Detection of Pegivirus and SEN virus among patients on hemodialysis
Hemodiyalizdeki hastalarda Pegivirüs ve SEN virüsünün tespiti
- Tez No: 856991
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZCAN ÖZKAN, PROF. DR. İSMAİL İBRAHİM LATİF
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Viral enfeksiyonların hemodiyaliz alan hastaları etkileme olasılığı daha yüksektir. Hemodiyaliz hastalarında SENV ve GBV-C enfeksiyonlarının sıklığını belirlemek ve bu enfeksiyonların klinik önemini tespit etmek amacıyla Diyala'daki İbn-i Sina Diyaliz Merkezi Hastanesi'nde 10 Şubat 2022 ile 15 Haziran 2022 tarihleri arasında hemodiyaliz tedavisi gören 200 hastayı kapsayan kesitsel tasarımlı bir çalışma yapılmıştır. Bu çalışmaya HCV antikoru pozitif ve negatif olan iki grup dahil edilmiştir. Serum örneklerinde SENV'yi saptamak için yuvalanmış polimeraz zincir reaksiyonu (yuvalanmış-PCR), GBV-C'yi saptamak ve karaciğer fonksiyon değerlendirmesi için ise ters transkripsiyon yuvalanmış polimeraz zincir reaksiyonu (yuvalanmış RT-PCR) kullanılmıştır. Bu çalışma %17 ile nispeten küçük bir SENV insidansını bildirmiştir (34/200). SENV-H'nin sıklığı %82,36 oranıyla (28/34), %11,76 olan SENV-D'den (4/34) daha yüksektir. Buna ek olarak SENV-H ve D'nin ko-enfeksiyonu (2/34) %5,88 olarak ölçümlenmiş ancak bu değer istatistiksel olarak anlamlı düzeye ulaşmadığı gibi, SENV (SENV-H ve SENV-D) enfeksiyonu ile yaş ve cinsiyet arasında da anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. GBV-C enfeksiyonuyla ilgili olarak, mevcut çalışma hemodiyaliz hastalarından (38/200) %19, HCV pozitif hastalarda (15/35) %43,85 ve HCV negatif hastalarda (23/165) %13,93 GBV-C RNA tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre GBV-C enfeksiyonunun hemodiyaliz hastalarında HCV durumuyla anlamlı bir ilişkisi olmadığı gibi yaş ve cinsiyetle de anlamlı bir ilişkisi bulunamamıştır. Hemodiyaliz süresi GBV-C pozitifte GBV-C negatife göre anlamlı derecede daha yüksektir. Bu çalışma SENV, GBV-C (HCV ko-enfeksiyonu olan/olmayan) ve karaciğer enzimleri arasında anlamlı bir fark olmadığını göstermektedir. Bu virüsler SENV-H (%82,36), SENV-D (%11,76) veya birlikte (SENV-H ve D) (%5,88) olarak sınıflandırılmıştır. GBV-C vakalarının %100'ünde genotip 2 keşfedilmiştir. SENV veya GBV-C ile enfekte ve enfekte olmayan hemodiyaliz hastaları arasında, hem viral hepatiti olan hem de olmayan hastalarda, ALT ve AST düzeyleri açısından anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. Dolayısıyla SENV veya GBV-C'nin karaciğer bozukluklarının oluşumuna katkıda bulunduğu sonucuna ulaşılmamıştır. Hemodiyaliz hastalarında yaş ve cinsiyet, SENV veya GBV-C enfeksiyonunu anlamlı derecede etkilememektedir. Diyabet, hipertansiyon, kan nakli öyküsü, böbrek nakli, ameliyat, birden fazla cinsel partner öyküsü, dövme yapma, hemodiyaliz süresi ve kan nakli sayısı gibi klinik özellikler ve risk faktörleri SENV pozitif ve SENV negatif hastalar arasında anlamlı bir fark göstermemiştir. GBV-C ve HCV birlikte enfekte olduğunda, hemodiyaliz süresi de GBV-C pozitif hastalarda GBV-C negatif hastalara göre önemli ölçüde daha uzundur, bu da hastane kaynaklı bir enfeksiyona işaret etmektedir. Kan nakli geçmişinin SENV ve HCV, SENV ve GBV ko-enfeksiyonu ile oldukça farklı bir ilişkisi vardır, bu da kan naklinin çok etkili bir bulaşma mekanizması olarak hizmet ettiğini düşündürmektedir. Mevcut çalışmadaki UTR'nin filogenetik analizinin sonuçlarına göre, yerel izolatlar diğer tanınan suşlarla ve birbirleriyle yakından ilişkilidir, bu da genotip 2 GBV-C enfeksiyonunun Diyala Eyaleti\Irak'ta yaygın olduğunu göstermektedir. GBV-C'nin 5' çevrilmemiş bölgesine dayanarak dizilerin sonuçları, BLAST kullanılarak GenBank veri tabanındaki GBV-C referans dizileriyle karşılaştırılmış ve GBV-C dizileri olduğu doğrulanmıştır. Sonuç dizileri, GBV-C'nin genotip 2'sine ait olarak sınıflandırılan GBV-C referans dizileriyle %96-99 özdeşliği paylaşmaktadır. Sonuç dizileri Venezuela, Kanada, Küba, Fransa, Almanya, Avustralya, İspanya, ABD, Hindistan ve Tayland'dan izole edilen dizilerle ortak bir grupta kümelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Viral infections are more likely to affect patients receiving hemodialysis. The purpose of this study was to determine the frequency of SENV and GBV-C infections in hemodialysis patients and determine the clinical importance of these infections. A study with a cross-sectional design involving 200 patients was hemodialysis therapy in Ibn- Sina center for dialysis hospital in Diyala, during the period from 10th of February 2022 to the 15th of June 2022. In this study, two groups were included, the first group was HCV antibody-positive and the second group was HCV antibody negative. Nested polymerase chain reaction (nested -PCR) was used to detect SENV and reverse transcription nested polymerase chain reaction (nested RT-PCR) was used to detect GBV-C in serum samples. And for liver function evaluation. This study reported a relatively small incidence of SENV (34 out of 200, 17%). The frequency of SENV-H is (28 out 34, 82.36%) which higher than SENV-D (4 out 34, 11.76%) and co-infection of SENV-H and D is (2 of 34, 5.88%), however statistically do not reach the level of significance, and also no significant association is found with age and sex with SENV (SENV-H and SENV-D) infection. Regarding GBV-C infection, the current study is found that GBV-C RNA is detected in (38 out of 200, 19%) of hemodialysis patients, (15 out 35, 43.85%) of HCV positive patients, while (23 out 165, 13.93%) without HCV. GBV-C infection has no significant association with HCV status among hemodialysis patients, and also no significant association with age and sex. Hemodialysis duration is significantly higher in GBV-C positive than GBV-C negative. This study shows that there is no significant difference between SENV, GBV-C (with or/ without HCV co-infection), and neither with the liver enzyme. These viruses were classified as SENV-H (82.36%), SENV-D (11.76%), or mixed (SENV-H and D) (5.88%). While genotype 2 was discovered in 100% of GBV-C cases. There are no significant differences in ALT and AST between SENV or GBV-C infected and non-infected hemodialysis patients, both with and without viral hepatitis. Thus, SENV or GBV-C do not appear to contribute to the occurrence of liver disorders. Age and gender in patients on hemodialysis do not significantly affect SENV or GBV-C infection. Clinical features and risk factors, such as diabetes mellitus, hypertension, history of blood transfusions, kidney transplantation, surgery, history of multiple sexual partners, tattooing, length of hemodialysis, and the number of blood transfusions, did not appears as being significantly different between SENV-positive and SENV-negative patients. When GBV-C and HCV are co-infected, the duration of hemodialysis is also considerably longer in GBV-C positive patients than in GBV-C negative patients, indicating a nosocomial infection. Blood transfusion history has a markedly different relationship with SENV and HCV, SENV and GBV co-infection, which suggests that it serves as a very effective mechanism of transmission. According to the results of the current study's phylogenetic analysis of the UTR, local isolates are closely related to other recognized strains and to one another, indicating that GBV-C infection of genotype 2 is common in Diyala Province \ Iraq. Based on the 5' untranslated region of GBV-C, results of sequences were compared with GBV-C reference sequences from the GenBank database using BLAST and were confirmed to be GBV-C sequences. The result sequences were sharing 96-99% identity with GBV-C reference sequences that classified as belonging to genotype 2 of GBV-C. Result sequences clustered in a common group with the sequences which were isolated from Venezuela, Canada, Cuba, France, Germany, Australia, Spain, USA, India, and Thailand.
Benzer Tezler
- Marmara bölgesinde koyunlardan alınan abort ve postnatal örneklerde viral etkenlerin (Pestivirus, Mavidil ve Akabane virus) araştırılması
Investigation of the viruses (pestivirus, bluetongue and akabane virus) in abortion and postnatal samples from sheep in marmara region
ZÜLEYHA PESTİL
- Kayseri ve Sivas yöresinde abort yapan ve sağlıklı koyunlarda pestivirus'ların seroprevalanslarının karşılaştırılması
Comparison of seroprevalans of pestivirus in sheep which had abortion and in healthy sheep in Kayseri and Sivas region
HALİL İBRAHİM ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN KELEŞ
- Karadeniz Bölgesi'ndeki ruminantlarda border disease epidemiyolojisi
Border disease epidemiology in ruminants in the Black SEA region
AYHAN AKMAN
Doktora
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA GÜMÜŞOVA
- Sığırlarda bovine viral diyare virusunun (BVDV) saptanması, moleküler karakterizasyonu ve BVDV genotiplerinin araştırılması
Detection, molecular characterisation and investigation of BVDV genotypes in cattle
GİZEM KARADAĞ
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSUN YILMAZ
- Bovine Viral Diarrhea/Mukozal Disease (Bvd/Md) üzerine araştırmalar
Investigations on Bovine Viral Diarrhea / Mucosal Disease (BVD / MD)
BAKİ SARIKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
MikrobiyolojiKırıkkale ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. KÜRŞAT AZKUR