Geri Dön

SiRNA mediated downregulation of genes involved in biofilm formation in some pathogenic gram-negative bacteria and effect of reduced biofilm formation on antibiotic resistance

Bazı patojenik gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumunda rol alan genlerin SiRNA aracılı aşağı regülasyonu ve azaltılmış biyofilm üretiminin antibiyotik direncine etkisi

PDF İndir

  1. Tez No: 852558
  2. Yazar: WALAA YAHYA ABDULHUSSEIN SAEDI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MİKAİL AKBULUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Gram negatif bakterilerle ilişkili enfeksiyonlar son yıllarda giderek artmaktadır ve artan mortalite ve morbidite oranları ile ilişkilidir. Antibiyotikler bakteriyel hastalıkların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır, ancak etkinlikleri bakterilerin antibiyotik direnci nedeniyle tehdit altındadır. Antibiyotik direnci, sadece bakteri yapısının değişimi ve gen mutasyonları ile değil, aynı zamanda bakteriyel biyofilmlerin üretilmesiyle de gelişir. Bu nedenle, biyofilm den kaynaklanan bakteriyel enfeksiyonları önlemek için yeni teknikler bulmak çok önemlidir. RNA interferansı (RNAi), bir hedef haberci RNA'nın (mRNA) hücre sitoplazmasında diziye özgü bir yaklaşımla inhibe edildiği bir gen susturma yöntemidir. Hedef mRNA, küçük interferans yapan RNA (siRNA) tarafından parçalanır. Bu araştırmanın amacı, biyofilm oluşumunda rol alan genleri susturarak bakteriyel antibiyotik direncini azaltmak için yeni bir yaklaşım belirlemektir. Bu amaçla Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae bakteri türleri kullanılacaktır. Çalışılacak bakteri türlerinin, biyofilm üretimi yaptıkları ve antibiyotik dirençli olduklarını doğrulamak için test edileceklerdir. siRNA, biyofilm üretiminden sorumlu genler üzerine CADD (bilgisayar yardımlı ilaç dizaynı) ve Docking (yerleştirme) kullanılarak tasarlanacak ve daha sonra nanopartiküllere yüklenerek doğrudan ve dolaylı olarak bakteri hücrelerine sokulacaktır. Son olarak, biyofilm üretimiyle ilgili genlerin ekspresyonu, qPCR ile siRNA ile uygulamadan önce ve sonra test edilecektir.

Özet (Çeviri)

Infections associated with Gram-negative bacteria have progressively increased during the last years and are correlated with increased mortality and morbidity rates. Antibiotics are the common treatment for bacterial diseases, yet their efficacy is being threatened by antibiotic resistance of bacteria. Antibiotic resistance develops not only by the transformation of bacterial structure and gene mutations, but also by the production of bacterial biofilms. Therefore, it is crucial to find novel techniques to prevent biofilm-based infections. RNA interference (RNAi) is a method of gene silencing in which a target messenger RNA (mRNA) is inhibited in the cell cytoplasm in a sequence-specific approach. The target mRNA is cleaved by small interfering RNA (siRNA). The goal of this research is to develop a novel approach to reduce bacterial antibiotic resistance by silencing genes involved in biofilm formation. Here, bacterial species are isolated and identified as Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Klebsiella pneumoniae using Vitek 2 system. Then, bacterial species are tested to confirm their biofilm production and antibiotic resistance. siRNA is designed using CADD and Docking of designed siRNA on genes involved in biofilm and then it is inserted into bacterial cell directly as well as indirectly by loading on nanoparticles. Finally, expression of genes will be tested before and after treatment with siRNA by qPCR. Antibiotic susceptibility test will also be carried out to investigate the effect of reduced biofilm formation on antibiotic resistance.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    503056

    Investigation of the role of programmed cell death 10 (PDCD10) protein in multidrug resistance

    Programlı hücre ölümü 10 (PDCD10) proteininin çoklu ilaç dirençliliğindeki rolünün incelenmesi

    ÇAĞRI URFALI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  2. Tez No

    556347

    RNA silencing mediated resistance against plum pox virus

    Şarka virüsüne (Plum pox) karşı RNA sessizleştirilmesiaracılığıyla direnç geliştirilmesi

    MARYAM GHADERI SOHI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiErciyes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİKAİL AKBULUT

    DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN

  3. Tez No

    520305

    Molecular genetic characterization of nod-like receptor 11 (NLRP11) in the regulation of adaptive immune responses

    Edinsel bağışıklık cevabının düzenlenmesinde nod-benzeri reseptör 11 (NLRP11)'in moleküler genetik karakterizasyonu

    İREM ÖZEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  4. Tez No

    798007

    Identification of genomic and transcriptomic variants in chordoma cancer stem cells

    Kordoma kanser kök hücrelerinde genomik ve transkriptomik varyasyonların tespiti

    NUR EKİMCİ GÜRCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER FARUK BAYRAK

  5. Tez No

    357255

    Fusarium türlerinde trikotesen üretiminin durdurulması

    Quelling of trichothecene production in fusarium species

    EMRE YÖRÜK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLRUH ALBAYRAK

Geri Dön