genler üzerine CADD (bilgisayar yardımlı ilaç dizaynı) ve Docking (yerleştirme) kullanılarak tasarlanacak ve daha sonra nanopartiküllere yüklenerek doğrudan ve dolaylı olarak bakteri hücrelerine sokulacaktır. Son olarak, biyofilm üretimiyle ilgili genlerin ekspresyonu, qPCR ile siRNA ile uygulamadan önce ve sonra test edilecektir.
Özet (Çeviri)
Infections associated with Gram-negative bacteria have progressively increased during the last years and are correlated with increased mortality and morbidity rates. Antibiotics are the common treatment for bacterial diseases, yet their efficacy is being threatened by antibiotic resistance of bacteria. Antibiotic resistance develops not only by the transformation of bacterial structure and gene mutations, but also by the production of bacterial biofilms. Therefore, it is crucial to find novel techniques to prevent biofilm-based infections. RNA interference (RNAi) is a method of gene silencing in which a target messenger RNA (mRNA) is inhibited in the cell cytoplasm in a sequence-specific approach. The target mRNA is cleaved by small interfering RNA (siRNA). The goal of this research is to develop a novel approach to reduce bacterial antibiotic resistance by silencing genes involved in biofilm formation. Here, bacterial species are isolated and identified as Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Klebsiella pneumoniae using Vitek 2 system. Then, bacterial species are tested to confirm their biofilm production and antibiotic resistance. siRNA is designed using CADD and Docking of designed siRNA on genes involved in biofilm and then it is inserted into bacterial cell directly as well as indirectly by loading on nanoparticles. Finally, expression of genes will be tested before and after treatment with siRNA by qPCR. Antibiotic susceptibility test will also be carried out to investigate the effect of reduced biofilm formation on antibiotic resistance.
Benzer Tezler
- Investigation of the role of programmed cell death 10 (PDCD10) protein in multidrug resistance
Programlı hücre ölümü 10 (PDCD10) proteininin çoklu ilaç dirençliliğindeki rolünün incelenmesi
ÇAĞRI URFALI
- RNA silencing mediated resistance against plum pox virus
Şarka virüsüne (Plum pox) karşı RNA sessizleştirilmesiaracılığıyla direnç geliştirilmesi
MARYAM GHADERI SOHI
Doktora
İngilizce
2019
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİKAİL AKBULUT
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Molecular genetic characterization of nod-like receptor 11 (NLRP11) in the regulation of adaptive immune responses
Edinsel bağışıklık cevabının düzenlenmesinde nod-benzeri reseptör 11 (NLRP11)'in moleküler genetik karakterizasyonu
İREM ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Identification of genomic and transcriptomic variants in chordoma cancer stem cells
Kordoma kanser kök hücrelerinde genomik ve transkriptomik varyasyonların tespiti
NUR EKİMCİ GÜRCAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER FARUK BAYRAK
- Fusarium türlerinde trikotesen üretiminin durdurulması
Quelling of trichothecene production in fusarium species
EMRE YÖRÜK
Doktora
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLRUH ALBAYRAK