In silico assessment of variants of unknown significance in the GABRG2 gene associated with epilepsy
Epilepsi ile ilişkilendirilen GABRG2 geninde bilinmeyen anlamlılıkta varyantların in silico değerlendirmesi
- Tez No: 856337
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYLA ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biotechnology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu tez, idiyopatik jeneralize epilepsiler (IGE), Ateşli nöbet (FS) ve Çocukluk çağı absans epilepsisi (CAE) dahil olmak üzere çeşitli epilepsi türleriyle bağlantılı olan GABRG2 genindeki genetik varyasyonları incelemektedir. Bilinmeyen klinik sonuçları olan non-sinonim SNP'lerin (nsSNP'ler) önemini vurgulayan bu çalışmanın ana amacı, GABRG2 nsSNP'lerinin gamma-2S proteininin işlevi ve yapısı üzerindeki potansiyel etkisini belirlemek ve böylece epilepsinin genetik temeli hakkındaki bilgiyi ilerletmek ve kesin tıbbın ilerlemesine katkıda bulunmaktır. Bu amaca, kapsamlı bir biyoenformatik analiz gerçekleştirerek ve ClinVar, UniProt, SIFT, PANTHER, PolyPhen2, PhD-SNP, SNPs&GO, REVEL, MutPred2, I-Mutant2, ConSurf, Phyre2, I-TASSER, ERRAT, TM-align ve Chimera 1.7 dahil olmak üzere çeşitli in silico araçları ve veritabanlarını kullanarak ulaştık. Her biri bu araçlar, GABRG2 nsSNP'lerinin gamma-2S proteininin işlevi ve yapısı üzerindeki zararlı etkilerini tahmin etmek için kullanıldı. GABRG2'nin 156 nsSNP'si ile başlayan araştırmamız, gamma-2S protein yapısı ve işlevi üzerinde en zararlı olan 10 nsSNP'yi belirleyerek sona erdi. Bu mutasyonlar: S155F, C190F, M199T, Y280D, G308D, T310I, T314K, T317S, C342Y ve Y460C'dir. Bu 10 nsSNP, gamma-2S proteininin korunmuş kalıntılarında bulunmakta, protein istikrarını azaltmakta, moleküler mekanizmalar üzerinde etkili olmakta ve 3D yapısını değiştirmektedir. Çalışma, GABRG2 mutasyonlarının etkisi üzerine önemli içgörüler sunmakta ve bu keşfedilen nsSNP'ler üzerinde daha kapsamlı bir anlayış ve hedefe yönelik tedavi çözümlerinin geliştirilmesi için daha fazla in vitro ve/veya in vivo araştırma yapılmasını savunmaktadır.
Özet (Çeviri)
This thesis investigates the genetic variations in the GABRG2 gene, which have been linked to various types of epilepsy including idiopathic generalized epilepsies (IGEs), Febrile seizure (FS), and Childhood absence epilepsy (CAE). Emphasizing the importance of non-synonymous SNPs (nsSNPs) with unknown clinical consequences, the major goal of this study is to determine the potential impact of GABRG2 nsSNPs on 2S protein function and structure, therefore improving knowledge of the genetic basis of epilepsy and contributing to the progress of precision medicine. We achieved our aim by performing a comprehensive bioinformatics analysis and utilizing multiple in silico tools and databases which includes: ClinVar, UniProt, SIFT, PANTHER, PolyPhen2, PhD-SNP, SNPs&GO, REVEL, MutPred2, I-Mutant2, ConSurf, Phyre2, I-TASSER, ERRAT, TM-align, and Chimera 1.7. Each one of these tools was employed to predict the deleterious effects of GABRG2 nsSNPs on 2S protein function and structure. Starting with 156 nsSNPs of GABRG2, our research ended by identifying10 nsSNPs as the most damaging on 2S protein structure and function. The mutations are: S155F, C190F, M199T, Y280D, G308D, T310I, T314K, T317S, C342Y and Y460C. These 10 nsSNPs found to be in conservational residues of 2S protein, decrease the protein stability, affect on molecular mechanisms, and alter the 3D structure. The study offers important insights into the impact of GABRG2 mutations, advocating more in vitro and/or in vivo research on these discovered nsSNPs for a more comprehensive understanding and development of targeted treatment solutions.
Benzer Tezler
- MUTYH varyantlarının derin fenotipleme ve bilgisayar temelli yapısal biyoloji araçları ile değerlendirilmesi
Evaluation of MUTYH variants with deep phenotyping and in silico structure modeling tools
RAVZA NUR YILDIRIM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET OKAY ÇAĞLAYAN
- Şizofreni hastalarında RASD1 geni mutasyonlarının araştırılması
Investigation of RASD1 gene mutations in schizophrenia patients
CEREN DAMLA DURMAZ ÖZDİNÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
GenetikAnkara ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ
- BRCA2 genindeki klinik önemi bilinmeyen varyantların patojenitesinin in silico analizler ile değerlendirilmesi ve klinik korelasyonu
Evaluation of the pathogenicity of variants of uncertainsignificance i-n the BRCA2 gene through in silico analysesand clinical correlati̇on
CANAN CEYLAN KÖSE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SILAN
- KCNQ1 gen mutasyonlarının sınıflandırılmasına yönelik dokuz insiliko aracının tahmin doğruluğunun değerlendirilmesi
Assessment of predictive accuracy of nine in silico tools for the classification of KCNQ1 mutations
ALI AZIMZADE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ARSLAN
- Multivariate analysis of genomic in-silico pathogenicity predictors
Genomik in-siliko patojenite tahmin araçlarının çok değişkenli analizi
EYLÜL AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiGenom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
PROF. ÖZDEN HATIRNAZ NG
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZKAN ÖZDEMİR