Functional analysis of long non-coding RNAs critical for the mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşüm sürecinde kritik olan uzun kodlamayan RNA'ların işlevsel analizleri
- Tez No: 852862
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HANI ALOTAIBI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyoloji, Genetik, Science and Technology, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: MET, EMT, lncRNA, Transkripsiyon, MET, lncRNA, EMT, Transcription
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Anabilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Epitelyal-mezenkimal dönüşüm (EMT) ve mezenkimal-epitelyal geçiş (MET), normal gelişim, yara iyileşmesi ve tümör oluşumu gibi çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçler için çok önemli olan farklı biyolojik olaylardır. Daha önce MET, yalnızca EMT'nin tersinir bir süreci olarak görülüyordu; MET düzenlemesinden sorumlu olduğu düşünülen EMT'yi indükleyen faktörlerin ekspresyonu azalmıştı. Ayrıca EMT'de kodlamayan RNA'larla ilgili bazı yayınlar olmasına rağmen MET ile ilgili lncRNA'larla ilgili yayınlarda hala eksiklikler mevcut. EMT sürecine benzer şekilde MET düzenlemesindeki potansiyel rollerini gösteren MET ile ilişkili yeni lncRNA'lar vardır. Bu tezde amaç MET için kritik olan lncRNA'ları tanımlamaktı. Yüksek verimli veri üretimi, gen modülasyonu ve biyoinformatik içeren entegre bir yaklaşım kullandık; sonuçlarımız MET ile ilişkili lncRNA'ların hücre döngüsünde, kromozom ayrımında, DNA hasarı onarımında önemli roller oynadığını ve MET'i kontrol eden düzenleyici bir ağa katkıda bulunduğunu gösteriyor. Deneylerimizden NH.3067, MET'in kritik başlatıcısı olarak ortaya çıktı ve gelişmiş deneyler yoluyla daha fazla araştırması gerekiyor. Düzenleyici rollerinin ötesinde, bu lncRNA'lar potansiyel kanser biyobelirteçleri olarak umut vaat ediyor.
Özet (Çeviri)
Epithelial-mesenchymal transition (EMT) and mesenchymal-epithelial transition (MET) are biological events crucial for physiological and pathological processes like normal development, wound healing, and tumorigenesis. Previously, MET was viewed merely as a reversible process of EMT, with decreased expression of EMT-inducing factors considered responsible for MET regulation. Recently, there has been an increase in research describing the role of non-coding RNAs in EMT. However, the role of lncRNA in MET is still unknown. There are novel lncRNAs that are MET-associated, which indicates their potential role in MET regulation similar to the EMT process. In this thesis, the aim was to identify lncRNAs that are critical for MET. We employed an integrated approach involving high-throughput data generation, gene modulation, and bioinformatics. Our results indicate that MET-associated lncRNAs play crucial roles in the cell cycle, chromosome segregation, and DNA damage repair and contribute to a regulatory network controlling MET. From our experiments, NH.3067 emerged as a critical initiator of MET, warranting further exploration through advanced experiments. Beyond its regulatory roles, this lncRNA holds promise as a potential cancer biomarker.
Benzer Tezler
- Discovering regulatory non-coding RNA interactions
Düzenleyici kodlanmayan RNA etkileşimlerinin keşfi
GÜLDEN OLGUN
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH ERCÜMENT ÇİÇEK
YRD. DOÇ. DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression
Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma
AYŞE DERYA CAVGA
Doktora
İngilizce
2019
BiyofizikKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Uzun kodlamayan RNA H19'un kronik Miyeloid lösemi hastalarında ekspresyon profili
Expression profile of long non-coding RNA H19 in chronic Myeloid leukemia patients
KADİR SİNAN ASLAN
- Kodlama yapmayan uzun RNA'ların kolon tümörlerinde prognoz açısından öneminin araştırılması
Invastigation of the long non coding rnas for prognostic implications in the colon tumors
SEÇİL AKSOY
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiUludağ ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERRİN TUNCA
- Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing
Mantle hücreli lenfomalarda özgün tanı, prognoz belirteci veya tedavi hedefi olma potansiyeline sahip uzun kodlamayan RNA'ların tüm transkriptom dizi analizi yoluyla belirlenmesi
DENİZ KURŞUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK