Geri Dön

Detection of the OXA 48 gene responsible for carbapenem resistance in uropathogenic Esherichia coli isolated from patients with and without COVID-19 in Iraq

Irak'ta COVID-19 olan ve olmayan hastalardan izole edilen üropatojenik Esherichia coli'de karbapenem direncinden sorumlu OXA 48 geninin tespiti

PDF İndir

  1. Tez No: 858151
  2. Yazar: AHMED HAMID SEBT JANABI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR, PROF. DR. TAGHREED KUDUR MOHAMMED
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 157

Özet

Üriner sistem enfeksiyonlarının küresel olarak başlıca etkeni patojen Escherichia coli (UPEC) bakterisidir. Çoklu ilaç direnci, karbapenemaz genlerinin mobil genetik faktörler tarafından düzenlendiği ve ek direnç bileşenleri içeren genetik yapılar tarafından oluşturulur. OXA-48, yüksek direnci ve tedavi başarısızlığı olasılığı nedeniyle önemli bir endişe kaynağıdır. Bu araştırmanın amacı, COVID-19 hastalarında üropatojenik E. coli'nin eş zamanlı enfeksiyonlarının meydana gelme sıklığını belirlemek ve Irak hastanelerinde OXA-48 karbapenem geninin yaygınlığını belirlemektir. Bu vaka kontrol çalışması, COVID-19'lu ve olmayan 200 hasta içermektedir. Kasım 2022'den Şubat 2023'e kadar Al-Yarmouk Hastanesi'ndeki hastalardan orta akışlı idrar, nazofarengeal sürüntü ve 2 ml venöz kan örnekleri toplanmıştır. Tüm idrar örnekleri Nutrient agar, blood agar, MacConkey agar ve Eosin-methylene blue agar üzerinde kültüre alınmıştır. Tüm nazofarengeal sürüntülerinde viral RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Hem COVID-19'lu hem de olmayan idrar yolu enfeksiyon (İYE) oranı, her iki durumda da kadınlarda (%57) ve (%64), erkeklerden (%43) ve (%36) daha yüksek bulunmuştur. COVID-19'lu kadınlarda en yüksek insidans oranı (%54.54), yaş aralığı (41-50) olanlarda görülmüştür, erkeklerde ise farklı yaş gruplarında (%37.5) olarak belirlenmiştir. COVID-19'lu İYE'li hastalarda antibiyotik direnç profili amikasin'e (%76.66) olarak belirlenirken, COVID-19'suz hastalarda amikasin'e karşı direnç daha düşük oranda (%60) bulunmuştur. Minimal inhibitör konsantrasyonlara göre her iki grupta da 1024 mg/mL, 128 mg/mL'den daha etkili bulunmuştur. Mikrotiter plak yöntemine göre, 30 bakteri izolatının içinde COVID-19'lu İYE'li hastalardan izole edilenlerin 24'ü (%80) güçlü ve 6'sı (%20) orta düzeyde biyofilm oluşturma yeteneğine sahip olduğu belirlenmiştir. COVID-19'suz 30 bakteri izolatı içinde ise sırasıyla %13.33 güçlü, %53.33 orta ve %33.33 zayıf biyofilm oluşturma yeteneğine sahip bulunmuştur. 10 bakteri izolatı içinde OXA-48 geni, COVID-19'lu İYE'li hastalarında 9 (%90) pozitif ve COVID-19'suz İYE'li hastalarında %80 pozitif olarak bulunmuştur. COVID-19'lu tüm hastalarda N ve E koronavirüs genleri tespit edilmiştir. COVID-19'lu İYE'li hastalardan izole edilen E. coli'nin (n:30) hemolizin üretimine göre, 12'si (%40) beta hemoliz ile ilişkilendirilmiş, 18'i (%60) gama hemoliz ile ilişkilendirilmiş, 25'i (%83.33) kapsül üretimi için pozitif bulunmuş ve 30'u (%100) jelatinaz ve M9 agar ortamında büyüme için pozitif bulunmuştur. Ayrıca, 30'u (%100) jelatinaz, hareket ve M9 agar ortamında büyüme için pozitif, 11'i (%36.66) hücre yüzeyi hidrofobisitesi ve hemaglutinin açısından pozitif, 16'sı (%64.67) MRHA ve 14'ü (%53.33) MSHA olarak belirlenmiştir. Her iki gruptan gelen 60 bakteri izolatından, 28'i (%46.67) seruma dirençli ve 32'si (%53.33) seruma duyarlı bulunmuştur. Sonuç olarak, COVID-19 hastalarında idrar yolu enfeksiyonları, COVID-19 olmayan hastalara kıyasla önemli ölçüde daha kötüydü. Ayrıca, E. coli içindeki OXA-48 karbapenem geninin daha yüksek sıklığı, bu genin yüksek antibiyotik direnci oranının ortaya çıkmasında ve çoklu ilaca dirençli izolatların gelişiminde önemli bir rol oynadığını göstermektedir.

Özet (Çeviri)

The primary causative agent of infectious diseases in urinary tract infections globally is the pathogenic Escherichia coli (UPEC), Multidrug resistance occurs when carbapenemase genes, regulated by mobile genetic factors that contain additional resistance components. OXA-48 is a significant concern due to its high resistance to therapy and the likelihood of treatment failure. The aim of this research was to determine the occurrence of uropathogenic E. coli co-infection and to identify the prevalence of the OXA-48 carbapenem gene among COVID-19 patients in Iraqi hospitals. This case-control study included 200 patients with and without covid-19. Midstream urine, a nasopharyngeal swab, and 2 ml of venous blood samples were collected from patients in Al-Yarmouk Hospital during November 2022 to February 2023. All urine samples were cultured on Nutrient agar, blood agar, MacConkey agar, and Eosin-methylene blue agar. All nasopharyngeal swabs undergo viral RNA extraction. The percentage of females was higher (57%) and (64%) than in males (43%) and (36%) in both UTIs-patients with and without COVID-19. The Highest incidence rate in femal (54.54%) in age (41-50) with covid-19, while in male (37.5%) in different ages. The antibiotic resistance profile in UTIs-patients with COVID-19 was in lower resistance in amikacine (76.66). While lower resistance was against amikacin (60%) in patient without covid-19. According to minimal inhibitory concentrations, 1024 mg/mL was more effective than 128 mg/mL in both groups. According to the microtiter plate method, among the 30 bacterial isolates, 24 (80%) had strong and 6 (20%) had moderate ability to biofilm formation with respect to UTIs-patients in the COVID-19 group. While, among the 30 bacterial isolates without covid-19 (13.33%) strong, (53.33%) moderate and (33.33%) weak. Among 10 bacterial isolates, the frequency of OXA-48 was positive in 9 (90%) with respect to UTI patients with COVID-19 group and positive in 8 (80%) with respect to UTIs-patients without COVID-19 group. The N and E genes of coronavirus were detected in all patients with COVID-19. According to the hemolysin production of E. coli, among 30 bacterial isolates, 12 (40%) were associated with beta hemolysis, 18 (60%) were associated with gamma hemolysis, 25 (83.33%) were positive for capsule production, and 30 (100%) were positive for gelatinase, swimming motility, and growth in M9 agar. 11 (36.66%) were positive for cell surface hydrophobicity, and according to hemagglutinin, 16 (64.67%) were MRHA and 14 (53.33%) were MSHA with respect to UTIs-patients in the COVID-19 group. Among 60 bacterial isolates from both groups, 28 (46.67%) were resistant to serum, and 32 (53.33%) were sensitive to serum. In conclusion, urinary tract infections were significantly worse in patients with COVID-19 compared to patients without COVID-19. In addition, the higher frequency of the OXA-48 carbapenem gene among E. coli indicated that this gene plays an important role in the emergence of a high rate of antibiotic resistance and the development of multi-drug resistance isolates.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    361584

    Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması

    Investigation of carbapenem resistance in enterobacteriaceae species and the presence of the enzymes responsible from resistance

    ASLI BULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH AŞIK

  2. Tez No

    559394

    Kan kültüründen izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

    Investigation of the presence of carbapenemase in K. pneumoniae and E.coli strains isolated from blood culture by phenotypic and molecular methods

    ASİYE BIÇAKÇIGİL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BANU SANCAK

  3. Tez No

    406927

    Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram negatif enterik bakterilerde karbapenemaz varlığının ve tiplerinin araştırılması

    Prevalance and genetic evaluation of carbapenemase production among gram-negative enteric bacteria isolated from various human clinical specimens

    HÜSEYİN HAYDAR KUTLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU US

  4. Tez No

    847396

    Klinik örneklerden izole edilen Klebsİella pneumonİae izolatlarında karbapenem direncini saptamakta kullanılan fenotipik yöntemlerin performanslarının karşılaştırılması

    Comparison of the performance of phenotypic methods used to detect carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae isolates from clinical samples

    MUHARREM NASLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiKarabük Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE YILMAZ

  5. Tez No

    316944

    Escherichia coli izolatlarinda ertapenem direncinin araştirilmasi

    Evaluation of the Resistance to Ertapenem in the Escherichia coli Isolates Strains

    MAILIHABA AILIKEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖKHAN AYGÜN

Geri Dön