Geri Dön

In silico assessment of variants of unknown significance in the GABRG2 gene associated with epilepsy

Epilepsi ile ilişkilendirilen GABRG2 geninde bilinmeyen anlamlılıkta varyantların in silico değerlendirmesi

  1. Tez No: 856337
  2. Yazar: NABAA ABDULLAH
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYLA ARSLAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biotechnology, Genetics, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 144

Özet

Bu tez, idiyopatik jeneralize epilepsiler (IGE), Ateşli nöbet (FS) ve Çocukluk çağı absans epilepsisi (CAE) dahil olmak üzere çeşitli epilepsi türleriyle bağlantılı olan GABRG2 genindeki genetik varyasyonları incelemektedir. Bilinmeyen klinik sonuçları olan non-sinonim SNP'lerin (nsSNP'ler) önemini vurgulayan bu çalışmanın ana amacı, GABRG2 nsSNP'lerinin gamma-2S proteininin işlevi ve yapısı üzerindeki potansiyel etkisini belirlemek ve böylece epilepsinin genetik temeli hakkındaki bilgiyi ilerletmek ve kesin tıbbın ilerlemesine katkıda bulunmaktır. Bu amaca, kapsamlı bir biyoenformatik analiz gerçekleştirerek ve ClinVar, UniProt, SIFT, PANTHER, PolyPhen2, PhD-SNP, SNPs&GO, REVEL, MutPred2, I-Mutant2, ConSurf, Phyre2, I-TASSER, ERRAT, TM-align ve Chimera 1.7 dahil olmak üzere çeşitli in silico araçları ve veritabanlarını kullanarak ulaştık. Her biri bu araçlar, GABRG2 nsSNP'lerinin gamma-2S proteininin işlevi ve yapısı üzerindeki zararlı etkilerini tahmin etmek için kullanıldı. GABRG2'nin 156 nsSNP'si ile başlayan araştırmamız, gamma-2S protein yapısı ve işlevi üzerinde en zararlı olan 10 nsSNP'yi belirleyerek sona erdi. Bu mutasyonlar: S155F, C190F, M199T, Y280D, G308D, T310I, T314K, T317S, C342Y ve Y460C'dir. Bu 10 nsSNP, gamma-2S proteininin korunmuş kalıntılarında bulunmakta, protein istikrarını azaltmakta, moleküler mekanizmalar üzerinde etkili olmakta ve 3D yapısını değiştirmektedir. Çalışma, GABRG2 mutasyonlarının etkisi üzerine önemli içgörüler sunmakta ve bu keşfedilen nsSNP'ler üzerinde daha kapsamlı bir anlayış ve hedefe yönelik tedavi çözümlerinin geliştirilmesi için daha fazla in vitro ve/veya in vivo araştırma yapılmasını savunmaktadır.

Özet (Çeviri)

This thesis investigates the genetic variations in the GABRG2 gene, which have been linked to various types of epilepsy including idiopathic generalized epilepsies (IGEs), Febrile seizure (FS), and Childhood absence epilepsy (CAE). Emphasizing the importance of non-synonymous SNPs (nsSNPs) with unknown clinical consequences, the major goal of this study is to determine the potential impact of GABRG2 nsSNPs on 2S protein function and structure, therefore improving knowledge of the genetic basis of epilepsy and contributing to the progress of precision medicine. We achieved our aim by performing a comprehensive bioinformatics analysis and utilizing multiple in silico tools and databases which includes: ClinVar, UniProt, SIFT, PANTHER, PolyPhen2, PhD-SNP, SNPs&GO, REVEL, MutPred2, I-Mutant2, ConSurf, Phyre2, I-TASSER, ERRAT, TM-align, and Chimera 1.7. Each one of these tools was employed to predict the deleterious effects of GABRG2 nsSNPs on 2S protein function and structure. Starting with 156 nsSNPs of GABRG2, our research ended by identifying10 nsSNPs as the most damaging on 2S protein structure and function. The mutations are: S155F, C190F, M199T, Y280D, G308D, T310I, T314K, T317S, C342Y and Y460C. These 10 nsSNPs found to be in conservational residues of 2S protein, decrease the protein stability, affect on molecular mechanisms, and alter the 3D structure. The study offers important insights into the impact of GABRG2 mutations, advocating more in vitro and/or in vivo research on these discovered nsSNPs for a more comprehensive understanding and development of targeted treatment solutions.

Benzer Tezler

  1. MUTYH varyantlarının derin fenotipleme ve bilgisayar temelli yapısal biyoloji araçları ile değerlendirilmesi

    Evaluation of MUTYH variants with deep phenotyping and in silico structure modeling tools

    RAVZA NUR YILDIRIM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET OKAY ÇAĞLAYAN

  2. Şizofreni hastalarında RASD1 geni mutasyonlarının araştırılması

    Investigation of RASD1 gene mutations in schizophrenia patients

    CEREN DAMLA DURMAZ ÖZDİNÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ

  3. BRCA2 genindeki klinik önemi bilinmeyen varyantların patojenitesinin in silico analizler ile değerlendirilmesi ve klinik korelasyonu

    Evaluation of the pathogenicity of variants of uncertainsignificance i-n the BRCA2 gene through in silico analysesand clinical correlati̇on

    CANAN CEYLAN KÖSE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SILAN

  4. KCNQ1 gen mutasyonlarının sınıflandırılmasına yönelik dokuz insiliko aracının tahmin doğruluğunun değerlendirilmesi

    Assessment of predictive accuracy of nine in silico tools for the classification of KCNQ1 mutations

    ALI AZIMZADE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiÜsküdar Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ARSLAN

  5. Multivariate analysis of genomic in-silico pathogenicity predictors

    Genomik in-siliko patojenite tahmin araçlarının çok değişkenli analizi

    EYLÜL AYDIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı

    PROF. ÖZDEN HATIRNAZ NG

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZKAN ÖZDEMİR